Описание тега glmmtmb
NoneGlmmTMB - это пакет R для подбора и анализа линейных, нелинейных и обобщенных линейных смешанных моделей.
2
ответа
Включение смещения в модели Пуассона удвоенное количество моделей-кандидатов
Пересмотренный вопрос и код (10.07.2020) В этот вопрос было внесено несколько редакций по мере продвижения анализа. Я включил самую последнюю информацию здесь, вверху, но для тех, кто застрял на других этапах, см. Информацию ниже. Резюме: я моделиру…
13 июн '20 в 00:36
0
ответов
Ошибка с glmmTMB не может вызвать FreeAdFunObject?
Я использую R 4.02 и RStudio 1.3.1073. У меня возникает ошибка при запуске модели с glmmTMB. Следует ли мне обновить или вернуться к другой версии? Ошибка в.Call("FreeADFunObject", ptr, PACKAGE = DLL): "FreeADFunObject" недоступен для.Call() для пак…
21 авг '20 в 02:07
2
ответа
Имитация данных negbin из подобранной модели glmmTMB - семейство negbin1
Я установил glmmTMB модель с использованием family = nbinom1. Теперь я хотел бы выполнить моделирование данных на основе прогнозируемых значений и дисперсии. Однако, судя по файлам справки, похоже, чтоrnbinom функция использует family=nbinom2 параме…
10 май '20 в 23:53
1
ответ
Контраст между переменными в glmmTMB
В качестве воспроизводимого примера возьмем следующий бессмысленный пример: > library(glmmTMB) > summary(glmmTMB(am ~ disp + hp + (1|carb), data = mtcars)) Family: gaussian ( identity ) Formula: am ~ disp + hp + (1 | carb) Data: mtcars AIC BIC…
08 июн '20 в 01:25
1
ответ
контрастирует с нулевым надувом glmmTMB
Я бегу без надувания glmmTMBмодель. Я заинтересован в проведении попарных сравнений между разными уровнями факторов как для условной, так и для нулевой инфляции. Условную часть я легко могу сделать обычнымemmeansподходить. Я пытался использовать (от…
12 июн '20 в 22:27
1
ответ
Понимание и исправление ошибок ложной сходимости в glmmTMB + lme4
Я пытаюсь использовать glmmTMBчтобы запустить несколько итераций моей модели, но постоянно получать одну и ту же ошибку. Я попытался объяснить свой эксперимент ниже и вставил полную модель, которую пытаюсь запустить. Предпосылки к эксперименту Завис…
20 июн '20 в 00:08
0
ответов
Будут ли государственные торговые партнеры считаться вложенными или перекрещенными?
Если у вас есть набор данных, который описывает объем торговли между одним государством (i) и многими другими (j), вы бы разработали модель случайного эффекта, в которой i был вложен в j (т.е. (1 | j) + (1 | i: j) или (1 | j / i)); скрещенный, где R…
03 июл '20 в 17:13
0
ответов
временная автокорреляция и точное соответствие в glmm
У меня проблемы с временной автокорреляцией и способом ее реализации в glmm. Здесь ( https://cran.r-project.org/web/packages/glmmTMB/vignettes/covstruct.html) с авторегрессионным процессом (AR1) они соответствуют временным рядам с одним шагом по вре…
25 июл '20 в 14:30
0
ответов
Как рассчитать прогнозируемые средние для конкретных фиксированных эффектов на основе выходных данных модели с помощью glmmTMB
Я запускаю glmm, используя glmmTMB и использую pred () для вычисления прогнозируемых средних значений. Я хочу знать, можно ли рассчитать прогнозируемые средние на основе конкретных фиксированных эффектов модели. запустить модель model_1 <- glmmTM…
17 авг '20 в 16:03
0
ответов
Как применить аргументы к многомодельному точечному и усовому графику коэффициентов?
Я пытаюсь создать сюжет, подобный следующему (взято из https://cran.r-project.org/web/packages/dotwhisker/vignettes/dotwhisker-vignette.html), но без перехвата и без изменения масштаба: Я слежу за кодом из https://cran.r-project.org/web/packages/glm…
01 май '20 в 19:49
2
ответа
AICc(): ошибка с logLik, не может применяться к объекту класса "логический"
Я пытаюсь получить таблицу AICc для нескольких моих моделей, которые были построены с использованием пакета glmmTMB. Модель дает значение logLik, но не AICc. Когда я помещаю модель в AICc(): a <- print(AICc(model, trace = TRUE, rank = "AICc", REM…
15 май '20 в 19:00
0
ответов
Пакет GlmmNP выдает ошибки
Я новичок в glmm. Я требую, чтобы он соответствовал модели, которая учитывала бы пчел, которых кормили двумя способами обработки пыльцы, помещенных в разные клетки, и их вес регистрировался ежедневно. Я хочу ответить на вопрос, меняется ли вес пчел …
21 май '20 в 16:01
0
ответов
Кодирование выбора ресурсов - вложенные переменные с независимыми случайными эффектами в R
Я пытаюсь указать модель, которая оценивает выбор ресурса (размещение) в зависимости от времени с момента возгорания (TSFdays) и типа сжигания (сожжено или не сожжено в текущем году). Мои данные используются (1 = насесты) и случайные местоположения …
10 июн '20 в 18:35
2
ответа
Как подобрать доверительные интервалы с помощью функции прогнозирования для glmmTMB
Я запускаю смешанную модель с использованием пакета glmmTMB и использую функцию прогнозирования для вычисления прогнозируемых средних значений, используя следующий код: запустить модель model_1 <- glmmTMB(Step.rate ~ Treatment*Week + (1|Treatment…
13 авг '20 в 19:17
1
ответ
Как добавить смещение в смешанную модель
У меня есть набор данных, содержащий количество шагов коров из 4-недельного испытания, в котором каждое животное подвергалось лечению A или лечению B в начале 2-й недели, и я хочу знать, как скорость шага в двух группах лечения изменялась каждую нед…
20 авг '20 в 19:40
0
ответов
Проблемы с настройкой R, OpenMP и glmmTMB
Я смотрю на пару сложных моделей, которые, похоже, требуют больших вычислительных мощностей. В настоящее время я использую пакет R "glmmTMB" для учета пространственно-временной автокорреляции и случайных эффектов. Теоретически glmmTMB должна работат…
31 авг '20 в 17:57
1
ответ
данные о сверхдисперсии с нулевым накачиванием, ошибка glmmTMB в R
Я работаю с данными подсчета (доступны здесь), которые являются нулевыми и чрезмерно диспергированными и имеют случайные эффекты. Пакет, который лучше всего подходит для работы с такими данными, - этоglmmTMB(подробности здесь и устранение неполадок …
19 май '20 в 01:32
0
ответов
Работает ли команда "subset" в функции земснаряда MuMIn со случайными эффектами?
У меня есть следующая GLMM со случайным наклоном, на которой я провожу усреднение модели с использованием MuMIn "драги" (я не думаю, что мой набор данных актуален, поэтому я просто включаю здесь код): sett_global2 <- glmmTMB(sett_dens~ depth_scal…
05 июн '20 в 21:02
1
ответ
Почему я получаю NA в сводных результатах модели? GLMM с нулевым накачиванием с glmmTMB()
Я пытаюсь запустить отрицательную биномиальную GLMM с нулевым накачиванием с помощью glmmTMB; однако я получаюNAс в z а также pзначения итогового вывода моей модели. Я не уверен, в чем причина; Я следил за виньеткой и онлайн-справкой, но думаю, что …
07 июн '20 в 02:53
1
ответ
Укороченное отрицательное биномиальное семейство glmmTMB все еще находится в стадии разработки?
Я реализовал некоторые модели отрицательных биномиальных препятствий в R-пакете glmmTMB и наткнулся на что-то озадачивающее в отношении семейства усеченных отрицательных биномов. Изучая источник этого семейного аргумента, я обнаружил: truncated_nbin…
03 июл '20 в 08:31