Описание тега nifti
Формат данных, используемый в биомедицинской визуализации, предложенный Neuroimaging Informatics Technology Initiative.
0
ответов
Файл Nifti в 4D-Tensor для C++
Я ищу функцию, которая, передавая файл 4D-Nifti в виде аргумента или имени файла, будет производить 4D Tensor. Можете ли вы указать мне хорошее направление или хорошую библиотеку? 1) может быть, вы можете добавить конкретный пример для ответа из пос…
05 июл '16 в 18:38
1
ответ
Можно ли применить матрицу произвольного преобразования к изображению в SPM?
У меня есть несколько специфическая задача, которую я хотел бы выполнить в SPM. В основном у меня есть входной файл NII scan.nii и я хотел бы применить к нему произвольное аффинное преобразование, определенное x y z p r yw, x,y,z,p,r,yw представлять…
30 окт '17 в 22:37
1
ответ
Применять (с как можно меньшим количеством циклов) функцию к заданным элементам / вокселям (x,y,z), взятым из подполей нескольких структур (нифти) в MATLAB?
У меня есть набор данных n nifti (.nii) изображений. В идеале я хотел бы иметь возможность получить значение одного и того же вокселя / элемента для каждого изображения и применить функцию к n точкам данных. Я хотел бы сделать это для каждого воксел…
23 апр '18 в 15:55
1
ответ
Создание трехмерной каркасной модели коры головного мозга из шаблона мозга MNI с помощью Matlab с использованием MyRobustCrust
Я пытаюсь создать каркасную 3d-модель из шаблона мозга MNI, используя MyRobustCrust на matlab. Моя цель - определить координаты MNI на поверхности коры. Для этого я следую инструкциям, перечисленным на этом сайте: http://soundsfromthenorth.com/?p=3 …
24 мар '15 в 20:57
1
ответ
Python: использование NiBabel для записи файлов.hdr/.img nifti
Попытка перейти от dicom к nifti, используя нибабель. Ища способ сохранить заголовок и изображение отдельно, я сделал все остальное. nibabel.Nifti1Header имеет функцию write_to, но принимает только fileobj. как передать этому методу экземпляр Nifti1…
31 янв '17 в 22:19
0
ответов
Как прочитать несколько файлов nifti в Matlab с помощью spm_select?
Я хочу использовать spm_select в цикле в Matlab, чтобы выбрать несколько файлов NIFTI. Тем не менее, кажется, что цикл не может работать правильно. В каждой папке темы (всего 18 субъектов в subjList = {'2','3','6',...}, в каждой папке темы есть 4 пр…
24 дек '18 в 10:19
0
ответов
Неверный синтаксис: Использование Numba в количественном определении объема ткани Python Программа: Python/Numba/Nifti/Pandas
Я пишу программу для расчета объема ткани в головном мозге по МРТ-изображению в формате nifti, и я написал элементарный алгоритм, который работает. Я хочу использовать библиотеку Numba для ускорения некоторых вычислений, потому что каждое изображени…
07 янв '19 в 15:48
1
ответ
Как правильно использовать файл nifti при глубоком обучении?
Я имею дело с использованием медицинских изображений с глубоким обучением. Существует несколько типов форматов файлов, таких как nifti, dicom, анализ, mnic и т. Д. Я использую mif-файлы nifti для своих экспериментов по глубокому обучению. В течение …
06 фев '19 в 13:00
0
ответов
Как добавить третий параметр в форму файла nifti?
Я использую файлы.nii набора данных ADNI для своих экспериментов, посвященных анализу данных МРТ мозга. Вот фрагмент кода того, что я сделал и что я хочу сделать. import numpy as np from pylab import * import nibabel as nib import matplotlib.pyplot …
26 фев '19 в 07:50
0
ответов
Как читать файлы Nifti(.nii), хранящиеся в HDFS, с помощью pyspark?
Я пытаюсь создать модель для тренировок с изображениями формата nii. Я могу читать файлы из локальной файловой системы с помощью библиотеки nibabel. Но я не могу найти подходящую библиотеку для чтения файлов nii из hdf с использованием pyspark. Я та…
14 янв '19 в 06:37
1
ответ
Как открыть бинарный файл в моем случае.nii файл, используя node.js
Я хочу открыть двоичный файл, или, по крайней мере, когда я пытаюсь открыть его с помощью редактора vscode, скажем, что не может быть открыт, потому что это двоичный файл. Может кто-нибудь объяснить мне, что я могу сделать, чтобы открыть этот тип фа…
05 янв '19 в 21:15
1
ответ
VTK - Как читать Тензор / Матрицу на ячейку из NIFTI Image?
Я пытаюсь реализовать в реальном времени инструмент визуализации волоконно-оптического отслеживания MRT-DTI на базе VTK. Поэтому нам нужно читать тензоры/ матрицы DTI на ячейку, хранящиеся в изображении NIFTI (.nii), и я действительно не могу понять…
21 авг '15 в 10:08
1
ответ
Amazon Web Service: использовать данные не в формате csv и получить обученную модель
Я подумываю об использовании AWS с AMI для машинного обучения для обучения некоторым глубоким сетям, которые должны замедляться для установки моего оборудования. Однако в настоящий момент я вижу две возможные серьезные проблемы, которые могут сделат…
16 ноя '17 в 20:57
1
ответ
Скопируйте один заголовок Nifti в другой
У меня есть переменная prob_map в matlab (карта вероятностей), которую я хочу сохранить в формате.nii. Я сделал это с помощью двухстрочного кода: nii = make_nii(prob_map); save_nii(nii,'prob.nii'); Это сделано успешно, однако информация заголовка не…
15 ноя '17 в 17:24
1
ответ
Что такое тег "originator" в файле nifti?
У меня четкий вопрос. что такое тег "originator" в файле nifti? и как рассчитать значение этого тега?
25 апр '15 в 13:50
0
ответов
ITK-SNAP / C3D - фабрика ввода-вывода не может создать объект ввода-вывода
Я пытаюсь манипулировать файлами.img или.nii с помощью C3D. Однако при использовании этих файлов я получаю следующее: Exception caught of type 16ConvertException Exception detail: Unable to read image (filename).nii; IO factory can not create IO obj…
04 апр '17 в 13:06
3
ответа
Конвертирование файлов Nrrd в Nifti
Я хочу конвертировать ~1000 .nrrd файлы в Nifit (.nii.gz) формат. Я использую 3DSlicer ResampleScalarVectorDWIVolume модуль командной строки для выполнения этой задачи. Но этот процесс действительно медленный. Конвертирование каждого файла в моей си…
11 дек '17 в 21:02
0
ответов
Нибабель противоречивый заголовок изображения / ориентация данных
Я обнаружил несоответствие в моем изображении между заголовком и данными: >>> im = nib.load('image.nii') >>> im.shape (512, 512, 112) >>> im.get_data().shape (112, 512, 512) Это ожидается? Могу ли я попросить Nibabel предо…
05 дек '16 в 02:08
0
ответов
Создаются ли теги DICOM при автоматическом преобразовании из NIFTI в DICOM?
Я специально искал теги для изменения наклона и пересчета. Спасибо
05 июл '17 в 20:16
0
ответов
Выполнить nii2mnc в Matlab
Я пытаюсь сделать скрипт в MATLAB, который выполняет также некоторые команды. Пока все отлично работает, кроме nii2mnc, Я получаю разные результаты, когда я запускаю его в cmd и когда я запускаю его через мой скрипт в MATLAB. Сначала проблема была в…
08 ноя '16 в 05:32