Описание тега stan
Stan - это программное обеспечение с открытым исходным кодом для выборки методом Монте-Карло цепи Маркова, часто используемое для многоуровневого байесовского моделирования.
0
ответов
Стэн номер эффективного размера выборки
Я воспроизвел результаты иерархической модели, используя пакет переосмысления с помощью только rstan(), и мне просто любопытно, почему n_eff не ближе. Вот модель со случайными перехватами для 2 групп (intercept_x2) с использованием пакета переосмысл…
31 авг '17 в 19:05
1
ответ
STAN в R: стандартное отклонение или дисперсия в нормальном распределении
Я использую STAN в R, чтобы оценить некоторые параметры. Для приоры я хочу использовать нормальное распределение. В описании модели должны быть определены априоры: a ~ normal(mean,sigma) Интерпретирует ли STAN сигму как стандартное отклонение или ка…
19 окт '18 в 13:29
1
ответ
Стэн: Копула на наблюдаемой переменной и латентной переменной
Рассмотрим наблюдаемые данные y1 и y2. y1 измеряется в непрерывной шкале, а y2 измеряется в двоичной шкале. Предполагается, что непрерывная скрытая переменная z генерирует y2 как: y2 = I(z > 0). (Если z нормально, то y2 - бинарный пробит незначитель…
16 мар '16 в 19:02
2
ответа
Как использовать stan в rmarkdown
Я хотел бы получить оценочные коэффициенты модели, используя rstan в тетради У меня есть следующее stan кусок: ```{stan output.var="rats"} data { int<lower=0> N; int<lower=0> T; real x[T]; real y[N,T]; real xbar; } parameters { real alph…
03 фев '18 в 01:14
1
ответ
Как иметь переменную в блоке данных Stan быть массивом длины J >= 1?
Я использую следующую очень простую модель Стэна, сохраненную как model.stan, data { int<lower=1> J; real x[J]; } parameters { real mu[J]; real<lower=0> sigma[J]; } model { sigma ~ inv_gamma(1, 1); mu ~ normal(0, 10); x ~ normal(mu, sigm…
05 ноя '18 в 22:31
1
ответ
Может ли кто-нибудь объяснить более четкую "программную" часть вероятностного программирования?
Обычно в документах по вероятностным средам программирования я могу прочитать много о MCMC, но не очень о программировании. У каждого примера, который я вижу, обычно есть только очень короткая и простая вероятностная программа. Обычно они составляют…
21 ноя '17 в 16:29
0
ответов
STAN - получение разных результатов при использовании оператора выборки и прямого увеличения вероятности записи
Я пытаюсь реализовать модель в stan, напрямую увеличивая вероятность регистрации, используя функциональность 'target += bernoulli_logit_lmpf(y|alpha)'. Полная модель ниже: data { int<lower=0> Ntotal; int y[Ntotal]; int<lower=0> Nsubj; in…
15 апр '17 в 09:15
0
ответов
Spyder и Notebook дают разные результаты с PyStan
Я использую пакет PyStan в Python, чтобы сделать байесовский вывод. При запуске кода в Spyder я получаю необычное поведение (раньше такого не было). Метод сэмплирования ничего не берет, и выводы действительно плохие (в основном ничего не меняется от…
12 окт '17 в 06:50
1
ответ
Байесовский анализ выживаемости
Я хочу построить стандартный (rstan) код для анализа выживания с использованием распределения Вейбулла. Но мой стандартный код всегда не может работать. Если кто-нибудь знает, как справиться с моей проблемой, пожалуйста, научите меня. Мои данные так…
15 сен '18 в 21:49
1
ответ
Как запустить оптимизацию максимального правдоподобия (BFGS) в STAN?
Согласно домашней странице STAN, STAN способна оптимизировать наказание по максимальному правдоподобию (BFGS). Я использую пакет R rstan но я не нашел способа использовать этот метод. Я пытался посмотреть на ?stan помощь для stan() функции, но единс…
28 ноя '14 в 17:00
1
ответ
Код Stan работает в Windows, но не в Linux
У меня следующий код Stan прекрасно работает при использовании с Rstan на Windows. Однако при работе в кластере с Linux (CentOS 6) он выдает очень длинную ошибку, которая включает ~500 строк, я думаю, кода Rcpp, и последний фрагмент выглядит следующ…
13 июл '17 в 03:49
1
ответ
Ошибка stan "неопределенные значения" при подборе логистической модели
Новый пользователь Стэн здесь. Эта конкретная модель (в основном логистическая регрессия со смешанными эффектами) будет иногда работать, но часто получит ошибки "У следующих переменных есть неопределенные значения: log_lik[182]" и т. Д. Это всегда п…
15 апр '16 в 17:07
2
ответа
Вариационный вывод в PyStan API?
Я не могу найти упоминания о вариационном выводе в документации PyStan, хотя он был добавлен в самом Stan. Я что-то упустил, или Python API просто еще не реализовал это?
11 фев '16 в 13:32
2
ответа
Добавление преобразованного параметра в объект stanfit
У меня есть stanfit объект называется fit вернулся rstan::stan(...) выводить параметр theta, Теперь я могу анализировать theta используя, например, rstan::summary(fit, pars="theta"), Позже я понял, что меня больше интересует вывод о квадрате theta, …
18 мар '16 в 11:04
0
ответов
brms - как бороться с отсутствующим контрастом (один уровень - игнорировать)
Я пытаюсь использовать пакет brms для изучения изменений частоты паразитизма у четырех видов бабочек между 3 состояниями. Все виды, кроме одного, были протестированы в каждом состоянии, и тут возникла моя проблема. Вид 4 не был испытан в состоянии 3…
18 дек '18 в 13:39
1
ответ
Как ускорить STAN при установке модели со случайным эффектом на большой, разреженный кадр данных?
Я пытаюсь подобрать модель со случайным эффектом, используя RSTAN. Моя матрица дизайна имеет 198 столбцов. Он настолько широк, потому что мой исходный фрейм данных представляет собой набор факторных переменных, которые я конвертирую в двоичные индик…
22 мар '15 в 06:07
2
ответа
Построение эффектов взаимодействия в байесовских моделях (с использованием rstanarm)
Я пытаюсь показать, как влияние одной переменной изменяется со значениями другой переменной в байесовской линейной модели в rstanarm(). Я могу подобрать модель и взять результаты из апостериора, чтобы посмотреть на оценки для каждого параметра, но н…
04 ноя '17 в 17:18
0
ответов
Как исправить этот код Rstan/R для MCMC из модели AR(1)?
Я пытаюсь понять, что я делаю не так с моим кодом Rstan... Обратите внимание, что данные - это всего лишь смоделированные данные. Я получаю следующее сообщение об ошибке при запуске ar1_stan_fit: Ошибка в if (nchar(CXX) == 0) {: аргумент имеет нулев…
13 янв '19 в 16:05
1
ответ
Перекомпиляция во избежание сбоя R сессии
Как избежать перекомпиляции? мой stan() перекомпилируется, чтобы избежать сбоя сеанса R. Чтобы проверить мою модель, я хочу скопировать различные модели для многих данных из известных дистрибутивов. тем не мение rstan::stan() всегда перекомпилируйте…
15 янв '19 в 09:23
0
ответов
Как обновить объект brmsfit с измененной моделью stan, сгенерированной brms, маргинализуя распределение весов
Я был бы признателен за любую помощь в обновлении моего объекта brmsfit с помощью измененной модели stan, сгенерированной brms, потому что я хочу передать различные столбцы весов вероятности способом, который brms пока не поддерживает, вероятно. Моя…
02 фев '19 в 08:47