Описание тега medical-imaging
Используйте этот тег, чтобы задать вопрос об обработке / преобразовании / создании / анализе экземпляра изображения в памяти / постоянном хранилище, относящемся к медицинской области. Сюда также входят изображения / пиксельные данные DICOM. Дополнительный тег [tag:dicom] необходим только в том случае, если вопрос касается спецификаций DICOM. Если вопрос может стоять без него, не используйте тег [tag:dicom]. Этот тег не зависит от языка программирования или инструментария.
2
ответа
Как преобразовать одномерный сигнал в двухмерный?
У меня есть одномерный сигнал (сигнал ЭЭГ), и я хочу преобразовать его в двухмерный сигнал, чтобы использовать его в качестве входных данных для модели CNN. Могу ли я использовать для этого преобразование Фурье?
06 авг '20 в 17:05
1
ответ
Как преобразовать несколько изображений png или jpeg в одно изображение nifti с помощью python3?
У меня есть 191 различных изображений PNG. Как я могу преобразовать их в одно изображение 3d nifti?
14 июл '20 в 17:01
0
ответов
Я пытаюсь установить perl -MCPAN -e "install XML::Twig"
Я пытаюсь установить модуль Perl, но получаю эту ошибку 'dmake' не распознается как внутренняя или внешняя команда, работающая программа или командный файл. MIROD/XML-Twig-3.52.tar.gz dmake - НЕ ОК
25 авг '20 в 00:25
0
ответов
Как объединить модель с несколькими классификациями с одной моделью с двумя классификациями?
Теперь у меня есть две модели, которые обучаются отдельно для двух объектов. Я хочу объединить эти два, чтобы он мог работать с двумя объектами одновременно. Что я должен делать?
18 авг '20 в 05:55
0
ответов
Проблема с маркировкой скимейджа Python: удалить / игнорировать небольшое соединение между двумя объектами
Я работаю над обработкой и анализом изображений, используя обычные методы в Python для 3D-изображений dicom. В настоящее время используется только skimage. Из-за совместимости типов данных я бы предпочел решить эту проблему с помощью библиотеки skim…
17 ноя '19 в 00:46
1
ответ
Изображение с пересчетом fsl получается обрезанным
Я использую fsleyes для передискретизации изображения, предоставляя эталонное изображение, но сгенерированное передискретизированное изображение обрезается? синий - это повторно дискретизированный оверлей Я попытался увеличить разрешение эталонного …
21 июн '20 в 02:14
1
ответ
"AttributeError: объект 'numpy.ndarray' не имеет атрибутов 'values'
Вот фрагмент моего кода: #code sample for i in range(1, number_of_segments + 1): I1 = (dcm_pixel_array["array" + str(3 + (i - 1))]) * 2 I8 = (dcm_pixel_array["array" + str(3 + (7*int((number_of_segments+2)/8)) + (i-1) + 2)]) * 2 …
31 июл '20 в 05:23
1
ответ
RuntimeWarning: в ushort_scalars обнаружено недопустимое значение
Я пытаюсь сделать T2 карта из моего dicom файлы, но в моем коде возникают следующие ошибки: RuntimeWarning: invalid value encountered in ushort_scalars T2 map: if math.log((I8[j][k]) / (I1[j][k])) == 0: ExampleName.py:91: RuntimeWarning: invalid val…
01 авг '20 в 00:30
1
ответ
Воксельная нормализация третьего измерения в Python
В настоящее время я работаю над нормализацией ct-сканов (x, y, слой). Нормализовать первые два измерения просто с помощью cv2.reshape, но третье измерение... Моя идея состоит в том, чтобы сгладить первые два измерения, чтобы получить 2d-numpy-array.…
11 авг '20 в 11:53
0
ответов
Преобразование PixelData в DICOM в Python
После загрузки файла DICOM с помощью React FormData и python FastAPI я получаю байтовое представление (на стороне сервера) файла DICOM. Я хотел бы сохранить PixelData как файл DICOM, но не знаю, возможно ли это и как им управлять. Я пробовал это: im…
27 авг '20 в 11:49
0
ответов
как спроецировать полиномиальную часть изображения на линию?
У меня есть серия 2D-изображений, в которые я поместил полином 6-й степени: Я хочу преобразовать каждое 2D-изображение в строку по отношению к полиному и сложить строки, чтобы получить 2D-изображение (в основном задача состоит в том, чтобы преобразо…
29 авг '20 в 21:32
1
ответ
Разница в выводе в Radiant Viewer после сохранения / записи одного и того же изображения dicom с помощью sitk.
Я читаю изображение dicom и получаю доступ к его массиву пикселей. После этого снова сохраните этот массив в формате dicom с помощью sitk.Write, но есть разница между исходным изображением, которое будет прочитано, и тем же изображением после записи…
02 сен '20 в 20:45
3
ответа
Преобразование срезов КТ в плоское рентгеновское изображение
У меня есть аксиальные срезы компьютерной томографии грудной клетки. Теперь я хочу использовать все эти срезы для построения плоской структуры, такой как рентгеновский снимок, с корональным обзором (от заднего к переднему или от переднего к заднему)…
05 июл '20 в 17:48
1
ответ
Получение данных с удаленного сервера Orthanc в программу просмотра Ohif
У меня есть приложение, которое работает на докере. В локальной версии приложения я запускаю программу просмотра Ohif. Я использую команду y arn run dev:orthanc. Из-за того, что я хочу получать данные с удаленного сервера Orhtanc, я изменил сценарий…
08 июл '20 в 15:55
1
ответ
Как кормить изображения nifti в нейронной сети Conv (Unet)
Для моей диссертации у меня есть 16 изображений nifti MRI (Dim: 162×162×192). Мой план - работать с нейронной сетью Conv, и я разделил 10 и 6 изображений как обучающие и тестовые изображения. Проблема в том, как подавать изображения nifti в Unet в к…
14 июл '20 в 14:51
1
ответ
Как конвертировать изображения dicom в формат Jpg в R
Как конвертировать изображения Dicom с расширением файла.dcm в Jpg или Png в R Я пытаюсь ввести следующий код в R, но получаю сообщение об ошибке: "..." используется в неправильном контексте Что не так в моем приведенном ниже коде R. source("ht…
20 июл '20 в 12:30
1
ответ
Преобразование изображения DICOM в массив numpy формы (s, 3, 256, 256)
У меня есть папки с изображениями МРТ, и я пытаюсь воспроизвести исследование MRnet с моими собственными данными. Их модель работает с 1 файлом.npy для каждого предмета, формы (s, 3, 256, 256), где s - количество фрагментов для данного предмета (вар…
24 июл '20 в 13:19
1
ответ
2D CNN для классификации данных 3D МРТ в оттенках серого, возможная проблема с маркировкой данных
Я пытаюсь запустить двоичную классификацию черно-белых данных 3D МРТ. Я использую 2D-свертки из-за отсутствия каналов, присущих черно-белым данным. Я добавил измерение, чтобы выровнять размерность, и, по сути, глубина этих данных действует как измер…
13 авг '20 в 02:37
1
ответ
Как предварительно обработать данные изображения, не потребляя слишком много оперативной памяти?
Это может показаться основным вопросом, но я застрял на нем и хотел бы получить некоторую помощь. Я пытаюсь загрузить и предварительно обработать некоторые изображения в формате DICOM, чтобы передать их в мою модель Keras, так как у меня около 2 тыс…
22 авг '20 в 23:14
0
ответов
Ошибка функции imageDatastore при чтении файлов изображений
У меня есть набор данных с форматом файла данных *.mhd, и я хочу прочитать набор данных с помощью imageDatastore, но я столкнулся со следующей ошибкой: Error using imageDatastore (line 116) Input folders or files contain non-standard file extensions…
31 авг '20 в 13:37