Упаковка биома для FreeBSD

Question

Я работаю над упаковкой biom (2.1.5) для FreeBSD.

Исходя из документации, у меня изначально это было в зависимости от pynumpy а также h5pyНо копать думаю тоже должно зависеть от:

py27-click-6.6
py27-future-0.14.3
py27-pyqi-0.2.0
py27-scipy-0.16.1.

Теперь я нахожусь в точке, где работает biom дает ошибки ниже. У вас есть предложения по отладке? Я не разработчик Python, поэтому, пожалуйста, будьте осторожны.

Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/bin/biom", line 9, in <module>
    load_entry_point('biom-format==2.1.5', 'console_scripts', 'biom')()
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 547, in load_entry_point
    return get_distribution(dist).load_entry_point(group, name)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 2720, in load_entry_point
    return ep.load()
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 2380, in load
    return self.resolve()
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 2386, in resolve
    module = __import__(self.module_name, fromlist=['__name__'], level=0)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/biom/__init__.py", line 51, in <module>
    from .table import Table
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/biom/table.py", line 188, in <module>
    from future.utils import string_types
ImportError: cannot import name string_types

Answer 1

В будущем 0.14.3 нет string_types в future.utils, (Хотя это упоминается в документации). Посмотрите на 0.14.x филиал github репо на будущее.

На момент написания статьи текущей версией будущего модуля является 0.15.2. Так что этот порт необходимо обновить, прежде чем биом будет работать. Я бы посоветовал связаться с сопровождающим этого порта.