Описание тега pymc

Описание тега Вопросы с тегом
PyMc is a Python module for providing Bayesian statistical models, algorithms and estimations. Two versions are currently widely used: 2 and 3, that are significantly different. Version 2 is not supported anymore, but version 3 is not fully compatible with previous codes and translating a V2-code to V3 is not always straightforward. If you have a PyMc question specific to V3, consider using the [pymc3] tag in addition to the [pymc] tag.
1 ответ

Надежная байесовская корреляция с PyMC3

Это дополнительный вопрос по анализу байесовской корреляции, как описано в этом примере для PyMC2. Я успешно перенес ненасильный подход, в котором используется многомерное нормальное распределение, на PyMC3, но я борюсь с надежной версией, где вмест…
19 окт '16 в 09:04
1 ответ

Как установить ключ для детерминированной переменной в pymc

Я пытаюсь построить разницу между двумя переменными. Я следую приведенному здесь примеру (найдите true_p_A, и он будет в правом разделе) Вот мой код def cool(test): n_data_points = len(test) alpha = 1.0/np.mean(test) lambda_1 = pm.Exponential("lambd…
07 авг '14 в 18:51
1 ответ

Расчет размера байесовской сетевой модели

Как рассчитать размер (хранилища) модели Bayesia Network с n узлами / объектами / столбцами / атрибутами и k дугами? Модель может быть сгенерирована через pymc или гранат.
03 май '17 в 08:19
1 ответ

Простая динамическая модель в PyMC3

Я пытаюсь собрать модель динамической системы в PyMC3, чтобы вывести два параметра. Модель является основным SIR, обычно используемым в эпидемиологии: дс / дт = - г0 * г * с * я dI/dt = g * I ( r * S - 1) где r0 и g - параметры, которые будут выведе…
21 янв '14 в 00:45
1 ответ

PyMC изменить бэкэнд после выборки

Я использовал PyMC для анализа некоторых данных физики высоких энергий. Это сработало до совершенства, анализ завершен, и мы работаем над документом. У меня небольшая проблема, однако. Я запустил пробоотборник с RAM база данных Следы уже несколько м…
17 фев '14 в 19:45
1 ответ

PyMC: получение нуля или значения, близкого к нулю

Я пытаюсь оценить ставки по стохастической модели Петри. Я не понимаю, почему, но я получаю ошибку ZeroProbability даже при составлении данных, которые точно соответствуют ожидаемому количеству наблюдений с учетом начальных значений, которые я опред…
18 сен '14 в 09:22
1 ответ

Логистическая регрессия в PyMC

Что-то вроде вопроса для начинающих, но я прихожу с разных языков и не могу найти правильный пример. Я пытаюсь настроить простую логистическую регрессию в PyMC 2. Рассмотрим pandas Фрейм данных "Данные" с разметкой примерно так: ID, GotSick, Salad, …
04 авг '14 в 19:52
3 ответа

Создание функций распределения вероятностей (PDFs) из гистограмм

Скажем, у меня есть несколько гистограмм, каждая из которых имеет счет в разных местоположениях бина (на реальной оси). например def generate_random_histogram(): # Random bin locations between 0 and 100 bin_locations = np.random.rand(10,) * 100 bin_…
18 мар '14 в 15:03
1 ответ

Мульти-обработка изображений с PyMC3

У меня проблема с обработкой изображений, которую я решил использовать, чтобы поэкспериментировать с изучением PyMC3. Я потратил много времени, играя с нелинейными решателями и методами грубой силы, и до сих пор ничто не делает меня счастливым. У ме…
25 ноя '13 в 18:11
1 ответ

Примеры / учебные пособия по Adaptive Metropolis для изображений с использованием PyMC

Я ищу примеры или учебные пособия AdaptiveMetropolis пошаговый метод, используемый для обработки изображений. Единственный смутно связанный с изображениями ресурс, который я нашел до сих пор, - это астрономическая диссертация и связанное с ней GitHu…
02 дек '14 в 23:52
1 ответ

Pymc Python обнаружения точки изменения для малых вероятностей. Ошибка нулевой вероятности

Я пытаюсь использовать Pymc, чтобы найти точку изменения во временном ряду. Значение, которое я рассматриваю с течением времени, - это вероятность "конвертировать", которая очень мала, в среднем 0,009 с диапазоном 0,001–0,016. Я даю двум вероятностя…
10 апр '17 в 08:33
2 ответа

Можно ли использовать операторы if в детерминированной функции PyMC?

После прочтения вероятностного программирования и байесовских методов для хакеров Кэма Дэвидсона-Пилона я решил попробовать свои силы в задаче изучения скрытой марковской модели (HMM) с PyMC. Пока что код не взаимодействует, но из-за устранения непо…
14 авг '15 в 22:48
1 ответ

Установка pymc - проблемы с Lapack

Надеясь, что кто-то может иметь некоторый опыт с этой проблемой, я проверил Google, но мне не повезло даже найти сообщение об ошибке. Я пытаюсь установить Pymc (с помощью pip install --user pymc) на сервере с установленными Wakari и Anaconda python.…
21 дек '15 в 00:02
1 ответ

Улучшить скорость работы петли

Я пытаюсь создать пример для кода Монте-Карло моей цепочки Маркова, используя pyMC. Таким образом, с выбранными параметрами модели, каждый раз, когда вывод создается путем вызова getLensing Экземпляр из класса NFW и по сравнению с наблюдаемыми данны…
05 июн '14 в 22:25
2 ответа

Почему значения трасс имеют периоды (нежелательной) стабильности?

У меня довольно простой набор тестовых данных, который я пытаюсь согласовать с pymc3. Результат, генерируемый traceplot, выглядит примерно так . По сути, трассировка всех параметров выглядит так, как будто есть стандартная "гусеница" на 100 итераций…
06 сен '17 в 15:33
2 ответа

Как сэмплировать несколько цепочек в PyMC3

Я пытаюсь сэмплировать несколько цепочек в PyMC3. В PyMC2 я бы сделал что-то вроде этого: for i in range(N): model.sample(iter=iter, burn=burn, thin = thin) Как мне сделать то же самое в PyMC3? Я видел аргумент njobs в методе sample, но он выдает ош…
12 дек '14 в 15:22
1 ответ

Нелинейная минимизация наименьших квадратов с использованием трехмерных данных

У меня есть 3D-данные, и я хотел бы подогнать нелинейную модель к данным, используя lmfit, Это код, который я написал, но он не работает. from lmfit import minimize, Parameters, Parameter, report_fit import numpy as np m=np.array([13.8, 14.38, 14.31…
24 май '16 в 16:52
0 ответов

Простая тематическая модель PyMC3

Я пытаюсь реализовать очень простую модель темы в PyMC3, и у меня возникла проблема с получением ее в качестве примера. Я уверен, что проблема в функции 'p' в том, как я пытаюсь получить доступ к переменной 'theta'. Тета на самом деле не список, но …
12 сен '16 в 23:43
1 ответ

PYMC3: у NUTS есть трудности с выборкой из иерархической модели с нулевым раздувом

Я пытаюсь повторить анализ данных из статьи Ричарда МакЭлрита, в которой он снабдил данные иерархической гамма-моделью с нулевым раздуванием. Данные об охоте возвращаются около 15000 Охотничьи поездки с о 150 охотники старше двадцати лет. Поскольку …
23 фев '17 в 07:42
1 ответ

Может ли кто-нибудь объяснить более четкую "программную" часть вероятностного программирования?

Обычно в документах по вероятностным средам программирования я могу прочитать много о MCMC, но не очень о программировании. У каждого примера, который я вижу, обычно есть только очень короткая и простая вероятностная программа. Обычно они составляют…
21 ноя '17 в 16:29