Описание тега biom
Формат файла BIOM (канонически произносится как "биом") разработан как универсальный формат для представления биологической пробы с помощью таблиц сопряженности наблюдений. BIOM - это признанный стандарт для проекта Earth Microbiome Project, который поддерживается Консорциумом стандартов геномики.
1
ответ
Ошибка с установкой pip biom-формата 'numpy/arrayobject.h' файл не найден
Мне не удается установить формат biom, используя pip install biom-format. Это ошибка, которую я получаю. N85566:~ smitra$ pip install biom-format Collecting biom-format Using cached biom-format-2.1.5.tar.gz Requirement already satisfied (use --upgra…
07 апр '16 в 10:22
1
ответ
Ошибка при установке pip biom-format на MacBook Pro
Я не могу установить формат biom с помощью pip install biom-format на моем MacBook Pro. Это ошибка, которую я получаю Nawaz$ pip install numpy Requirement already satisfied: numpy in /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/li…
07 дек '16 в 12:48
1
ответ
Упаковка биома для FreeBSD
Я работаю над упаковкой biom (2.1.5) для FreeBSD. Исходя из документации, у меня изначально это было в зависимости от pynumpy а также h5pyНо копать думаю тоже должно зависеть от: py27-click-6.6 py27-future-0.14.3 py27-pyqi-0.2.0 py27-scipy-0.16.1. Т…
26 май '16 в 03:03
1
ответ
Можно ли получить длину оси непосредственно в объекте biom.Table?
Можно ли напрямую искать длину оси в biom.Table объект, или вам нужно сделать что-то вроде следующего, где t это Table объект: if axis == 'sample': length = t.shape[0] elif axis == 'observation': length = t.shape[1] else: raise UnknownAxisError(axis…
26 сен '14 в 00:52
1
ответ
Преобразование биома в классический формат?
Можно ли по-прежнему преобразовывать таблицы.biom из QIIME в "классический" формат таблицы OTU QIIME для использования с Explicet? Я попытался запустить команду с biom-format.org biom convert -i table.biom -o table.from_biom_w_taxonomy.txt --to-tsv …
10 дек '14 в 16:39
0
ответов
Как мне экспортировать мой объект biom в файл в формате biom?
Я использую Python API для пакета формата biom. Я прочитал в двух файлах в формате biom и объединил их, вот так: In [1]: import biom In [2]: a = biom.load_table('./table-a.biom') In [3]: b = biom.load_table('./table-b.biom') In [4]: a Out[4]: 51116 …
17 окт '17 в 16:57
0
ответов
Файл биома v.1.0.0-dev, созданный с биомформатом, недействителен
Я создал файл BIOM, yyy.biom, используя функции make_biom а также write_biom биомформатного пакета R, версия 1.2.0. yyy.biom выглядит так: "id":{}, "format":["Biological Observation Matrix 1.0.0-dev"], "format_url":["http://biom-format.org/documenta…
22 сен '17 в 18:42
0
ответов
Установите пакет Python в формате biom для Windows
Кто-нибудь успешно установил biom-формат (пакет для python) в Windows? Похоже, что разработчики официально не поддерживают это, но интересно, кто-то заставил это работать. Отчет о проблемах с github находится здесь: https://github.com/biocore/biom-f…
06 окт '17 в 21:39
0
ответов
Tax4Fun - Ошибка длины данных импорта
Я пытаюсь запустить пакет R Tax4Fun для прогнозирования функциональных возможностей на основе данных 16S. У меня есть таблица OTU, полученная благодаря конвейеру мета-кодирования (VSEARCH, CUTADAPT и SWARM). Моя таблица OTU выглядит так: OTU total c…
28 фев '18 в 16:06
1
ответ
Для, сделать, сделал применение в конвертировать TXT в формат Биом в Linux
У меня есть папка с номерами txt файлы, я хотел бы применить for do do цикл, чтобы преобразовать их из txt в biom файлы, вот что я сделал: for txt in folder/*.txt do biom convert -i $txt -o *.biom --to-hdf5 done но я получил объединенный файл биомов…
11 янв '19 в 05:16
1
ответ
Проблема при импорте файла.biom из Проекта "Микробиом Земли" (выпуск1) в R
Я хочу импортировать файл.biom в R, который я скачал с ftp-сервера - Earth Microbiome Project (выпуск 1). Файл приходит по следующей ссылке: ftp://ftp.microbio.me/emp/release1/otu_tables/closed_ref_silva/ Я пробовал использовать несколько таких файл…
08 авг '19 в 12:04
0
ответов
Ошибка добавления метаданных biom: "Значения первого столбца не уникальны! Нельзя использовать идентификаторы" с метаданными ibdmdb
Я хочу добавить метаданные (отсюда https://ibdmdb.org/tunnel/public/summary.html) в файл биома, следуя инструкциям в http://biom-format.org/documentation/adding_metadata.html но выглядит например, формат файла метаданных не привязан (значения первог…
09 авг '19 в 06:30
0
ответов
Экспорт из файла biom qiime в cvs с пакетом R biomformat
У меня есть файл биома, полученный с помощью qiime, и я хочу экспортировать таксономию с семействами и отусами в файл file.csv У меня был этот код: #import biom file data <- read_biom("otu_table.biom") #create the out_table otu_table <- as.dat…
17 июл '19 в 08:44
0
ответов
Ошибка при установке пакета qiimer для R
Я пытался установить qiimerпакет для R (3.6.2) из CRAN под Win10, но мне это не удалось. Затем я попытался установить его локально из qiimer_0.9.4.tar.gz, но безуспешно. Я не понимаю, почему CRAN больше не предоставляет этот пакет. Интересно, как …
17 фев '20 в 08:23
1
ответ
Это нормально, что результат добавления метаданных biom с использованием v2.1.8 отличается от v2.1.7?
Я пытаюсь добавить образец метаданных в очень маленький файл BIOM (658 байтов, 2 образца) с помощью команды biom add-metadata (размер файла метаданных составляет 206 байтов). Однако я обнаружил, что использование biom версии 2.1.8 привело к гораздо …
01 июл '20 в 17:32
0
ответов
Проблемы с использованием модуля biom-format
Я пытаюсь преобразовать файл биома из вывода Qiime в таблицу OTU для использования с другими конвейерами (SparCC). Я установил модуль с помощью conda, но, похоже, я не могу заставить его работать, когда я пытаюсь преобразовать его, я продолжаю получ…
21 июл '22 в 21:06
0
ответов
Учебное пособие по анализу прогнозирования метагенома KEGG с использованием MicrobiotaProcess в среде R
Мне нужно руководство по конвейеру пакетов MicrobiotaProcess для анализа прогнозирования метагенома в среде R. Я пытаюсь запустить анализ с помощью следующего кода, но он выдает ошибку. Если вы не знаете, не могли бы вы предложить другой способ выпо…
29 ноя '23 в 16:22