Интерпретация metaMDS обеспечивает вращение

Question

Ли metaMDS функция в vegan поверните решение ординации, чтобы первая ось объясняла наибольшую дисперсию? Если нет, есть ли способ достичь этого?

Run 20 stress 0.09957583 
... Procrustes: rmse 0.0001349268  max resid 0.0009665635 
... Similar to previous best

Я также не уверен в том, как интерпретировать данные прокруста. Что представляют собой значения для RMSE и максимального остатка?

Спасибо!

Answer 1

Да, это так. Документация (?metaMDS) выражается так:

Главные компоненты вращают конфигурацию так, чтобы дисперсия точек была максимизирована в первом измерении

Вывод также печатается при использовании вращения ПК:

Scaling: centring, PC rotation, halfchange scaling

Однако это не имеет ничего общего с вращением Прокруста, которое используется для оценки сходства решений на этапах итерации. Вращение ПК касается только окончательного результата.

О интерпретации RMSE и max residual: они представляют собой статистику, которая сравнивает два решения во время итерации. RMSE - это своего рода средняя разница, а max - максимальная разница. Если вы маленькие, две итерации дали одинаковые результаты. Чтобы увидеть, что они значат, беги metaMDS с опцией plot = TRUE и все вращения Прокрутов строятся при запуске результатов. Синие стрелки на этом графике будут показывать различия, а RMSE - это усредненная длина стрелки, а max residual - длина самой длинной стрелки. Если вы не увидите много стрелок, то два решения настолько похожи, что различия не видны.