Описание тега nilearn
Nilearn - это модуль Python для быстрого и легкого статистического изучения данных NeuroImaging. Он использует набор инструментов Python scikit-learn для многомерной статистики с такими приложениями, как прогнозное моделирование, классификация, декодирование или анализ связности.
0
ответов
Команда fsl.Merge() не найдена (при использовании через nipype.interfaces)
Я уже установил эти: conda install -c conda-forge nipype conda install -c conda-forge nitime conda install -c conda-forge nibabel conda install -c conda-forge nilearn Образец кода: from nipype.interfaces import fsl import os import numpy as np impor…
18 фев '19 в 06:48
3
ответа
ImportError: нет модуля с именем 'nilearn'
Я пытаюсь построить .nii использование данных nibabel а также nilearn, Я использую python 3.5 и успешно установил оба пакета. Но когда я пытаюсь импортировать модуль, он возвращается - ImportError: No module named 'nilearn'. Что мне здесь не хватает…
30 мар '18 в 14:07
0
ответов
Получение ValueError из-за массива 4D? Склеарн и Нилеарн
Я пытаюсь загрузить в некоторые изображения карты серого вещества МРТ в виде массивов, чтобы их можно было обработать в sklearn. Мой код импортирует их и загружает их, используя NiftiMasker (NiftiMasker применяет маску к изображению для извлечения в…
25 июн '18 в 15:18
0
ответов
Как создать конвейер с несколькими входами?
Я хочу применить выбор функции с помощью двоичной маски. Двоичная маска создается с использованием файла шаблона и порога, чтобы нули и нули в файле маски соответствовали значениям в объекте шаблона выше или ниже этого порога. На следующем шаге я хо…
23 апр '19 в 13:35
0
ответов
Как передать 4D Array в конвейер scikit-learn без вызова ValueError: Найдены входные переменные с непоследовательным количеством выборок
У меня есть список путей к файлам 3D Nifti. Я использую Nilearn's resample_img который возвращает четырехмерное изображение, где первые три измерения представляют оси x,y,z, а четвертое измерение представляет количество субъектов. Затем я хочу перед…
03 июн '19 в 11:21
0
ответов
Ошибка OSError Jupyter Notebook: [WinError 193]% 1 не является допустимым приложением Win32 при импорте nilearn
Это ошибка, которую я получаю при запуске "import nilearn". OSError Traceback (most recent call last) <ipython-input-2-ffe7acae440c> in <module> ----> 1 import nilearn ~\AppData\Roaming\Python\Python37\site-packages\nilearn\__init__.p…
08 июн '20 в 09:14
2
ответа
Поменять местами оси трехмерного изображения в nilearn/numpy
Я работаю с некоторыми данными нейровизуализации, и мои размеры для сканирования (100, 150, 100). В настоящее время я работаю с файлом в формате nibabel. Есть ли хороший способ поменять оси местами? Например, я хочу, чтобы мое изображение было (100,…
05 май '20 в 11:53
2
ответа
ImageFileError: не удается определить тип файла ".nii"
Когда я пытаюсь загрузить свой.NII файл как 4D Niimg-подобный объект (пробовал и nilearn, и nibabel), Я получаю ошибку ниже Ошибка: ImageFileError: не удается определить тип файла "/Users/audreyphan/Documents/Spring2020/DESPO/res4d/1/res4d_anat.nii"…
03 мар '20 в 08:04
0
ответов
Визуализация 3D изображений с помощью nilearn
Я использовал plot_glass_brain для визуализации трехмерного изображения (Nifti) с помощью nilearn, но оно отображается некорректно. см. код и изображения ниже В 2_1_t2.niiфайл доступен по этой ссылке: https://drive.google.com/file/d/1_gsg8sO9c7Ws6Xd…
16 июн '20 в 15:31
1
ответ
Изменить порядок осей файла Nifti
У меня есть файлы 3D nifti размеров (50, 100, 50). Я хотел бы перевернуть оси y и z так, чтобы размер был (50, 50, 100). Как лучше всего это сделать и как изменить связанный аффинный файл с файлом? В настоящее время я превращаю файл nifti в массив n…
25 июн '20 в 11:44
1
ответ
Как построить несколько срезов трехмерного изображения мозга с помощью подзаголовков nilearn и matplotlib
Я новичок в программировании, поэтому, если я ошибаюсь, просто скажите мне. Я хочу построить 25 срезов сканирования мозга с помощью nilearn. Эти 25 срезов должны проходить вдоль оси z с шагом =2. Я хочу использовать подзаговоры, чтобы представить их…
01 сен '20 в 20:00
1
ответ
Постройте компоненты PCA, полученные из sklearn.decomposition.PCA, отдельно в трехмерном пространстве
В своем проекте я работаю с трехмерными данными МРТ, где четвертое измерение представляет разные предметы (для этого я использую пакет nilearn). Я используюsklearn.decomposition.PCAчтобы извлечь из моих данных заданное количество основных компоненто…
06 апр '20 в 17:16
0
ответов
nilearn plotting не отображает метки
Я использую следующий код для построения корреляционной матрицы. from nilearn import plotting import matplotlib.pyplot as plt def plotMatrix(matrix, plot_path, labels, title, ticks, vmin, vmax): """Plot matrix. param matrix: two dimen…
07 окт '20 в 01:44
0
ответов
Неинтерактивный график при загрузке данных фМРТ с NiLearn
Я пытаюсь построить сканирование мозга с https://openneuro.org/, которое я сначала визуализировал с помощью программного обеспечения с открытым исходным кодом, чтобы увидеть, как это выглядит: И мне разрешено взаимодействовать с ним, то есть перемещ…
29 сен '20 в 13:11
1
ответ
Удаление / скрытие пустых подзаголовков в matplotlib при построении гибкой сетки
Я использую nilearn, чтобы нанести ряд разрезов вдоль оси через файл трехмерного изображения мозга. Моя цель - сделать гибкую функцию, в которой я могу изменять количество строк, столбцов и диапазон координат разрезов по своему усмотрению. Причина э…
13 окт '20 в 12:00
0
ответов
Преобразование статического двоичного изображения (.mat) в изображение Nifti1Image
У меня есть файл .mat (расположенный в папке производных на https://openneuro.org/datasets/ds000228 ), содержащий ROI мозга. Есть ли способ преобразовать файл в отличное изображение? Я могу прочитать файл как: import mat73 mat = mat73.loadmat('deriv…
18 фев '21 в 13:09
1
ответ
Как я могу пакетно создавать маски из функции определения порога цвета?
Я создал функцию маски, используя приложение порогового значения цвета. Я хотел бы запускать несколько изображений через функцию, а не каждое изображение по отдельности. Например, «Control_1 Negative P001(30).png», «Control_1 Positive P001(30).png» …
04 мар '21 в 19:53
0
ответов
Изменение размера файла .nii в Python
Я пытаюсь изменить размер файлов Nii, чтобы моя программа занимала меньше вычислительных ресурсов, я хочу изменить их масштаб с (240240155) до (120120155). Я попытался использовать модуль nilearn.image.resample_img, чтобы сделать это, однако, как ви…
31 мар '21 в 06:08
0
ответов
получение ошибки «Дамп памяти ошибки сегментации» при использовании функций nilearn
Привет, я работаю со стандартным набором данных для классификации с использованием nilearn. Однако я получаю Segmentation fault core dumpошибка при использовании mean_imgи для plottingфункции вот стандартный туториал и команды https://nilearn.github…
26 май '22 в 21:04
0
ответов
Почему выходные данные набора данных Nilearn fetch ABIDE пусты?
Я хочу провести диагностику аутизма, и одним из лучших наборов данных для диагностики аутизма является ABIDE (Autism Brain Imaging Data Exchange). Моя конечная цель в этой части — получить матрицу связности, которую я смогу использовать для остальны…
10 мар '22 в 09:21