Описание тега jags

Описание тега Вопросы с тегом
None Кроссплатформенный сэмплер Гиббса, аналогичный BUGS, для анализа байесовских иерархических моделей с использованием моделирования цепей Маркова методом Монте-Карло.
1 ответ

Параллельные RJAGS с тестированием сходимости

Я модифицирую существующую модель, используя RJAGS. Я хотел бы запускать цепочки параллельно и периодически проверять диагностику сходимости Гельмана-Рубина, чтобы узнать, нужно ли мне продолжать работать. Проблема в том, что если мне нужно возобнов…
06 апр '15 в 20:18
1 ответ

Почему я должен определить параметр верхнего уровня в JAGS и как?

Согласно инструкции по эксплуатации r-jags (раздел Компиляция): Предполагается, что любой узел, который используется в правой части отношения, но не определен в левой части какого-либо отношения, является постоянным узлом. Его значение должно быть у…
04 апр '16 в 19:13
0 ответов

Вывод процесса чистой бортом с JAGS

Я пытаюсь использовать JAGS для определения уровня рождаемости в (стохастическом) процессе чистого рождения. На языке химии эта модель эквивалентна реакции: X->2X со скоростью альфа *X (также можно рассматривать как модель цепной реакции) Это код R,…
29 сен '16 в 11:04
2 ответа

Управление объектом mcmc.list в R

Я использовал JAGS, вызванный через rjags, для создания объекта mcmc.list foldD_samples, который содержит мониторы трассировки для большого количества стохастических узлов (>800 узлов). Теперь я хотел бы использовать R для вычисления довольно сложно…
15 ноя '15 в 15:54
0 ответов

Гамма-распределение в JAGS - Ошибка в узле

Я пытаюсь параметризовать гамма-распределение в JAGS - кусочно-линейным предиктором, но моя модель не запускается со следующим сообщением об ошибке: Error: Error in node (ashape/(aexp(mu[59]))) Invalid parent values Модель работает, когда timber.rec…
11 дек '16 в 21:29
2 ответа

Как записать некоторые данные R в файл.csv?

Я пытаюсь экспортировать некоторые выборочные выходные значения из JAGS в формат.csv для дальнейшего анализа в R, но у меня возникли некоторые проблемы. > > codaSamples [[1]] Markov Chain Monte Carlo (MCMC) output: Start = 4001 End = 14000 Thi…
07 ноя '13 в 17:32
1 ответ

Несоответствие размеров при попытке использовать dmulti с rjags

Я пытаюсь подогнать модель ниже, используя rjags, но получаю ошибку несоответствия размеров. Модель хорошо работает в WinBUGS, и я не могу понять, как изменить код. Заранее благодарю за любую помощь. Данные: dataset <- list(n1 = 462, n2 = 537, y1…
15 июл '15 в 18:16
1 ответ

Добавление / удаление сводок / графиков требует повторной компиляции объекта runjags

Поскольку объект runjags со всеми графиками слишком большой, я попытался run.jags с plot=FALSEсохранить полученный результат runjags объект в файл, восстановить его в новой сессии R (как out), а затем генерировать участки по out.with_summaries <-…
21 сен '14 в 11:30
0 ответов

Недопустимые родительские значения при использовании dcat в JAGS

Я не могу получить JAGS для инициализации модели import pyjags jags_model = ''' model { pmf[ 1 ] <- .25 pmf[ 2 ] <- .25 pmf[ 3 ] <- .25 pmf[ 4 ] <- .25 test ~ dcat( pmf[] ) } ''' jags_data = dict() jags_model = pyjags.Model(jags_model, d…
07 дек '16 в 18:44
0 ответов

Ошибка в коде JAGS при использовании пакета R2jags

Я пытаюсь сделать байесовскую полиномиальную логистическую регрессию с помощью пакета R2jags на R. Так я объявляю свои данные... library(R2jags) library(mlbench) data(Glass) attach(Glass) n <- as.double(nrow(Glass)) # Sample size p <- as.doubl…
25 ноя '17 в 16:11
1 ответ

Узел, несовместимый с родителями в модели JAGS (R)

Я новичок в JAGS и пытаюсь провести простую логистическую регрессию. Мой файл данных очень прост: ответ является двоичным, и один используемый мной предиктор имеет три уровня. Как это: col1: 1 2 2 2 1 1 1 2 1 2 ... col2: HLL, HLL, LHL, LLL, LHL, HLL…
21 июн '16 в 23:36
0 ответов

JAGS - не удалось найти подходящий сэмплер

Я пытаюсь разработать иерархическую модель Дирихле-полиномиального процесса, скрытую по Маркову, в JAGS для оценки многопартийности, первичного намерения голосовать на основе результатов опроса. Я также использую первичную оценку голосов, чтобы вычи…
06 июн '15 в 12:28
0 ответов

Как реализовать LDA со свернутой выборкой Гиббса с помощью R-JAGS?

Я пытаюсь реализовать модель LDA с JAGS: model { for (i in 1:M) { theta[i,1:K] ~ ddirch(alpha) } for (i in 1:K) { phi[i,1:V] ~ ddirch(beta) } for (i in 1:W) { z[i] ~ dcat(theta[D[i],]) w[i] ~ dcat(phi[z[i],]) } } Программа потерпела крах, поскольку …
02 апр '16 в 13:23
1 ответ

Ошибка при переводе модели openBUGS в JAGS

Я хочу оценить беты для модели регрессии Кокса, используя код OpenBUGS. Я изменил пример кода, так как в примере он имеет только одну бета-версию, мне нужно различное количество бета-версий, в зависимости от моделей, которыми я его кормлю. Это моя м…
04 окт '16 в 22:25
1 ответ

Ошибка JAGS - возможный направленный цикл с участием некоторых или всех следующих узлов

Полный набор данных содержит ~11 000 строк. Я выполняю код с K=400, проверяя, что код выполняется. Все строки относятся к определенной ячейке на карте и содержат информацию, извлеченную из изображений Sentinel-2 и цифровой карты высот. Подмножество …
29 июн '18 в 10:13
1 ответ

Ошибка в векторе ("список", n.chains): неверный аргумент "длина"

Я использую R2jags и CODA для создания некоторой диагностической статистики для моих цепочек MCMC, но у меня возникли проблемы. Я хочу запустить MCMC следующим образом: modelfit <- jags(data=jags.data, inits=jags.inits, model.params, n.iter = 100…
18 июн '13 в 13:45
1 ответ

Почему эти модели возвращают другой образец

Я использую зазубрины, и я определил две разные модели для оценки параметра тета. Почему эти две модели возвращают разные образцы тета 1 и тета 2? Кто-то может мне помочь? #MODEL 1 model { for ( i in 1:nFlip) { y[i] ~ dbern ( theta[ mdlI ] ) } theta…
03 фев '12 в 17:26
0 ответов

R: ошибка с зазубринами

library(rjags) library(pcnetmeta) data(smoke) set.seed(1234) hom.eqcor.out <- nma.ab.bin(s.id, t.id, r, n, data = smoke, param = c("AR"), model = "het_cor", prior.type = "chol", c = 10, higher.better = TRUE, n.adapt = 5000, n.iter = 100000, n.cha…
30 май '17 в 01:32
0 ответов

Сплайн в JAGS плохо перемешивается

У меня есть модель, которая рассчитывает сплайн для данных повторной поимки с данными о выживании. Модель работает нормально, но параметры, которые вычисляют сплайн, смешиваются очень плохо. mean 2.5% 97.5% That n.eff ... m[1] 1.667899656 -0.555606 …
11 янв '17 в 16:47
2 ответа

Использование JAGS для оценки среднего покрытия навеса с биномиальным и 20 образцами / участок

Я хотел бы оценить медианы, а также 5, 25, 75 и 95-й процентили покрытия навеса для 13 групп (записанных как количество точек из 20 с присутствием растительности или без) и всего 223 образца. Ранее я публиковал это, предполагая бета-дистрибутив, но …
21 сен '14 в 20:07