Траектория в рукоположении с использованием metaMDS в R

Question

Я использую vegan пакет в R для выполнения неметрического многомерного масштабирования с использованием функции metaMDS, Для этого я использую файл equilibria0.txt, который содержит 101 вид в столбцах (первый столбец представляет пустые сайты в моей модели решетки) и 500 сообществ в строках. Я использую следующий код R для выполнения NMDS:

library(vegan)        # perform NMDS
library(cluster)      # calculate dissimilarities in data, silhouette scores, ...
library(RColorBrewer) # better colour options

comm <- read.table("equilibria0.txt")   # communities in rows, species in columns
comm <- comm[,-1]     # delete the first column (the empty sites)
comm <- decostand(comm, method = "total")*100

NMDS <- metaMDS(comm, # our community-by-species matrix
                k=2)  # the number of reduced dimensions
k <- 2                # number of clusters

# introduce some colours for the clusters
lightcolours <- c("darkolivegreen3", "cadetblue3")

# calculate Bray-Curtis distance among samples
comm.bc.dist <- vegdist(comm, method = "bray")
# cluster communities using average-linkage algorithm
comm.bc.clust <- hclust(comm.bc.dist, method = "average")

# k is the number of clusters we want
# every LC is assigned a number from 1 to k
comm.bc.cut <- cutree(comm.bc.clust, k=2)

# set up the plotting area but don't plot anything yet
mds.fig <- ordiplot(NMDS, type = "none")
# plot just the samples, colour by cluster, pch=19 means plot a circle
for (i in 1:k) {
   points(mds.fig,
          "sites",
           pch = 19,
           col = lightcolours[i],
           select = comm.bc.cut == i)
}

Графический вывод показывает мне, что система имеет два разных кластера, как я и ожидал:

Теперь у меня есть еще 30 файлов, все идентичные equilibria0.txt, за исключением первой строки. Иными словами, из 500 местных сообществ 499 не изменились, а одна (первая строка) изменилась. Это потому, что я делаю небольшое изменение в местном сообществе, чтобы посмотреть, будет ли оно вовремя эволюционировать в другой кластер после этого изменения. Поэтому я хотел бы получить всю информацию из этих 30 файлов на одном графике, в частности, показать траекторию, как на следующем графике, который можно найти в статье Gibson et al.

Конкретно, есть одно местное сообщество (точка в плоскости NMDS), представляющее интерес. Его координаты относительно других изменится, если вы перейдете из equilibria0.txt в equilibria1.txt в equilibria2.txt и т.д., которые на самом деле все файлы данных на разных временных шагах. Поэтому я хочу представить эволюцию этого конкретного местного сообщества, предпочтительно по линии траектории, подобной приведенной выше. Я предполагаю, что остальные 499 точек (сообществ) не будут значительно сдвигаться в своих координатах.