Описание тега vegan
NoneVegan - это пакет для использования с R для анализа экологических сообществ, особенно сообществ растительности. В нем есть инструменты для анализа экологического разнообразия и многомерного анализа сообществ (NMDS, pCCA, pRDA и т. Д.)
1
ответ
Ошибка в G * t(hat): неконформируемые массивы
Пытаясь выполнить PERMANOVA, используя adonis в R. Добавленный в мою таблицу данных и факторы, тем не менее, я продолжаю получать ошибку выборки - Ошибка в G * t(hat): несоответствующие массивы Нет данных N/A, и он работает с готовой матрицей данных…
02 май '17 в 11:05
0
ответов
Как избежать перекрытия меток на графике NMDS?
Я попытался избежать наложения меток на графике NMDS с помощью ggrepel пакет. Сначала мой код был таким: result <- adonis(spiders~Wald, data = env, permutations=1000) result1 <- metaMDS(spiders, distance = "bray", k = 2) fit <- envfit(resul…
10 сен '17 в 16:04
2
ответа
Оценки видов вегана dbrda являются пустыми, несмотря на предоставленную матрицу сообщества
Я выполнил "Анализ избыточности на основе расстояния" (dbRDA) в R с использованием пакета экологического сообщества веганов. Я хотел бы показать относительный вклад трофических групп (рыб) в различие между образцами (данные об изобилии рыбных компле…
02 окт '17 в 18:59
0
ответов
Траектория в рукоположении с использованием metaMDS в R
Я использую vegan пакет в R для выполнения неметрического многомерного масштабирования с использованием функции metaMDS, Для этого я использую файл equilibria0.txt, который содержит 101 вид в столбцах (первый столбец представляет пустые сайты в моей…
27 фев '17 в 19:53
1
ответ
Нет стабильного решения с использованием metaMDS() в Vegan
У меня есть набор данных по численности видов с довольно большим количеством нулей, и даже когда я устанавливаю trymax = 1000 за metaMDS() Программа не может найти стабильное решение для стресса. Я уже пытался объединить данные (сворачивая несколько…
21 янв '13 в 08:24
0
ответов
Получение p-значений для анализа RDA с использованием пакета R "Веган"
Я провожу анализ избыточности с использованием пакета R "Веган". Я хотел бы получить p-значения (или альтернативно t-значения) для анализа, чтобы оценить значимость моих предикторных переменных. Я могу генерировать p-значения, используя функцию anov…
03 апр '14 в 15:53
1
ответ
Как вычислить матрицу расстояний Очиаи с попарным удалением в R
У меня есть набор данных присутствия / отсутствия и мне нужно рассчитать матрицу расстояний Ochiai с попарным удалением пропущенных значений. Какой самый простой способ сделать это? Я могу использовать designdist из пакета vegan для генерации матриц…
13 авг '16 в 06:55
1
ответ
Интерпретация metaMDS обеспечивает вращение
Ли metaMDS функция в vegan поверните решение ординации, чтобы первая ось объясняла наибольшую дисперсию? Если нет, есть ли способ достичь этого? Run 20 stress 0.09957583 ... Procrustes: rmse 0.0001349268 max resid 0.0009665635 ... Similar to previou…
21 фев '17 в 16:17
2
ответа
Выборка случайным образом с условиями
Моя проблема находится внутри цикла, у меня есть большой набор данных (DF), подмножество которого выглядит так: ID Site Species 101 4 x 101 4 y 101 4 z 102 6 x 102 6 z 102 6 a 102 6 b 103 6 a 103 6 z 103 6 c 103 6 x 103 6 y 105 6 x 105 6 y 105 6 a 1…
15 янв '14 в 04:27
1
ответ
Преобразовать числовой класс списка в структуру расстояния в R
У меня есть список, который выглядит так, это мера дисперсии для каждого образца. 1 2 3 4 5 0.11829384 0.24987017 0.08082147 0.13355495 0.12933790 Для дальнейшего анализа мне нужна структура расстояния, пакет -vegan- нужен как объект dist. Я нашел н…
29 мар '17 в 16:09
1
ответ
rda() используя условный или ограниченный фактор / упорядоченные переменные в кадрах данных
У меня есть набор данных об окружающей среде, который представляет собой смешанные данные (факторные, упорядоченные и числовые). Я хотел бы использовать следующий метод ввода для rda() функция: rda(X= Community, Y=Constrained, Z= Conditional) Однако…
25 янв '13 в 21:35
1
ответ
Переменный прямой выбор для частичного рукоположения с веганом
Есть ли способ выполнить переменную редукцию для частичной канонической ординации (либо анализа избыточности, либо анализа соответствия) с помощью функции ordistep из пакета vegan? Я проверил Borcard et al. (2011) Числовая Экология с R, и я не мог н…
28 окт '17 в 00:14
1
ответ
Пустой фрейм данных при вычислении данных эллипса с помощью обычного веганского слова для ggplot
Я пытаюсь сгруппировать точки данных NMDS в ggplot, добавив эллипсы, используя ordiellipse Следуйте полезному совету из этого поста. Однако, хотя я не получаю никаких сообщений об ошибках или предупреждений, вычисление данных эллипса создает пустой …
10 ноя '16 в 13:39
1
ответ
Как раскрасить линии отдельно в rarecurve (веганский пакет)
Я использую rarecurve (vegan) для получения кривых разрежения для девяти образцов, но я хочу, чтобы они были раскрашены в группы по три. Параметры для rarecurve являются: rarecurve(x, step = 1, sample, xlab = "Sample Size", ylab = "Species", label =…
28 мар '14 в 13:52
0
ответов
Ошибка NMDS в cov.wt: веса должны быть неотрицательными и не равными нулю
Я пытаюсь составить график NMDS о том, как OTU меняются в зависимости от типа почвы. Вот раздел моего кода после прочтения в моей таблице OTU и файле метаданных: # Calculate distance for NMDS sol=metaMDS(DATA1) # NMDS data frame NMDS = data.frame(MD…
10 июн '18 в 16:42
1
ответ
Измененное расстояние газонокосилки в R
У меня есть смешанные данные (категориальные и непрерывные), и я хочу вычислить модифицированный коэффициент Гауэра с помощью команды vegandist library(vegan) vegdist(mydata, "altGower") Однако появляется следующая ошибка: Error in rowSums(x, na.rm …
21 июл '16 в 20:32
1
ответ
Как интерпретировать CCA веганский вывод
Я выполнил канонический анализ соответствий в R с использованием пакета vegan, но нахожу вывод очень трудным для понимания. Триплот понятен, но все числа, которые я получаю из резюме (cca), сбивают меня с толку (так как я только начал изучать техник…
20 мар '14 в 14:26
3
ответа
Разреженность, матрица сообщества и петли
Я новый пользователь R, поэтому заранее прошу прощения за свое невежество. У меня есть матрица сообщества потоковых данных о макробеспозвоночных (графики в виде заголовков строк и видов в качестве заголовков столбцов). Я хотел бы сократить данные до…
02 янв '13 в 16:19
0
ответов
Отчет о результатах CCA (веганский)
Я провел анализ CCA с помощью пакета вегетарианца R по некоторым данным макрофауны и переменным среды, пытаясь выяснить, какие переменные влияют на макрофауну и в какой степени. Мой вывод CCA выглядит следующим образом: Call: cca(formula = abun_df ~…
13 дек '18 в 11:06
0
ответов
Можно ли сделать дендрограмму эквивалентом анализа ограниченной корреспонденции?
Есть функция под названием LINKTREE в PRIMER, где дерево создается на основе различий сообщества, но каждая точка останова должна соответствовать порогу в одной или нескольких переменных среды (ограничения). Есть ли эквивалентная функция в R? hclust…
29 окт '17 в 18:56