Проблема при импорте файла.biom из Проекта "Микробиом Земли" (выпуск1) в R

Question

Я хочу импортировать файл.biom в R, который я скачал с ftp-сервера - Earth Microbiome Project (выпуск 1).

Файл приходит по следующей ссылке: ftp://ftp.microbio.me/emp/release1/otu_tables/closed_ref_silva/ Я пробовал использовать несколько таких файлов, но первый, который я хочу импортировать в R (studio), является первым: 'emp_cr_silva_16S_123.qc_filtered.biom' (293 МБ)

Я пробовал несколько вещей:

1. Я попытался открыть его с помощью функций phyloseq::import_biome и bioformat:: read_biom:

emp<-import_biom(BIOMfilename = biom.file)

Я получил следующее сообщение об ошибке:

Both attempts to read input file:
E:/Path/to/my/data/EMP_data/emp_cr_silva_16S_123.qc_filtered.biom
either as JSON (BIOM-v1) or HDF5 (BIOM-v2).
Check file path, file name, file itself, then try again.

2. Затем я проверил путь и имя файла с помощью функции is_file пакета 'fs'.

3. Затем я проверил файл.biom, который я хочу импортировать, открыв этот файл.biom с помощью Блокнота и показывая странные символы (извините, но я не знаком с разработкой), такие как:

   ƒOB§ß;}] 0v (ÿQ<ãï8 # OÅ + q8‚´'Ž; º ‹®®Ü-¯§- ‡ ùP

Я посмотрел на другие файлы биомов, которые у меня есть, но ни один из них не выглядит так. Я пытаюсь открыть эти другие файлы с той же функцией, и она работает.

Я пытался получить этот файл из других репозиториев ( https://zenodo.org/record/890000), но у меня была похожая проблема.

Скорее всего, проблема связана с форматом файла, но я не знаю, как с этим бороться.

Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] biomformat_1.8.0 phyloseq_1.24.2  fs_1.3.1        

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.2          bindr_0.1.1         compiler_3.5.0      pillar_1.4.2       
 [5] plyr_1.8.4          XVector_0.20.0      iterators_1.0.9     tools_3.5.0        
 [9] zlibbioc_1.26.0     jsonlite_1.6        tibble_2.1.3        nlme_3.1-137       
[13] rhdf5_2.24.0        gtable_0.2.0        lattice_0.20-35     mgcv_1.8-24        
[17] pkgconfig_2.0.2     rlang_0.4.0         igraph_1.2.4.1      Matrix_1.2-14      
[21] foreach_1.4.4       rstudioapi_0.10     yaml_2.1.19         parallel_3.5.0     
[25] bindrcpp_0.2.2      dplyr_0.7.6         stringr_1.3.1       cluster_2.0.7-1    
[29] Biostrings_2.48.0   S4Vectors_0.20.1    IRanges_2.14.10     multtest_2.36.0    
[33] tidyselect_0.2.5    stats4_3.5.0        ade4_1.7-11         grid_3.5.0         
[37] glue_1.3.1          Biobase_2.40.0      data.table_1.12.2   R6_2.4.0           
[41] survival_2.42-3     purrr_0.2.5         reshape2_1.4.3      Rhdf5lib_1.2.1     
[45] ggplot2_3.2.0       magrittr_1.5        splines_3.5.0       scales_1.0.0       
[49] codetools_0.2-15    MASS_7.3-50         BiocGenerics_0.26.0 assertthat_0.2.0   
[53] permute_0.9-4       ape_5.1             colorspace_1.4-1    stringi_1.1.7      
[57] lazyeval_0.2.1      munsell_0.5.0       vegan_2.5-5         crayon_1.3.4 ```

Answer 1

Файл.biom зашифрован, завершен или неправильно использован, поэтому я не думаю, что вы сможете использовать его таким образом. Используемая версия должна выглядеть как примеры, приведенные здесь: http://biom-format.org/documentation/format_versions/biom-1.0.html

Вы можете спросить владельцев файла, могут ли они предоставить вам правильную версию.