Описание тега mcmc
Markov chain Monte Carlo (MCMC) methods are a class of algorithms for sampling from a probability distribution based on constructing a Markov chain that has the desired distribution as its equilibrium distribution. The state of the chain after a number of steps is then used as a sample of the desired distribution
1
ответ
Параллельные RJAGS с тестированием сходимости
Я модифицирую существующую модель, используя RJAGS. Я хотел бы запускать цепочки параллельно и периодически проверять диагностику сходимости Гельмана-Рубина, чтобы узнать, нужно ли мне продолжать работать. Проблема в том, что если мне нужно возобнов…
06 апр '15 в 20:18
2
ответа
Управление объектом mcmc.list в R
Я использовал JAGS, вызванный через rjags, для создания объекта mcmc.list foldD_samples, который содержит мониторы трассировки для большого количества стохастических узлов (>800 узлов). Теперь я хотел бы использовать R для вычисления довольно сложно…
15 ноя '15 в 15:54
1
ответ
Простая динамическая модель в PyMC3
Я пытаюсь собрать модель динамической системы в PyMC3, чтобы вывести два параметра. Модель является основным SIR, обычно используемым в эпидемиологии: дс / дт = - г0 * г * с * я dI/dt = g * I ( r * S - 1) где r0 и g - параметры, которые будут выведе…
21 янв '14 в 00:45
1
ответ
Мульти-обработка изображений с PyMC3
У меня проблема с обработкой изображений, которую я решил использовать, чтобы поэкспериментировать с изучением PyMC3. Я потратил много времени, играя с нелинейными решателями и методами грубой силы, и до сих пор ничто не делает меня счастливым. У ме…
25 ноя '13 в 18:11
0
ответов
Ошибка в функции metrop из пакета mcmc: алгоритм останавливается из-за создания NA во время вычисления логарифмического правдоподобия
Я использую metrop функция из пакета mcmc для оценки апостериорного распределения коэффициентов линейной регрессии (13 объясняющих переменных). Все предыдущие распределения коэффициентов представляют собой гаммы (форма и скорости были выбраны таким …
28 фев '17 в 18:25
1
ответ
SpBayes для офсетной модели
Я использую spBayes, чтобы соответствовать модели со смещением y ~ 1. У меня есть такой фрейм ID lon lat y 1 A 90.0 5.9 0.957096100 2 A 90.5 6.0 0.991374969 3 A 91.1 6.0 0.991374969 4 A 92.7 6.1 0.913501740 5 A 94.0 6.1 0.896575928 6 A 97.8 5.2 0.63…
29 сен '15 в 17:22
2
ответа
Почему значения трасс имеют периоды (нежелательной) стабильности?
У меня довольно простой набор тестовых данных, который я пытаюсь согласовать с pymc3. Результат, генерируемый traceplot, выглядит примерно так . По сути, трассировка всех параметров выглядит так, как будто есть стандартная "гусеница" на 100 итераций…
06 сен '17 в 15:33
1
ответ
Модель многомерной смеси PyMC3: ограничение компонентов не пустыми
Я внедряю персонализированную смесь многомерных гауссовых регрессий в pymc3 и столкнуться с проблемой с пустыми компонентами. Обратившись к связанному примеру модели смеси PyMC3, я попытался реализовать модель с использованием одномерных нормалей, н…
16 фев '16 в 17:18
0
ответов
PyMC3 моделирование данных клиентов
Я столкнулся со следующей ситуацией. Два типа клиентов приходят на сайт, чтобы купить продукты. Продукты ранжируются в списке. Предполагается, что есть два типа клиентов, постоянные и случайные. Оба типа будут покупать продукты, перечисленные на сай…
23 ноя '17 в 19:41
1
ответ
Как определить более сильные приоры в MCMCglmm?
Я работал в течение нескольких недель с пакетом MCMCglmm R. Это первый раз, когда я работаю с ним. Я прочитал много статей и руководств для лучшего понимания, но я не могу решить проблему, которая у меня есть: Это часть моих данных (только для одног…
29 ноя '17 в 13:01
1
ответ
Заменить значения выходного столбца в пределах диапазона на "True"
Я пытаюсь написать функцию, включающую пакет MICE, и хочу указать, сходятся ли цепочки Маркова в вменяемом наборе данных по критериям статистики Гельмана и Рубина, используемой в Rhat.mice (из пакета "miceadds"), заменяя все значения между 0,999 и 1…
27 апр '18 в 02:12
1
ответ
Байесовское стохастическое оптимальное управление, MCMC
У меня есть проблема стохастического оптимального управления, которую я хочу решить, используя некоторый тип системы, основанной на байесовском моделировании. Моя проблема имеет следующую общую структуру: s_t+1 = r*s_t(1 - s_t) - x_t+1 + epsilon_t+1…
26 ноя '15 в 05:23
1
ответ
Ошибка в векторе ("список", n.chains): неверный аргумент "длина"
Я использую R2jags и CODA для создания некоторой диагностической статистики для моих цепочек MCMC, но у меня возникли проблемы. Я хочу запустить MCMC следующим образом: modelfit <- jags(data=jags.data, inits=jags.inits, model.params, n.iter = 100…
18 июн '13 в 13:45
1
ответ
Метрополис Гастингс для модели линейной регрессии
Я пытаюсь реализовать алгоритм Метрополиса-Гастингса для простой линейной регрессии в C (без использования других библиотек (boost, Eigen и т. Д.) И без двумерных массивов)*. Для лучшего тестирования кода / оценки графиков трассировки я переписал ко…
17 ноя '15 в 19:47
0
ответов
Несходимость трассировки при использовании pymc с логарифмическими данными
Не удается найти след, сходящийся в моей простой программе подбора полиномов. Я приведу пример параметра "а" ниже. Единственное, о чем я могу думать, так это о том, что я использую логарифмические данные, а логарифмическая вероятность вызывает пробл…
10 окт '16 в 21:43
0
ответов
Метрополис Гастингс моделирование в R
Я пытаюсь внедрить Metropolis Hastings в R с помощью пакета MHadaptive. Но у меня есть некоторые проблемы. Почему эта ошибка появляется? объект 'z' не найден. И в результате должно появиться значение оптимизации для z. q<-as.matrix(dataset1) { li…
28 сен '17 в 10:11
0
ответов
Взвешенная выборка PyMC
Большинство моих выборок являются повторениями, есть ли способ дать вес каждой выборке, который бы представлял, как часто он должен проходить только через уникальный набор? Или есть способ манипулировать функцией логарифма (вероятности), которую я о…
04 сен '18 в 15:48
0
ответов
Какой пакет R может взаимодействовать между сглаживанием и контролем родословного эффекта?
Я застрял на несколько недель. Я пытаюсь смоделировать набор данных, в который я хочу включить взаимодействия между сглаживаниями [как в пакете GAM: s(a, b, by = c) или ti(a, b, by = c)] и одновременно контролировать влияние родословной животных из …
20 дек '17 в 08:14
1
ответ
Октавное приближение е
Я хочу использовать алгоритм MCMC в Octave, чтобы с максимальной точностью вычислить следующее выражение: "1/e". Прочитав несколько уроков, я нашел формулу для вычисления π, но я не понимаю, как она работает. octave:2> S=1e7; a=rand(S,2); 4*mean(…
04 июн '14 в 13:23
1
ответ
2 образца ПК для одного и того же пациента в Matlab Simbiology: как рассчитать индивидуальную вариабельность?
Извините, я новичок в наборе инструментов MatLab Simbiology! Я пытаюсь построить популяционную модель фармакокинетики, которая включает внутрииндивидуальную изменчивость / остаточную необъяснимую изменчивость. Кто-нибудь любезно посоветует, как ввод…
25 апр '15 в 08:01