Можно ли сделать дендрограмму эквивалентом анализа ограниченной корреспонденции?

Есть функция под названием LINKTREE в PRIMER, где дерево создается на основе различий сообщества, но каждая точка останова должна соответствовать порогу в одной или нескольких переменных среды (ограничения).

Есть ли эквивалентная функция в R? hclust создает деревья на основе матриц различий, но я не нашел способа "ограничить" его, используя второй фрейм данных.

Данные для игры:

library(vegan)
comm <- data.frame(oak = c(4,10,3), birch = c(3,6,1), maple = c(9,6,3), 
                   row.names = c('site 1','site 2','site 3'))
comm.dist <- dist(comm)
env <- data.frame(temp = c(35,39,31), rain = c(103,85,80), 
                  row.names = c('site 1','site 2','site 3'))
tree <- hclust(comm.dist)
plot(tree)
cca <- cca(comm ~ ., data = env)
plot(cca, display = c('sp', 'bp'))

Желаемым результатом будет дерево, в котором первая точка останова будет отделять сайт 2 от 1 и 3, потому что он наиболее разнороден, но он также будет помечен как "temp>37", потому что сайт 2 является единственным сайтом с температурой выше 37. Точка останова между 1 и 3 будет "temp>33" и / или "rain>95".

0 ответов

Другие вопросы по тегам