Экспорт из файла biom qiime в cvs с пакетом R biomformat

Question

У меня есть файл биома, полученный с помощью qiime, и я хочу экспортировать таксономию с семействами и отусами в файл file.csv

У меня был этот код:

#import biom file
data <- read_biom("otu_table.biom")

#create the out_table 
otu_table <- as.data.frame(as.matrix(biom_data(data)))

#create a matrix of otus 

matrixbiom = as(biom_data(data), "matrix")

taxonomy <- observation_metadata(data)

поэтому я хочу экспортировать matrixbiom или otu_table с таксономией, включающей только семейства

сортировка как: file.csv

      sample1 sample2 sample3
Fam_1    1      0       5
Fam_2    0      9       1
Fam_3    10     2       1