Описание тега nipy
The project "Neuroimaging in Python" which develops tools for neuroimage processing, f.e. the well known cross-software pipeline "Nipype" interface for fsl, spm and others more.
2
ответа
Изменение размера трехмерного изображения (и повторная выборка)
У меня есть трехмерное изображение мозга (назовем его вспышкой), и в настоящее время оно составляет 263 x 256 x 185. Я хочу изменить его размер, чтобы он соответствовал размеру другого изображения (назовите его whole_brain_bravo); 256 x 256 x 176 и …
22 авг '13 в 16:40
1
ответ
Использование nipype для применения регистрации FLIRT к дополнительной ошибке изображения
Я пытаюсь сделать некоторую регистрацию в Python, используя пакет nipype. Сработало для базовой регистрации: from nipype.interfaces import fsl from nipype.testing import example_data flt = fsl.FLIRT(bins=640, cost_func='mutualinfo') flt.inputs.in_fi…
10 авг '11 в 22:18
1
ответ
Построение объекта класса множественных осей matplotlib
Моя проблема заключается в следующем: я пытаюсь наглядно представить 6 различных дизайнерских матриц. Функция, создающая отображение для этой матрицы дизайна, является частью модуля nipy и описывается так: Класс nipy.modalities.fmri.design_matrix.De…
13 дек '17 в 17:49
1
ответ
Модуль Windows PermissionError & tempfile
Мы используем модуль tempfile для генерации временных файлов и каталогов во время наших тестов. Недавно мы также начали тестирование на Windows и столкнулись с кучей ошибок Windows PermissionErrors. Первоначально я думал, что это может быть потому, …
11 дек '18 в 14:12
1
ответ
Есть ли какой-нибудь интерфейс nipype для avscale (скрипт FSL)?
Я пытаюсь использовать nipype для анализа матриц преобразования, которые были созданы FSL. FSL имеет скрипт под названием "avscale", который анализирует эти матрицы преобразования (файлы *.mat). Мне было интересно, есть ли у nipype какой-либо интерф…
30 сен '11 в 21:57
0
ответов
ImportError при импорте модуля Python, написанного на C, в клонированном репозитории Git
Я только что клонировал репозиторий NiPy, но когда я пытаюсь импортировать nipy.algorithms.registrationЯ получаю следующую ошибку: In [1]: import nipy.algorithms.registration --------------------------------------------------------------------------…
26 ноя '13 в 18:42
0
ответов
Конвертировать список файлов img/hdr в nifti1image в python
У меня есть список файлов IMG / HDR. Предположим, что длина списка равна 50, а размер img равен 60 * 60 * 60. Я хотел бы преобразовать его в Nifti1image, размер которого (60 * 60 * 60 * 50). import nibabel import nipy img_list=[] for file in os.list…
13 дек '18 в 10:21
0
ответов
Ошибка импорта для "nipype.workflows.dmri.fsl"
Я пытаюсь импортировать следующий пакет: from nipype.workflows.dmri.fsl import tbss Это дает ошибки как: из dipy.workflows.tracking import DetTrackPAMFlow ImportError: невозможно импортировать имя 'DetTrackPAMFlow' Я уже установил dipy, fsl, python3…
13 май '19 в 15:07
0
ответов
В чем разница между Simple ITK и Nibabel при чтении изображения.nii?
Поэтому я начал читать Nifti Image, используя Nibabel и Simple ITK. Я обнаружил, что оба они хороши. Тем не менее, мне кажется, что Нибабель пропустил некоторую информацию заголовка изображения. Например: Origin, Direction, TransformtoPhysicalCoordi…
18 июн '19 в 19:13
0
ответов
совместимость версий numpy для nipy
В этом году я должен написать диссертацию по какой-то теме, связанной с данными фМРТ. Итак, я хотел визуализировать / работать с данными fMRI на Jupyter, и я наткнулся на библиотеку Nipy, которая мне очень пригодилась. Проблема в том, что я пытался …
26 сен '20 в 16:07
0
ответов
регистрация изображений в python by Flirt
Я пытаюсьRegisterдва изображения от .nii отFlirt Registration, но он выдал ошибку, потому что я не могу его импортировать. как я могу импортировать связанный пакет и решить проблему? flirt = reg.flirt() flirt.inputs.in_file = imgs[0] flirt.inputs.re…
20 июн '22 в 00:18