Описание тега bioperl

Описание тега Вопросы с тегом
BioPerl - это пакет инструментов Perl для вычислительной молекулярной биологии.
1 ответ

Пакет bioperl Bio::Tree::Tree не может найти метод объекта as_text

Я пытаюсь использовать as_text метод из Bio::Tree::Tree Я получаю это сообщение: can't locate object method as_text via package Bio::Tree::TreeЯ использую пример здесь Обратите внимание, что я попробовал другие методы в том же пакете, и они работали…
04 сен '13 в 22:36
1 ответ

Как проверить, имеет ли атрибут объекта значение?

Я получаю сообщение об ошибке, например, "не могу вызвать метод" xxxx "для неопределенного значения" при попытке проверить, был ли создан объект (модулем perl Bio::Perl). Существует ли общий способ проверки, имеет ли атрибут значение или нет? Я хоте…
07 янв '17 в 16:58
0 ответов

Парсинг файла GenBank с несколькими записями

Я был бы рад, если бы кто-нибудь мог помочь мне получить следующий код для вывода последовательностей (включая идентификаторы) всех записей во входном файле ( http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/examples/ls_orchid.gbk): use Bio::SeqIO; use Bio::…
08 ноя '13 в 21:42
1 ответ

Редактирование справки по Perl-скрипту для запуска и остановки в определенных местах массива

Нужна помощь в устранении неполадок и редактировании. Это домашнее задание. Мой профессор поощряет использование форумов. У меня пока нет опыта работы с Perl Functions или Subs, поэтому, пожалуйста, ограничьте ответы до соответствующего уровня, чтоб…
09 ноя '10 в 06:58
1 ответ

Bioperl и Samtools

Как я могу запустить 'mpileup', используя Bioperl? При попытке запустить mpileup с помощью Bio:: Tools:: Run:: Samtools я получаю 'mpileup' не зарегистрировано. Что я делаю неправильно? Любые указатели в правильном направлении приветствуются... спас…
01 апр '13 в 07:41
1 ответ

Сравнивая 2 строки разных размеров

Я немного новичок в Perl и сравниваю две строки разного размера, содержащие нуклеотиды ДНК. Я хочу, чтобы скрипт взял меньшую строку и поместил ее в намного большую строку, учитывая несоответствия и предоставив мне последовательность, найденную в бо…
08 авг '13 в 15:25
1 ответ

Использовать Bio::seq не работает в Perl

Я установил CPAN, а затем успешно установил Bioperl. Я не могу найти папку Bio Perl в /usr/bin Тем не менее, файлы присутствуют на home/.cpan/build/BioPerl-1.61/Bio/ Я не могу использовать Bio::SeqIO на Komodo IDE: Комодо Править 8 ОС: Ubuntu 12.04 …
27 ноя '13 в 20:42
3 ответа

Perl найти количество совпадающих 2 символов в строке

Есть ли в perl метод (не bioperl), чтобы найти количество каждых 2 последовательных букв то есть: количество AA, AC,AG,AT,CC,CA... в такой последовательности: $sequence = 'AACGTACTGACGTACTGGTTGGTACGA' PS: мы можем сделать это вручную, используя регу…
18 ноя '11 в 14:57
1 ответ

Как считать последовательности в файле fasta с помощью Bioperl

Добрый вечер, у меня есть код bioperl для подсчета количества последовательностей в файле fasta, но я пытаюсь изменить код для подсчета последовательностей короче 20 и длиннее от 120 в любом данном файле fasta. Код ниже use strict; use Bio::SeqIO; m…
04 май '16 в 04:59
1 ответ

Установка Bio::Restriction:: Анализ в клубничном Perl

Я пытаюсь установить модуль Bio::Restriction::Analysis в Strawberry Perl (v5.16.1.1 32 bit) с использованием CPAN. Тем не менее, похоже, что он не пройдет несколько тестов. Части выхода CPAN приведены ниже. Running Build test t/Align/AlignStats.t ..…
20 авг '12 в 13:58
0 ответов

Извлечь последовательность экзонов из базы данных mysql с помощью Bio::DB::SeqFeature::Store

Я загрузил геномную последовательность fastta и ее файл GFF3 в локальную базу данных mysql, используя "bp_seqfeature_load.pl". Теперь я хочу извлечь последовательность из позиции 100-2000 в цепочке "-" хромосомы 1 и напечатать последовательность экз…
02 июл '14 в 03:01
1 ответ

Разбор файла GenBank

По сути, файл GenBank состоит из записей генов (объявляемых 'gene', за которыми следует соответствующая запись 'CDS' (только по одной на ген), подобно двум, которые я здесь показываю ниже. Я хотел бы получить locus_tag против продукта в символе с ра…
19 фев '14 в 18:15
2 ответа

Обработка файлов FASTQ на основе длины пары сопряжений

Следующие файлы являются двумя сопряженными файлами парного конца fastq, я хочу разделить каждый fastq на основе их длины. mate1.fq: @SRR127.1 TGGTTATGATGTTTGTGTAGGAATAGAAATTTTGATTAAGATATTAGTGAAATTTGAATGTAGTTTATTTGGAAGTTATGGAGAGTTTATATTGTATTTATGTTTA…
01 май '15 в 08:50
1 ответ

Проблемы установки модуля Perl Bio::Perl

У меня возникают некоторые проблемы с установкой Bio-DB-HTS ( https://github.com/Ensembl/Bio-DB-HTS), необходимой для запуска сценария perl из клонированного репозитория git. Информация о системе и Perl Я на Mac OSx High Sierra v.10.13.6 и использую…
23 сен '18 в 17:14
1 ответ

Не удается установить Bioperl Moduals

Здание БиоПерл Чтение пропущенных шаблонов из "INSTALL.SKIP". !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! ОШИБКА: Невозможно создать / usr / local / bin У вас нет разрешения на запись в / usr / local / bin 6.!!!!!!!!!!!!…
29 ноя '16 в 03:51
1 ответ

Есть ли в Bioperl эквивалент IO::ScalarArray для массива объектов Seq?

В Perl у нас есть IO::ScalarArray для обработки элементов массива, как строки файла. В BioPerl мы имеем Bio::SeqIO, который может производить файловый дескриптор, который читает и пишет Bio::Seq объекты вместо строк, представляющих строки текста. Я …
22 апр '10 в 15:32
1 ответ

Ошибка Perl API: использование ключевого слова "SQL_INTEGER" во время использования "строгих подпрограмм"

Я пытаюсь подключиться к API Ensembl, используя следующий код Perl: #!/bin/perl use Bio::EnsEMBL::Registry; use DBI qw(:sql_types); my $registry = 'Bio::EnsEMBL::Registry'; $registry->load_registry_from_db( -host => 'ensembldb.ensembl.org', # …
24 окт '13 в 14:26
0 ответов

Perl Bio::DB::Sam падает во время вызова get_features_by_id()

Я использую Bio::DB::Sam в среде Centos7, используя samtools версии 0.1.17. Я использую эту процедуру для выполнения моей установки: wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.17/samtools-0.1.17.tar.bz2 tar xjf samtools-0.1.17.…
14 июн '17 в 00:29
1 ответ

Как преобразовать Perl-программу в устанавливаемый модуль?

У меня есть программа на Perl, которую я хочу преобразовать в модуль bioperl. Как я могу это сделать? Есть ли актуальный учебник? Это действительно все, что мне нужно. Спасибо.
02 авг '15 в 17:53
4 ответа

Установка модуля Perl Bio::DB::Sam

Я пытаюсь установить модуль Perl Bio::DB::Sam в моем домашнем каталоге на удаленном сервере. Я скачал модуль, распаковал файлы и запустил: perl Build.pl prefix=~/local вот что происходит дальше: This module requires samtools 0.1.10 or higher (samtoo…
28 авг '14 в 19:03