Преобразование биома в классический формат?

Question

Можно ли по-прежнему преобразовывать таблицы.biom из QIIME в "классический" формат таблицы OTU QIIME для использования с Explicet? Я попытался запустить команду с biom-format.org

biom convert -i table.biom -o table.from_biom_w_taxonomy.txt --to-tsv - таксономия ключа заголовка

но возвращает ошибку:

biom convert: error: нет такой опции: --to-tsv

Есть идеи?

Answer 1

Я тоже использую QIIME и прошел урок от Wernerlab. Здесь я успешно преобразовал таблицу.biom в текстовый файл, также с biom convert команда. Может быть, вы можете найти разъяснение в командной строке там:

biom convert -i otu_table.biom -o otu_table_tabseparated.txt -b --header-key="taxonomy" --output-metadata-id="Consensus Lineage"

Ура, Деннис