Описание тега mixed-models
Programming problems related to the analysis of statistical models with random-effects terms, also variously: repeated measures, hierarchical, multilevel models
2
ответа
Ищете специальную модель для Anova типа 2 (модель со смешанными эффектами)
У меня вопрос, как мне запустить post hoc на Anova типа 2 (модель со смешанными эффектами)? Пока я использую glmer() из пакета "lme4", Anova() из пакета "автомобиль", и пытается выполнить тест HSD из пакета "Agricolae". После поиска в течение некото…
19 июн '18 в 19:18
0
ответов
Анкова с помощью переменной, выбранной из цикла (R)
У меня есть 1000 зависимых переменных (у) для использования в Ancova. Независимые переменные (x) одинаковы во всех моделях. Yvar1, Yvar2, …, Yvar1000, x1, x2 1 2 5 11 16 2 3 6 18 23 Мне нужен код R, который заменяет example$Y.to.use значения для каж…
14 июн '14 в 19:50
0
ответов
Нужны уточнения по Коэф. и св. случайного параметра в результатах MixedLM
Я пытаюсь понять результаты смешанных линейных моделей, предоставляемых пакетом Python statsmodel. Я хочу избежать ошибок в моем анализе и интерпретации данных. Вопросы после блока загрузки / вывода данных. Загрузка данных и примерка модели: import …
31 окт '18 в 07:52
0
ответов
GLMM-скрипт с фиксированными и случайными переменными
Я пытаюсь создать модель в R, которая учитывает мой опрос. В исследовании участвуют многие объясняющие переменные, переменная ответа называется HUNTED и данные о 3 различных времени PERIODS, Мой набор данных слишком большой, я только что добавил его…
05 сен '18 в 19:45
1
ответ
Взаимодействие случайных наклонов в моделях смешанных эффектов в Юлии
Возможно ли иметь взаимодействия случайных эффектов в подгонке LMM в Юлии? Это дает ошибку model = fit!(lmm(@formula(response ~ 1 + A*B + (1+A*B|sub)), data) ERROR: MethodError: no method matching getindex(::DataFrames.DataFrame, ::Expr) Распаковка …
24 авг '17 в 19:13
2
ответа
Вычисление p-значений для модели с нулевым случайным эффектом в lm4/lmerTest
Edit1: как сообщается @RolandASc ниже, похоже, ошибка в lmerTest , Я уже написал электронное письмо сопровождающему пакета с сообщением о проблеме. Edit2: Ответ сопровождающего: "мы работаем над обновлением, где, как мы надеемся, такие проблемы буду…
23 янв '18 в 09:18
0
ответов
Попарное сравнение с NLME
Я использую модель смешанного эффекта с пакетом nlme в R. Мои данные включают 82 животных (с повторением), эти 82 животных сгруппированы по 3 породам (определены как категориальные переменные), моя непрерывная переменная - квадрат времени и отклик -…
16 янв '14 в 08:02
0
ответов
R: извлечь матрицу дизайна из объекта MixedClass, используя пакет mirt
Я использую mixedmirt функция из пакета R mirt оценивать модели смешанных эффектов с ковариатами элементов как фиксированные эффекты (по существу, модель IRT с объяснением элементов или LLTM). Я хочу знать, хранится ли матрица дизайна (матрица модел…
25 фев '19 в 16:02
0
ответов
Сообщение об ошибке при создании прогнозов для пользовательской функции связи для glmer
Я пытаюсь смоделировать выживание гнезда, используя функцию glmer в R. Чтобы включить дни воздействия в модель, я использовал отличную пользовательскую функцию связи Бена Болкера ( здесь). Однако, когда я пытаюсь сгенерировать прогнозы для каждого р…
17 авг '16 в 12:37
0
ответов
Извлечь остатки из цикла lme4
Я хочу извлечь остатки из линейного смешанного модельного цикла. results <- matrix(NA, nrow(meth),4, dimnames=list(rownames(meth), c("nobs", "coef", "coef.se", "Pval"))) Цикл создает матрицу с результатами для переменной X, но теперь я хочу извле…
18 июн '17 в 10:06
1
ответ
EM-алгоритм для многомерных t-смешанных моделей
Я пытаюсь реализовать EM-алгоритм для семейных данных, где я предполагаю, что мои наблюдения имеют многомерное t-распределение. У меня есть только два родных брата на семью, поэтому у всех семейных групп есть только два наблюдения. В основном я пыта…
12 апр '17 в 11:07
0
ответов
glmmADMB - Ошибка максимизатора функции (не удалось найти файл параметров)
Моя модель имеет вид: m1 <- glmmadmb(count_data ~ fixed1*fixed2 + (1|random/nested_random) + offset(log_total_counts), data = long_data_frame, verbose=FALSE,family="nbinom2") Это выполняется до конца на моем ноутбуке Mac (OS 10.13.4). Мне нужно п…
07 июл '18 в 18:21
0
ответов
Модельные матрицы в R, для смешанных моделей
Я пишу свой собственный программный пакет для определенного типа смешанных моделей в R и хотел бы простой и эффективный способ формирования матриц проектирования. Фиксированная часть ("X") не проблема, я использую model.matrix, или же sparse.model.m…
11 авг '17 в 19:48
1
ответ
Как интерпретировать коэффициент лог-преобразованной модели из смешанной модели в исходном масштабе в R?
Полная модель для роста растений выглядит следующим образом: lmer(log(growth) ~ nutrition + fertilizer + season + (1|block) где питание (азот / фосфор), удобрения (нет / добавлено), сезон (сухой / влажный) Краткое изложение модели выглядит следующим…
13 дек '17 в 13:11
0
ответов
Альтернативные решения для многоуровневого моделирования из-за того, что на уровнях 2 и 3 недостаточно кластеров
Я использовал несколько многоуровневых моделей для своих данных, но теперь мне сказали, что мои кластеры слишком малы, и мне нужно рассмотреть возможность вынести два уровня и добавить их в качестве ковариат (фиктивные переменные). Я сделал это, и э…
15 фев '19 в 14:45
1
ответ
Почему функция Предиката () не принимает работу "новые данные" для моей модели lmer?
Когда я пытаюсь использовать Предикат (), или ПредикатИнтервал (), или bootMer(), предоставляя ему новые данные (даже если это те же данные, с которыми я построил модель), я получаю следующую ошибку: Error in [.data.frame(fr, vars) : undefined colum…
07 мар '17 в 14:46
4
ответа
Большие фиксированные эффекты биномиальной регрессии в R
Мне нужно запустить логистическую регрессию на относительно большом фрейме данных с 480000 записей с 3 фиксированными переменными эффекта. Фиксированный эффект вар A имеет 3233 уровня, вар B имеет 2326 уровней, вар C имеет 811 уровней. В общем, у ме…
20 фев '15 в 16:47
3
ответа
Доступ к оценке дисперсии случайных эффектов в NLME
Есть ли способ получить дисперсию случайного члена в модели пакета NLME? Random effects: Formula: ~t | UID Structure: General positive-definite, Log-Cholesky parametrization StdDev Corr (Intercept) 520.310397 (Intr) t 3.468834 0.273 Residual 31.0719…
20 май '13 в 12:52
2
ответа
Перехват случайного эффекта - библиотека (лето)
Когда я запускаю эту смешанную модель, я получаю всю необходимую статистику. library(sommer) data(example) #Model without intercept - OK ans1 <- mmer2(Yield~Env, random= ~ Name + Env:Name, rcov= ~ units, data=example, silent = TRUE) summary(ans1)…
15 сен '18 в 20:49
1
ответ
sommer, анализ смешанных моделей многомерных лайнеров, селекция растений
У меня была возможность прочитать документацию к лету, но я смог найти некоторый пример регрессии на маркерах (параметризация rrBLUP), только примеры использования параметризации родства (параметризация GBLUP). Пожалуйста, не могли бы вы мягко сказа…
29 окт '18 в 12:47