Описание тега phyloseq
NonePhyloseq - это пакет R с функциями и инструментами для обработки и анализа высокопроизводительных данных переписи микробиома
1
ответ
Как удалить очень тонкий контур / границу линейки
Я хотел удалить эти линии на краю моего графика. Я использую библиотеку phyloseq. Вот мой код, я попытался изменить цвет / цвет / цвет на "NA", и это тот же результат. Мне просто не нравится этот маленький тонкий черный контур. library(phyloseq) dat…
10 окт '18 в 19:53
0
ответов
Phyloseq. Как проверить разницу численности
Библиотека состоит из ggplot2 и phyoloseq Data= Globalpatterns GP = filter_taxa(GlobalPatterns, function(x) sum(x > 3) > (0.2*length(x)), TRUE) GP = filter_taxa(GlobalPatterns, function(x) sum(x > 3) > (0.2*length(x)), TRUE) Определите к…
03 июн '18 в 18:02
2
ответа
Стековая панель, сгенерированная Phyloseq
Я использую этот пакет R под названием "phyloseq" для анализа биоинформационных данных. otumat = matrix(sample(1:100, 100, replace = TRUE), nrow = 10, ncol = 10) otumat rownames(otumat) <- paste0("OTU", 1:nrow(otumat)) colnames(otumat) <- past…
25 апр '16 в 16:53
0
ответов
Сделать переменную именем
Я создал свою первую функцию и очень горжусь собой, но я стараюсь сделать ее лучше. Он просматривает таблицу изобилия, определяет наиболее распространенный столбец в каждой строке, а затем дает мне имя этого столбца, которое соотносится с другой таб…
18 ноя '17 в 03:40
0
ответов
phyloseq жалуется на функции, отсутствующие у вегана
Я работаю над этим учебником: https://joey711.github.io/phyloseq/plot_ordination-examples.html В Ubuntu 16.04 я получаю ошибки каждый раз, когда пытаюсь использовать одну из функций ординации. Обновление: у меня работает в Windows 10, R 3.3.2 Что не…
17 авг '17 в 23:28
0
ответов
Как сделать так, чтобы ограничения по оси X отображались на всех графиках при использовании facet_wrap для данных phyloseq?
Я создал график, используя ggplot за phyloseq данные; Я получаю метки оси X внизу, общие для всех. Как получить метки оси X для всех отдельных графиков? Я пытался из предыдущего номера, но plot_bar(mp3, "Age", fill ="Phylum")+ facet_wrap(~Phylum,nco…
14 мар '18 в 05:45
0
ответов
Создание граненого графика с помощью функции phyloseq plot_composition
У меня есть объект phyloseq с 2 факторами (время и лечение). Я сделал график относительной численности с этим кодом: p1 <- plot_composition(pseqTSS$Rumen$phyTR.core, average_by = "Treat") + theme(legend.text = element_text(colour = "black", size …
02 окт '18 в 09:21
3
ответа
Удалить атрибуты из фрейма данных
У меня есть следующий dataframe (преобразованный из объекта tax_table из пакета phyloseq). Как я могу удалить атрибуты?? str(DT2_mat) 'data.frame': 5120 obs. of 7 variables: $ : Factor w/ 2 levels "Archaea","Bacteria": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ... ..- at…
27 сен '18 в 08:49
3
ответа
Как объединить несколько переменных данных в одну переменную данных?
После создания моего фрейма данных и выбора переменных, на которые я хочу посмотреть, я сталкиваюсь с дилеммой. Лист Excel, который служит моим источником данных, использовался разными людьми, записывающими данные одного типа. Mock Neg Neg1PCR Neg2P…
22 май '18 в 17:09
1
ответ
Сохранение начальных нулей в файле сопоставления.txt с разделителями табуляции в Phyloseq
Я делаю анализ данных микробиома в R, используя пакет phyloseq. Первым шагом этого анализа является импорт двух файлов, один из которых представляет собой файл.BIOM (таксономическая информация), а другой - файл метаданных (разделенный табуляцией.txt…
17 июн '17 в 09:01
1
ответ
Объекты Phyloseq ggplot2 не позволяют добавлять определенные элементы
Я хотел бы изменить графики, созданные пакетом phyloseq (загрузите его с github). Графики Phyloseq являются объектами ggplot2, поэтому я думаю, что я мог бы добавить элементы, добавив объекты ggplot2 к объекту, созданному phyloseq. В некоторых случа…
04 ноя '14 в 20:53
0
ответов
RStudio View таблица не работает в phyloseq
Дорогой, кого это касается, У меня проблемы с RStudio и phyloseq. Я загрузил файл метаданных (tsv, csv и txt дают одинаковые результаты), используя следующий скрипт META <- import_qiime_sample_data (file.choose ()) Он не показывает нормальное предст…
31 июл '18 в 21:22
0
ответов
Как отредактировать файл сопоставления и объединить его с существующим объектом phyloseq?
Я работаю в phyloseq и у меня возникают проблемы при редактировании моих картографических данных, когда я уже создал объект phyloseq. Я думаю, что проблема в том, как я пытаюсь объединить отредактированные данные с объектом, но я не могу точно опред…
19 ноя '18 в 15:47
1
ответ
Объединить OTU и таблицу налогов и заменить фактические последовательности идентификаторами OTU (Phyloseq/dada2)
Я следил за рабочим процессом, описанным здесь https://f1000research.com/articles/5-1492/v2 используя примеры данных, а также свои собственные данные. Это работало нормально, но теперь я не могу сгенерировать таблицу OTU, которая содержит заголовок,…
28 окт '18 в 14:20
1
ответ
r - phyloseq - расположение таксонов, кроме видов (семейство, отряд и т. д.)
Я просмотрел учебники по phyloseq, но не могу определить, как определить уровень стресса и построить порядок расположения отдельных таксонов (кроме видов), таких как семейство или другие классификации. Чтобы проиллюстрировать мою точку зрения, вот с…
15 сен '17 в 02:30
2
ответа
Передача аргумента в subset() и unique()
Я использую пакет phyloseq. test <- function( ...){ bar <- unique(sampleData[,'pH']) foo <- subset_samples(phyloseqObject, pH == as.numeric(bar[1]@.Data)) print(foo) } test(pH) Я хочу передать pH в качестве аргумента test() но unique() не п…
27 янв '16 в 21:23
2
ответа
Раскраска линий кривой разрежения метаданными (пакет vegan) (пакет phyloseq)
Первый раз задаешь вопрос здесь. Я не смог найти ответ на этот вопрос в других постах (love stackexchange, кстати). Во всяком случае... Я создаю кривую разрежения через веганский пакет, и я получаю очень грязный график, который имеет очень толстую ч…
11 ноя '17 в 05:46
1
ответ
Объединение таблицы OTU и филогенетического дерева с филосеком
Я пытаюсь создать объект класса phyloseq с таблицей OTU, именами таксонов, образцами данных и филогенетическим деревом, используя следующие команды ps <- phyloseq(otu_table(seqtab.nochim, taxa_are_rows=F), tax_table(taxa), sample_data(Metadata)) …
23 фев '18 в 17:20
0
ответов
phyloseq пошаговый выбор вперед
Я работаю с многомерными данными, пытаясь связать разнообразие бактерий в почве (полученное путем метабаркодирования) с факторами окружающей среды, чтобы увидеть, какие факторы объясняют наибольшее разнообразие бактериального разнообразия. Я использ…
18 июл '17 в 12:20
0
ответов
r - phyloseq - plot_tree - упорядочивает выборки по переменной, а не по SampleType
У меня есть объект phyloseq, и я хочу посмотреть, как изменяется численность видов по отношению к некоторой переменной "rand" С http://joey711.github.io/phyloseq-demo/phyloseq-demo.html library(phyloseq) library(tidyverse) data(GlobalPatterns) GP.ch…
22 дек '17 в 00:12