Скрипт Bash для парных сравнений

Question

Я хотел бы написать bash-скрипт для попарных вычислений с моими файлами.

У меня есть фиксированный файл в каталоге и ряд файлов, которые я хочу использовать для парных сравнений.

Например:

Имя фиксированного файла: Genome.vcf Имя файлов для парных вычислений, которые находятся в одном каталоге: ind_GER, ind_ENG, ind_MRO

Я придумал следующий сценарий:

#!/bin/bash

for pop1 in $(find ind_*)
do
for pop2 in $(find ind_*)
do

 vcftools --gzvcf PATH/Genome.vcf --weir-fst-pop $pop1 --weir-fst-pop $pop2 --out $pop1_$pop2_fst

done
done

Я получаю ошибку:

Error: Requested Missing Argument

Очевидно, что я что-то не так, я был бы очень благодарен, если бы вы могли помочь с этим, спасибо.

Answer 1

Изменить это:

--out $pop1_$pop2_fst

за:

--out ${pop1}_${pop2}_fst

_ является допустимым символом в имени переменной.