Измененное расстояние газонокосилки в R

Question

У меня есть смешанные данные (категориальные и непрерывные), и я хочу вычислить модифицированный коэффициент Гауэра с помощью команды vegandist

library(vegan)
vegdist(mydata, "altGower")

Однако появляется следующая ошибка:

Error in rowSums(x, na.rm = TRUE) : 'x' must be numeric

Я предполагаю, что это потому, что столбцы для категориальных переменных являются факторными и не числовыми. Если это проблема, есть ли другой пакет, который я могу вычислить с помощью модифицированного Gower?

Answer 1

Вы не можете использовать vegan::vegdist() со смешанными данными (это задокументировано). Вы должны использовать либо cluster::daisy() или же FD::gowdis() которые способны обрабатывать смешанные данные. Функции отличаются кодированием категориальных данных: есть несколько вариантов в gowdis() (FD пакет). cluster Пакет официально рекомендуется и, вероятно, уже установлен в вашем R.