Как записать некоторые данные R в файл.csv?

Question

Я пытаюсь экспортировать некоторые выборочные выходные значения из JAGS в формат.csv для дальнейшего анализа в R, но у меня возникли некоторые проблемы.

> 
> codaSamples
[[1]]
Markov Chain Monte Carlo (MCMC) output:
Start = 4001 
End = 14000 
Thinning interval = 1 
           pai     theta[1]     theta[2]   theta[3]   theta[4]
[1,] 0.9774972 0.0081192689 0.0101738296 0.06981109 0.10674466
[2,] 0.9527935 0.0076402088 0.0099482287 0.07593964 0.11060883
[3,] 0.9467507 0.0076402088 0.0099482287 0.07593964 0.11060883
[4,] 0.9514251 0.0076402088 0.0099482287 0.07593964 0.11060883
[5,] 0.9419245 0.0076402088 0.0099482287 0.07593964 0.11060883
[6,] 0.9914296 0.0076402088 0.0099482287 0.07593964 0.11060883
[7,] 0.9903451 0.0076402088 0.0099482287 0.07593964 0.11060883
[8,] 0.9917113 0.0064704730 0.0095551321 0.06748512 0.11033123
...
... 

[10000,] 0.9917113 0.0064704730 0.0095551321 0.06748512 0.11033123

> write.csv(codaSamples,"CODASAMPLES.csv",row.names=FALSE)
Error in as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE, stringsAsFactors =       stringsAsFactors) : 
cannot coerce class '"mcmc.list"' into a data.frame

Answer 1

mcmc.list может содержать несколько цепочек, вы хотите выбрать цепочку, которую хотите при записи в файл CSV:

write.csv(codaSamples[[1]], "CODASAMPLES.csv",row.names=FALSE)

Должен делать "правильные вещи", хотя у меня нет цепочки, чтобы проверить это в данный момент.

Answer 2

write.table ожидает фрейм данных или матрицу (если вы не передадите его, он попытается вызвать его). Если вы посмотрите на структуру codaSamples например str(codaSamples) вы увидите, что это объект списка с элементами, которые являются списками, фреймами данных или матрицами (я не знаю, что это на самом деле). ЕСЛИ это так смешано, write.table понятия не имеет, как превратить его в CSV.

Если вы хотите выбрать только матрицу, вы можете найти название элемента с names(codaSamples) или снова из str(codaSamples) а затем сделать что-то вроде sample.mcmc <- codaSamples[['Matrix']] или как там ни зовут, то вы сможете сохранить sample.mcmc в файл, как у вас есть.