Описание тега neuro-image

Вопросы с тегом
1 ответ

Snakemake: экспорт d3dag - MissingInputException

Я хочу экспортировать DAG моего рабочего процесса в формат JSON, совместимый с D3.js: snakemake.snakemake(snakefile=smfile, dryrun=True, forceall=True, printdag=False, printd3dag=True, keepgoing=True, cluster_config=cluster_config, configfile=config…
22 авг '18 в 11:26
3 ответа

ImportError: нет модуля с именем 'nilearn'

Я пытаюсь построить .nii использование данных nibabel а также nilearn, Я использую python 3.5 и успешно установил оба пакета. Но когда я пытаюсь импортировать модуль, он возвращается - ImportError: No module named 'nilearn'. Что мне здесь не хватает…
30 мар '18 в 14:07
4 ответа

Как получить матрицу интенсивности изображений из изображений Nifti с Nibabel?

Я новичок с NiBabel. Я хочу знать, как получить матрицу интенсивности из изображений Nifti с этой библиотекой. Я использую следующий скрипт для получения вокселей: import nibabel as ni example_img = ni.load('myImage.nii') data = example_img.get_data…
14 июл '17 в 11:57
0 ответов

"Несовместимая версия библиотеки" при установке Suma и AFNI

Я пытаюсь установить AFNI и Suma, когда пытаюсь настроить среду, используя cp $HOME/abin/AFNI.afnirc $HOME/.afnirc suma -update_env это дает мне эту ошибку: Incompatible library version: suma requires version 11.0.0 or later, but libfontconfig.1.dyl…
21 май '19 в 15:14
0 ответов

Как преобразовать массив массивов 3D в изображение NIFTI?

Из этого вопроса Как преобразовать файл Nifti в массив Numpy? Я создал трехмерный массив изображений nifti. Я сделал некоторые изменения в этом массиве, например, изменил глубину массива, добавив заполнение нулями. Теперь я хочу преобразовать этот м…
10 мар '19 в 17:35
0 ответов

У меня проблема с извлечением файлов данных fMRI?

Я работаю с данными МРТ. У меня есть проблема при извлечении этих файлов данных fMRI. Ссылка приведена ниже, пожалуйста, помогите мне в извлечении этого файла. https://openneuro.org/datasets/ds000030/versions/00001/file-display/sub-10893:func:sub-10…
14 авг '19 в 18:58
0 ответов

Общие данные МРТ в линейном режиме

Общий анализ линейной модели обычно выполняется для данных фМРТ. Я применил тот же анализ к данным МРТ и нашел кластеры, которые линейно связаны со столбцами поведенческих оценок (матрица дизайна). Я хотел знать, даст ли мне этот анализ правильные р…
11 июн '20 в 22:40
2 ответа

Как исправить ошибку в fslvbm_2_template, когда файл template_4D_GM не создан

Я провожу анализ VBM в FSL. Я искал в архивах JISC Mail решения этой ошибки, но мне не повезло. На моем ноутбуке много свободного места, так что это не проблема с местом. У меня также была эта проблема в нескольких системах Mac. Любая помощь будет п…
11 окт '19 в 08:32
1 ответ

Как создать поверхность сетки из файла MRI сегментации с помощью Python и VTK

У меня есть двоичная маска трехмерных медицинских изображений в формате nifti, "mask.nii.gz", из которой я хотел бы извлечь сетку поверхности. Я могу загрузить данные двоичной маски в numpy.ndarray следующим образом import numpy as np import nibabel…
23 окт '19 в 07:09
1 ответ

Нейровизуализация: AFNI bash

Это ошибка, которую я получаю. Я новичок в этом, и я хочу запустить следующий скрипт в оболочке, но я получаю ошибки, файл COLUMN.nii - это отличный файл с набором масок со значением от 1 до 10 и Я хочу разделить эти маски в отдельный отличный файл,…
06 июл '20 в 14:48
0 ответов

AFNI Neuroscience: Как заменить 3dFourier на 3dTproject или 3dBandpass, не разрушая конвейер предварительной обработки?

Спасибо, что нашли время посмотреть этот пост, я боролся с кривой обучения AFNI и очень ценю, что есть такие замечательные люди, как вы, которые готовы помочь новичку. Задний план Наша лаборатория пытается обновить наш устаревший сценарий предварите…
15 ноя '20 в 20:11
1 ответ

Нейровизуализация МРТ подготовка модели CNN

Я хотел бы знать пару вещей, чтобы прояснить мое замешательство. Я хочу работать над набором данных сканирования медицинских изображений МРТ из базы данных ADNI. Каждое изображение МРТ при болезни Альцгеймера (БА) состоит из нескольких срезов. Долже…
22 фев '21 в 04:12
0 ответов

Вывод мозаики для срезов мозга (отдельные срезы трехмерного объема укладываются в строки и столбцы)

У меня много nifti-файлов, и я хочу создать обзор в jpg / pdf, показывающий определенные срезы трехмерного объема в 2-мерном представлении с использованием python Ранее я использовал программу matlab https://imaging.mrc-cbu.cam.ac.uk/imaging/Display…
14 фев '21 в 19:48
0 ответов

FSL dtifit (разное количество записей bvec и bval)

При попытке запустить FSL dtifit я получил сообщение об ошибке, в котором говорилось, что файлы bvec и bval не имеют одинакового количества записей. Я пробовал awk '{print NF; выход}'filename.bvecawk'{печать NF; exit}'filename.bval и получил 33 для …
13 мар '21 в 05:13
0 ответов

Плагин нейровизуализации nipype не работает

Я работал над чем-то, и на самом деле это мой первый раз, поэтому для меня все еще не так ясно, я запустил этот код: pip install nipype from nipype import Node, Workflow from nipype.interfaces.fsl import SliceTimer, MCFLIRT, Smooth slicetimer = Node…
01 май '21 в 15:50
2 ответа

Как уменьшить количество каналов в изображении МРТ (в формате .nii)?

Я пытался передать набор данных МРТ-изображений мозга (набор данных IXI) в ConvNet, однако некоторые из изображений имеют 140 каналов, а другие - 150 каналов. Как сделать так, чтобы у всех изображений было одинаковое количество каналов, чтобы у меня…
29 май '21 в 08:28
1 ответ

Как преобразовать массив 3D-изображений nii gz в 2D?

У меня есть много изображений nii.gz, которые мне нужно преобразовать из 3D в 2D, я пытаюсь использовать следующий код, но он не работает из-за расширения nii.gz: import nibabel as nib img = nib.load('teste01converted.nii.gz') img.shape newimg = img…
10 янв '22 в 04:29
0 ответов

ImageFileError при использовании Brain_Data() nltools

Я действительно новичок в процессе нейровизуализации и пытаюсь загрузить данные нейровизуализации с помощью nltools. Таким образом, набор данных можно найти по адресу: https://gin.g-node.org/ljchang/Localizer . Я загрузил его на свой локальный компь…
25 янв '22 в 09:17
0 ответов

Создание рисунка 10-20 Montage (EEG, fNIRS) с использованием R

Я просматривал интернет, пытаясь найти воспроизводимый способ создания 10-20 монтажных рисунков (которые вы регулярно видите в статьях) из публикаций ЭЭГ и fNIRS в R. Примером является Многие из пакетов, которые создают красивые фигуры, основаны на …
16 фев '22 в 15:07
1 ответ

Как прочитать несколько файлов Nifti из одной папки с помощью Nibabel?

Я видел пару туториалов, связанных с Nibabel, которые отлично работают, когда вы читаете только один образ nii, но мне нужно прочитать 167 файлов из одной папки, и я не понимаю, как это сделать. Я пытался использовать glob, поскольку мы используем е…
14 май '22 в 10:20