Переменный прямой выбор для частичного рукоположения с веганом

Question

Есть ли способ выполнить переменную редукцию для частичной канонической ординации (либо анализа избыточности, либо анализа соответствия) с помощью функции ordistep из пакета vegan? Я проверил Borcard et al. (2011) Числовая Экология с R, и я не мог найти ответ. Я попробовал следующий синтаксис, и он вернул следующую ошибку:

Error in formula.default(prda1) : invalid formula

prda1 <- rda(spp.h, env.partial, avu.rda)

rda.ordistep <- ordistep(rda(spp ~ 1, data = env), 
scope = formula(partial.rda), 
direction= "forward", 
pstep=10000, 
trace = FALSE)

?

Answer 1

Когда у вас есть частичное рукоположение в ordistepВы должны иметь частичный термин в нижней области. Следующий пример будет работать с data(dune, dune.env) в вегане

require(vegan)
data(dune, dune.env)
m0 <- rda(dune ~ Condition(Management), dune.env)
m1 <- rda(dune ~ Condition(Management) + ., dune.env)
m <- ordistep(m0, scope = list(lower=m0, upper=m1))

Если у вас нет Condition(Management) в нижней области он будет рассматриваться как любая другая переменная и рассматривается для удаления, или если исходная модель не имеет Condition(Management), он рассматривается как любой другой кандидат, но никогда не может быть добавлен.