Плагин нейровизуализации nipype не работает

Я работал над чем-то, и на самом деле это мой первый раз, поэтому для меня все еще не так ясно, я запустил этот код:

      pip install nipype
from nipype import Node, Workflow
from nipype.interfaces.fsl import SliceTimer, MCFLIRT, Smooth

slicetimer = Node(SliceTimer(index_dir=False,
                         interleaved=True,
                         time_repetition=2.5),
              name="slicetimer")

mcflirt = Node(MCFLIRT(mean_vol=True,
                   save_plots=True),
           name="mcflirt")

smooth = Node(Smooth(fwhm=4), name="smooth")

preproc01 = Workflow(name='preproc01', base_dir="dir_path")

preproc01.connect([(slicetimer, mcflirt, [('slice_time_corrected_file', 'in_file')]),
               (mcflirt, smooth, [('out_file', 'in_file')])])

slicetimer.inputs.in_file = "file_path"

preproc01.run('MultiProc')

Это ошибка, отображаемая при запуске последней строки кода:

      "Could not import plugin module: nipype.pipeline.plugins"

Есть еще одна проблема: когда я пытаюсь запустить этот код:

      preproc01.write_graph(graph2use='orig')

Это сообщение об ошибке показано:

      'No command "dot" found on host. Please check that the corresponding package is installed.'

пожалуйста, если кто-нибудь знает решение, помогите мне. Кстати, я делаю это из серии видео, вот ссылка:https://www.youtube.com/watch?v=4FVGn8vodkc&t=4414s Раздел демонстрации Nipype.

0 ответов

Другие вопросы по тегам