Перенаправление файла vcftools в Linux - советы

Question

Вот код, который получает файл VCF из определенного региона, используя tabix и затем фильтрует его для определенной (европейской) популяции, используя опцию keep из vcftools.

####select specific population
if [ "$POP_FILE" != "" ]; then
    vcftools --vcf temp.vcf --keep $POP_FILE --recode --recode-INFO-all > temp2.vcf 2> /dev/null
else
    cp -f temp.vcf temp2.vcf    
fi

ПРОБЛЕМА: создает файл recode.vcf, но перенаправление не происходит, поскольку файл temp2 пуст

Answer 1

Я бы избегал vcftools и использовал бы вместо этого bcftools ( https://github.com/samtools/bcftools):

if [ "$POP_FILE" != "" ]; then
  bcftools view temp.vcf -S $POP_FILE -o temp2.vcf
else
  cp -f temp.vcf temp2.vcf
fi

Чтобы установить bcftools:

git clone --branch=develop git://github.com/samtools/bcftools.git
git clone --branch=develop git://github.com/samtools/htslib.git
cd htslib && make && cd ..
cd bcftools && make && cd ..
sudo cp bcftools/bcftools /usr/local/bin/