Описание тега runjags

Описание тега Вопросы с тегом
NoneRunjags: Утилиты интерфейса, шаблоны моделей, методы параллельных вычислений и дополнительные распределения для моделей MCMC в JAGS
1 ответ

Добавление / удаление сводок / графиков требует повторной компиляции объекта runjags

Поскольку объект runjags со всеми графиками слишком большой, я попытался run.jags с plot=FALSEсохранить полученный результат runjags объект в файл, восстановить его в новой сессии R (как out), а затем генерировать участки по out.with_summaries <-…
21 сен '14 в 11:30
1 ответ

Большой список мониторов для runjags

С помощью runjags я пытаюсь отслеживать очень большое количество значений. Формат для списка мониторов - это строка значений. В этом случае я прошу закомментировать только 3, Y[14], Y[15], Y[3]. run.jags(model="model.MC.txt",data=list(Y=Y.NA.Rep,siz…
12 июл '17 в 16:29
1 ответ

Ошибка JAGS - возможный направленный цикл с участием некоторых или всех следующих узлов

Полный набор данных содержит ~11 000 строк. Я выполняю код с K=400, проверяя, что код выполняется. Все строки относятся к определенной ячейке на карте и содержат информацию, извлеченную из изображений Sentinel-2 и цифровой карты высот. Подмножество …
29 июн '18 в 10:13
0 ответов

Сплайн в JAGS плохо перемешивается

У меня есть модель, которая рассчитывает сплайн для данных повторной поимки с данными о выживании. Модель работает нормально, но параметры, которые вычисляют сплайн, смешиваются очень плохо. mean 2.5% 97.5% That n.eff ... m[1] 1.667899656 -0.555606 …
11 янв '17 в 16:47
1 ответ

Вставка кода Jagam в модель Runjags (JAGS)

Я пытался включить сглаживание в модель runjags, которую я создал, чтобы смоделировать номера нор морских птиц и распределение по острову. Мне удалось сгенерировать некоторый код сглаживания, извлекая данные подсчета и координаты x и y из выходных д…
13 авг '18 в 21:14
3 ответа

JAGS - иерархическое сравнение моделей, не перепрыгивающее между моделями даже с псевдопримерами

Я использую инфраструктуру иерархического моделирования, описанную Крушке, чтобы настроить сравнение между двумя моделями в JAGS. Идея в этой структуре состоит в том, чтобы запустить и сравнить несколько версий модели, указав каждую версию как один …
21 сен '15 в 07:20
1 ответ

Построение определенной переменной в выводе runjags

При построении вывода runjags как можно построить одну конкретную переменную, когда многие другие переменные имеют похожие имена? Предоставление имени переменной в кавычках с varsАргумент, похоже, не делает этого (он по-прежнему обеспечивает все час…
05 окт '15 в 15:04
1 ответ

Обрезка mcmc.list в зазубринах / рягах / бегах

У меня есть выход runjags модель в R как mcmc.list, Ниже приведен код для генерации 3 цепочек из 1000 образцов. Я хотел бы урезать все 12 цепей до последних 400 образцов. Я могу разделить цепочки и сохранить матрицы вывода цепочек в списке, но это б…
25 апр '18 в 14:28
1 ответ

Runjags - как позволить JAGS определиться с фазой адаптации?

Я использую run.jags функция пакета Runjags. Проблема в том, что run.jags заставляет фазу адаптации даже для моделей, которые не нуждаются в этом. Я хочу позволить JAGS принять решение о необходимости и продолжительности фазы адаптации по умолчанию …
21 мар '14 в 09:54
0 ответов

RJags "Невозможно найти подходящий сэмплер"

Я пытаюсь смоделировать размеры ям черепахи, используя выборку расстояний между линиями и трансектами и увеличение данных. Тем не менее, я получаю сообщение об ошибке "не могу найти подходящий сэмплер". Немного предыстории: Норы могут быть шириной о…
11 дек '17 в 18:11
1 ответ

Как сохранить объект Coda в R

Я не уверен, как сохранить объект coda (mcmc.list) в R. Другие задали аналогичные вопросы, но я обнаружил, что приведенные ответы не очень ясны. В идеале я хотел бы сохранить объект coda как файл R.data или текстовый файл (например, csv), чтобы я мо…
17 фев '15 в 04:24
1 ответ

Прогнозирование результатов с использованием JAGS от R

[Код обновлен и больше не соответствует сообщениям об ошибках] Я пытаюсь понять, как JAGS предсказывает значения результатов (для смешанной марковской модели). Я обучил модель на наборе данных, который включает в себя результат m и ковариаты x1, x2 …
20 фев '18 в 13:29
1 ответ

Настройка параметров сюжетов

Я пытаюсь запустить JAGS, используя runjags упаковать и изготовить индивидуальные участки - изменить цвета цепочек (полный код модели находится в вопросе https://stats.stackexchange.com/q/62006/5509): require("runjags") out2 <- run.jags("Poisson.…
15 фев '14 в 14:12
1 ответ

Умножение вектора параметров на матрицу независимых переменных в JAGS

Я подгоняю многомерную модель в JAGS, используя распределение dirlichet. У меня есть матрица y из 3 видов пропорциональных численности. #generate 3 columns of species proprotional abundance data y <- matrix(ncol = 3, nrow = 100) y[,] <- abs(rn…
24 апр '18 в 19:01
1 ответ

run.jags среда поиска данных

Я получаю некоторое нелогичное поведение от run.jags() в любой модели с блоком данных и аргументом data=. Кажется, он использует аргумент data для запуска.jags для фактической модели, но ищет в среде все, что используется в блоке данных. Вот пример …
28 сен '16 в 21:48
1 ответ

Ошибка в jags.model

Я новичок в R и JAGS, и даже не очень опытный в программировании. Я пытаюсь настроить иерархическую модель для некоторых данных, но я получаю эту ошибку: ####error in line above: Error in jags.model(file = "modelControl.txt", data = dataList, inits …
06 июн '17 в 01:03
1 ответ

Конвертировать многоуровневые модели в широкий формат

У меня многоуровневая модель зазубрин. Я пытаюсь преобразовать его из широкого в длинный формат, как описано здесь: http://jeromyanglim.tumblr.com/post/37361593128/jags-converting-multilevel-model-from-wide-to Однако моя модель более сложная, чем пр…
16 янв '17 в 00:27
1 ответ

Резюме runjags в Linux

Я поставил summarise = TRUE в функции run.jags, затем сохранил объект вывода как save(out, file="out.RData"), Когда я позже загружу этот объект, я смогу получить резюме, графики и т. Д. Однако когда я использую точно такой же код и запускаю модель, …
15 сен '15 в 20:34
1 ответ

RUNJAGS-набор семян без предварительного моделирования

Я выбираю некоторые данные из нормального дистрибутива, используя runjags. У меня нет никаких предварительных настроек для параметров, которые я использовал для моделирования. Кажется, что runjages не использует аргумент для исправления семени: list…
10 сен '18 в 11:27
1 ответ

Логистическая регрессия с категориальными предикторами с использованием JAGS

Я новичок в JAGS и пытаюсь предсказать двоичный результат (0/1), используя 9 не непрерывных предикторов. Значения предиктора могут быть 0, 1 или 2. Это мой первый раз, и хотя я могу запустить модель, я на 100% уверен, что здесь определенно есть ряд …
11 июн '16 в 21:08