SPM Dicom Конвертировать в Python (Ipython/ Nipype)
Я новичок в Python или, более конкретно, ipython. Я прошел через шаги, чтобы выполнить то, что должно быть очень простым Dicom Conversion в статистическом пакете SPM для файла изображения МРТ, как описано в NiPype. Я не могу заставить его работать, и мне было интересно, что я делаю неправильно. Я не получаю сообщение об ошибке, вместо этого нет изменения файла или вывода. Это просто висит. Кто-нибудь знает, что я могу делать не так? Скорее всего, здесь я что-то упускаю очень просто (извините:(
import os
from pylab import *
from glob import glob
from nipype.interfaces.matlab import MatlabCommand as mlab
mlab.set_default_paths('/home/orkney_01/s1252042/matlab/spm8')
from nipype.interfaces.spm.utils import DicomImport as di
os.chdir('/sdata/images/projects/ASD_MM/1/datafiles/restingstate_files')
filename = "reststate_directories.txt"
restingstate_files_list = [line.strip() for line in open(filename)]
for x in restingstate_files_list:
os.chdir( x )
y = glob('*.dcm')
conversion = di(in_files = y))
print(res.outputs)
1 ответ
Вы создаете DicomImport
интерфейс, но вы на самом деле не запускаете его. У тебя должно быть res = di.run()
,
Кроме того, вы должны сообщить интерфейсу, где запустить с помощью di.base_dir = '/some/path'
перед запуском.
Наконец, вы также можете распечатать содержимое restingstate_files_list
чтобы убедиться, что вы находите каталоги DICOM правильно.