Укороченное отрицательное биномиальное семейство glmmTMB все еще находится в стадии разработки?

Question

Я реализовал некоторые модели отрицательных биномиальных препятствий в R-пакете glmmTMB и наткнулся на что-то озадачивающее в отношении семейства усеченных отрицательных биномов.

Изучая источник этого семейного аргумента, я обнаружил:

truncated_nbinom2 <- function(link="log") {
    r <- list(family="truncated_nbinom2",
           variance=function(mu,theta) {
               stop("variance for truncated nbinom2 family not yet implemented")
         })
    return(make_family(r,link))
}

Мне интересно, находится ли это семейство еще в разработке (на что указывает значок stop команда в дисперсии)?

Это задокументировано как работающее в виньетке, и я получаю разумные оценки из моделей, которые я подобрал с использованием этого семейства (например, смоделированные данные из модели кажутся разумными). Я знаю, что многие авторы пакета находятся на этом форуме, поэтому я надеялся, что кто-нибудь сможет уточнить.

Answer 1

В truncated_nbinom2семья должна нормально работать для большинства целей. Просматривая исходный код glmmTMB (grep "\$variance" R/*.R) $variance компонент family объект используется только:

• вычисление остатков Пирсона
• в создании объектов, которые будут использоваться effects пакет

Вы можете столкнуться с проблемой где-то еще в конвейере, если вы используете последующие пакеты, которым необходимо использовать ожидаемую дисперсию объекта для вычисления чего-либо. Но в остальном все должно быть хорошо.

PS Я нашел выражение для этой разницы и создал проблему, чтобы напомнить нам о ее реализации: https://github.com/glmmTMB/glmmTMB/issues/606

PPS, сейчас это находится в стадии разработки (к сожалению, я почти уверен, что статья, которую я нашел, охватывает только усеченный NB2, поэтому усеченному NB1, возможно, придется подождать некоторое время. Однако ответ все еще применим - отсутствие функции дисперсии только вызывать проблемы в некоторых обстоятельствах и никогда не должны вызывать тонких проблем...)