Описание тега qiime
QIIME - это программный пакет с открытым исходным кодом для сравнения и анализа микробных сообществ.
1
ответ
Легенда питона боке вне размера сюжета
Я новичок в Python, и кто-то помог мне с этим кодом, но я хочу изменить какой-то параметр: Сначала размер легенды выходит из сюжета, иногда легенда слишком велика (пример: D_0__Bacteria;D_1__Firmicutes;D_2__Clostridia;D_3__Clostridiales;D_4__Peptost…
18 июл '18 в 06:05
1
ответ
QIIME2 на Docker: на устройстве не осталось места (хотя есть)
Я хочу проанализировать данные с помощью QIIME2 в контейнере Docker. Обратите внимание, что я впервые в Docker. Я создал изображение, а затем контейнер и начал успешно анализировать небольшую часть данных. Однако один шаг конвейера систематически за…
26 окт '18 в 12:20
0
ответов
Как запустить команды qiime2, установленные в миниконде из виртуальной среды python 3.6
У меня есть колба, работающая в виртуальной среде Python 3.6, и мне нужно запустить команды qiime2 из этого приложения. qiime2 устанавливается внутри виртуальной среды Miniconda. В моем Ubuntu есть Python 3.6 в / usr / bin, но "which python" возвращ…
17 янв '19 в 16:29
1
ответ
Как заставить StarCluster AMI работать с IPython 0.13?
Я попытался обновить IPython на двух разных AMI StarCluster (их 64-разрядная версия Ubuntu 11.10 по умолчанию и образ QIIME 1.5). В любом случае, когда я запускаю свой кластер, сценарий инициализации зависает в "Ожидание файла коннектора JSON...". Я…
20 июл '12 в 11:08
4
ответа
Запуск сценария Python QIIME для нескольких файлов
Я пытаюсь создать файл сценария для запуска сценария Python (из конвейера QIIME) для нескольких файлов, не вводя сценарий каждый раз (у меня примерно 150 и более файлов). Я использую virtualbox для запуска среды Ubuntu. Я начал с создания файла "spl…
25 июл '13 в 09:54
1
ответ
bwa mem используется. 'mem' отображается как нераспознанная команда
Я использую Virtual Box и пытаюсь запустить bwa на терминале. Чтобы выровнять левое и правое чтения по ссылке, я использовал 'bwa mem', она показала мне ошибку с указанием "нераспознанная команда" mem "". Есть ли способ, которым я могу получить это …
27 окт '13 в 21:08
2
ответа
Если то оператор bash не работает с командами qiime
Я только начал ругаться, и я застрял на некоторое время в простом утверждении if;then. Я использую bash для запуска команд QIIME, написанных на python. Эти команды позволяют мне иметь дело с микробной ДНК. Из необработанного набора данных из последо…
24 окт '17 в 09:27
0
ответов
Как назначить таксономию для последовательностей trnL, используя BLAST
Я использую ген хлоропластов trnL для идентификации растений из навоза травоядных, и в настоящее время пытаюсь назначить таксономию последовательностям trnL из моего вывода Illumina. Вот сценарий QIIME и параметры, которые я хотел бы запустить: assi…
28 сен '15 в 23:19
0
ответов
Изменить очень большую таблицу OTU (численность) в широком и длинном формате - 400000 наблюдений
У меня очень большой стол OTU (изобилие). Существует более 100 образцов и 4000 наблюдений на выборку (4000 таксонов). Пример таблицы OTU находится здесь: #OTUID 1 2 3 4 5 6 7 8 OTU1 0 0 0 0 0 3 0 0 OTU2 0 0 0 0 0 0 13 0 OTU3 5 99 0 0 0 0 0 0 OTU4 0 …
17 авг '16 в 21:06
1
ответ
Вызов Qiime с системным вызовом от R
Хей, Когда я пытаюсь позвонить QIIME с системным вызовом из Rт.е. system2("macqiime") R перестает отвечать. Это не проблема с другими программами командной строки, хотя. некоторые программы не могут быть вызваны из R с помощью system2()? Версия для …
28 ноя '15 в 16:13
1
ответ
Пользовательский ввод в subprocess.call
Я пишу программу для автоматизации некоторых команд qiime2. Я хочу включить пользовательский ввод. Пока что у меня есть: # Items to import import subprocess from sys import argv #Variables format=argv[1] # Import sequences for Phred33 format if form…
11 мар '18 в 00:20
1
ответ
Преобразование биома в классический формат?
Можно ли по-прежнему преобразовывать таблицы.biom из QIIME в "классический" формат таблицы OTU QIIME для использования с Explicet? Я попытался запустить команду с biom-format.org biom convert -i table.biom -o table.from_biom_w_taxonomy.txt --to-tsv …
10 дек '14 в 16:39
3
ответа
Мне нужно запустить скрипт Python из PHP
Я должен разработать интерфейс с использованием PHP для программного обеспечения, написанного на Python. В настоящее время это программное обеспечение используется из командной строки, передавая ввод, в основном ввод является текстовым файлом. Есть …
31 июл '12 в 04:33
1
ответ
Удаление линий из barplot в R
Я создал барплот для метагеномных данных, используя RStudio plot_bar(mp3, "Sampletype", fill = "Family", title = title) Но я получаю строки внутри бара. Мне нужны чистые бары без каких-либо линий. Как это сделать? библиотека ("phyloseq"); packageVer…
18 янв '18 в 05:17
1
ответ
Работает matplotlib без отображения
Когда запускается matlplotlib (из sumrize_taxa_through_plots.py), я получаю ошибку: ... raise RuntimeError('Invalid DISPLAY variable') RuntimeError: Invalid DISPLAY variable Я видел эту проблему на многих сайтах, решение состоит в том, чтобы изменит…
22 ноя '15 в 15:08
1
ответ
Добавить код к каждой строке в наборе файлов
В настоящее время я добавляю некоторые примеры кодов в набор файлов, используя следующий код cd /path/to/your/files word='code' base=1 for file in *; do sed -i -e "s/^/$word$base/" "${file}"; base=$(( $base + 1 )); done Это добавляет термин "code1" …
09 сен '14 в 17:45
0
ответов
Установка Qiime2 на Colab
У кого-нибудь есть какие-либо предложения по установке Qiime2 на Colab? Я не могу заставить его работать! Pip install qiime2.
13 сен '18 в 17:09
1
ответ
Как вы строите участки разрежения по местам отбора проб?
Упрощенная версия моей проблемы: У меня есть таблица OTU с 60 точками выборки (каждая с изобилием для различных OTU) по трем сайтам: A, B и C. Каждый сайт имеет 20 образцов. Я хочу построить кривые разрежения для каждого из участков: A, B и C. Я хоч…
02 авг '17 в 13:47
0
ответов
Файл биома v.1.0.0-dev, созданный с биомформатом, недействителен
Я создал файл BIOM, yyy.biom, используя функции make_biom а также write_biom биомформатного пакета R, версия 1.2.0. yyy.biom выглядит так: "id":{}, "format":["Biological Observation Matrix 1.0.0-dev"], "format_url":["http://biom-format.org/documenta…
22 сен '17 в 18:42
1
ответ
Устранить избыточность в списке с помощью Perl
Привет! Я создал этот скрипт для извлечения всего типа из файла OTU, полученного из qiime с использованием базы данных silva. Я добавил подпрограмму для удаления дублирующегося таксона и извлечения всего лишнего (один из каждого таксона), моя пробле…
26 окт '16 в 17:37