Описание тега biom

Формат БИОМ предназначен для общего использования в широких областях сравнительной теории. Например, в исследованиях маркерных генов этот формат в первую очередь используется для представления таблиц OTU: наблюдения в этом случае являются OTU, а матрица содержит счетчики, соответствующие количеству раз, когда каждая OTU наблюдается в каждой выборке. Что касается данных метагенома, этот формат будет использоваться для представления таблиц метагенома: наблюдения в этом случае могут соответствовать подсистемам SEED, а матрица будет содержать счетчики, соответствующие количеству наблюдений каждой подсистемы в каждом метагеноме. Точно так же в отношении данных генома этот формат может использоваться для представления набора геномов: наблюдения в этом случае снова могут соответствовать подсистемам SEED,и подсчет будет соответствовать количеству раз, когда каждая подсистема наблюдается в каждом геноме.

Проект BIOM состоит из двух компонентов: первый - это определение формата BIOM, а второй - разработка вспомогательных объектов на нескольких языках программирования для поддержки использования BIOM в различных приложениях биоинформатики. Версия формата файла BIOM не зависит от версии программного обеспечения формата biom.

Существуют официальные реализации объектов поддержки формата BIOM (API) на языках программирования Python и R. Остальная часть этого сайта содержит подробную информацию о формате файла BIOM (который не зависит от API) и API формата биома Python. Дополнительные сведения о R API см. В пакете CRAN biom.