Для, сделать, сделал применение в конвертировать TXT в формат Биом в Linux

Question

У меня есть папка с номерами txt файлы, я хотел бы применить for do do цикл, чтобы преобразовать их из txt в biom файлы, вот что я сделал:

for txt in folder/*.txt
do biom convert -i $txt -o *.biom --to-hdf5
done

но я получил объединенный файл биомов.

Как я могу изменить мой код выше, меняя несколько текстовых файлов на биом-файлы, не меняя исходного имени файла?

лайк: test.txt в test.biom

Answer 1

Следующее должно сделать трюк (при условии, что теперь в именах файлов есть пробелы):

for txt in folder/*.txt
do biom convert -i $txt -o  ${txt%.txt}.biom --to-hdf5
done

Замена bash ${txt%.txt} полоски .txt переменной, и мы придерживаемся .biom в конце.