Как преобразовать vcf файл в файл ped используя plink?
Я пытаюсь преобразовать файл.vcf в файл.ped с помощью plink. Я прочитал несколько руководств и постов в Интернете, но, похоже, никто не упоминает, как конкретно конвертировать vcf в ped.
Я надеюсь, что здесь могут быть некоторые эксперты, которые имеют опыт работы с plink для преобразования vcf в ped. Буду признателен, если вы поделитесь своими знаниями. Более того, если есть другой способ (без риска) сделать это, пожалуйста, поделитесь им.
Спасибо!
2 ответа
Я конвертирую свои файлы vcf в форматы PLINK (ped, fam, map), используя VCFtools: https://vcftools.github.io/man_latest.html
Мои команды выглядят так:
vcftools --vcf my_data.vcf --out my_data --plink
Plink предоставляет свои собственные функции для преобразования файлов vcf (и других форматов) в plink-совместимые. Команда, которую вы ищете, перекодируется, и фактическая команда будет выглядеть так:
plink --vcf myfile.vcf.gz --recode --out myfile