Описание тега vegan
NoneVegan - это пакет для использования с R для анализа экологических сообществ, особенно сообществ растительности. В нем есть инструменты для анализа экологического разнообразия и многомерного анализа сообществ (NMDS, pCCA, pRDA и т. Д.)
Vegan - это пакет r, который предоставляет методы ординации, анализ разнообразия и другие функции для экологов сообщества и растительности.
Vegan содержит множество популярных инструментов, используемых в общественной экологии:
- Анализ разнообразия: индексы Шеннона, Симпсона, Фишера, разнообразие Реньи и числа Хилла.
- Модели численности видов: модели Фишера и Престона, распределение численности видов.
- Анализ видового богатства: кривые накопления видов, экстраполированное богатство.
- Порядок: поддержка и мета-функции для NMDS, анализ избыточности, анализ ограниченных соответствий, ограниченный анализ близости (все три с частичным анализом),
- Функции поддержки для ординации: индексы несходства, расширенные несходства, анализ Прокруста, диагностика ординации, тесты перестановок.
- Порядок и окружение: подгонка вектора, подгонка центроида и подгонка гладкой поверхности, добавление оценок видов как средневзвешенных, добавление выпуклой оболочки, эллипсов SD, стрелок и т. Д.
- Анализ несходства: ANOVA с использованием различий, ANOSIM, MRPP, BIOENV, Mantel и частичные тесты Mantel.
- Стандартизация данных: Hellinger, Wisconsin, Chi-square, Beals smoothing.
Репозитории
Виньетки
Другие источники
- веганский FAQ
- Многомерный анализ экологических сообществ в R: веганское руководство Яри Оксанена
- Представление задач CRAN по окружающей среде
- Справочная страница Inside-R
- Crantastic страница
- Посты на R-блогерах