Описание тега survival-analysis

Вопросы с тегом
Анализ выживаемости - это статистика цензурированных данных о времени до события, к которым стандартные методы регрессии и классификации обычно не применяются из-за неопределенного членства в группах наблюдений. Название произошло от биологических систем, где интересующим результатом действительно было выживание или смерть, но эта концепция в равной степени применима к механическим сбоям, экономическим событиям или другим типам прогнозов.
1 ответ

Вычислить вероятности после coxph

Я пытаюсь выяснить, как рассчитать некоторые вероятности после запуска анализа выживания с помощью coxph от survival пакет. Я прочитал кучу постов, но не могу найти ни одного, который отвечал бы на этот конкретный вопрос. У меня есть модель как coxp…
29 янв '15 в 16:13
3 ответа

R - Извлечь сводную таблицу из Survfit с Strata

Я новичок в R и анализе выживания, и мне интересно экспортировать в фрейм данных результаты из Surfit, где есть страты. Этот сайт предоставил отличное решение, но не для одного со стратами ( https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2014-October/422348.…
03 июл '15 в 04:38
2 ответа

В "Анализе выживания с R", какова цель функции "выживания" в модели пропорциональных рисков Кокса?

В настоящее время я смотрю на документ, в котором говорится об использовании модели пропорциональных рисков Кокса, вашей переменной ответа для части формулы coxph(formula, data=, weights, subset, na.action, init, control, ties=c("efron","breslow","e…
22 авг '14 в 05:37
1 ответ

Вероятность выживания в определенные моменты времени с использованием randomForestSRC

Я использую rfsrc смоделировать проблему выживания, вот так: library(OIsurv) library(survival) library(randomForestSRC) data(burn) attach(burn) library(randomForestSRC) fit <- rfsrc(Surv(T1, D1) ~ ., data=burn) # predict on the train set pred &lt…
09 авг '15 в 12:37
0 ответов

Предсказать вероятность события (событие предоплаты) с учетом модели срега

Я хочу предсказать совокупный риск предоплаты для данных за первый квартал 2016 года, где уровень ссуды был A. У меня есть данные до MOB (месяц в книге) 27, но я хочу прогнозировать до месяца 36. sr.a_q2_16 <- survreg(Surv(time=MOB,event=prepay)~…
28 июн '18 в 20:55
0 ответов

Do Loop в рамках PROC PHREG

Может кто-нибудь сказать мне, если эти два будут эквивалентны? PROC PHREG DATA=data; ARRAY start{*} exp_start1-exp_start100; ARRAY stop{*} exp_STOP1-exp_STOP100; use=0; DO I=1 TO 100; IF stop{I}>start{I} AND start{I}<time2event THEN use=1; END…
23 май '16 в 15:39
0 ответов

Предсказать вероятность выживания до будущего времени

У меня есть "тест" набора данных, который показывает данные за первые 27 месяцев тысяч кредитов. Используя мою модель Coxph, я хочу предсказать риск события (который в данном случае является предоплатой) до 36 месяца. У меня нет данных за 28-36 меся…
03 июл '18 в 18:43
0 ответов

График выживания с годами вместо дней в качестве оси X

Я пытаюсь построить сюжет выживания с survplot показывая годы на оси х вместо дней (dod: дата смерти / конец f'up; dob: дата рождения; мертвый: статус; начало: начало наблюдения; экспозиция: категория экспозиции). Даты в исходном наборе данных имеют…
16 сен '18 в 12:00
1 ответ

Вычисление индекса соответствия с рейнджером (пакет R)

Я пытаюсь использовать прогнозы из случайного леса выживания, рассчитанного с помощью Ranger, для вычисления индекса c в определенные моменты времени. Я знаю, что это легко сделать для модели coxph со следующим кодом: cox_model = coxph(Surv(time, st…
02 июн '18 в 01:35
2 ответа

R - model.frame() и нестандартная оценка

Я озадачен поведением функции, которую пытаюсь написать. Мой пример исходит из survival пакет, но я думаю, что вопрос является более общим, чем это. В основном, следующий код library(survival) data(bladder) ## this will load "bladder", "bladder1" an…
21 май '16 в 15:06
0 ответов

Тест ранга кривой выживаемости по Matlab

Я пытаюсь сделать анализ выживания в Matlab и хочу рассчитать баллы теста ранга среди нескольких кривых. Я нашел возможный код для ранжирования журнала здесь. Но, основываясь на его описании, он может выполнять проверку лог-ранга только между двумя …
09 мар '15 в 14:54
0 ответов

Расчет общего NRI в пакете Survidinri в R

Только что был вопрос о пакете Survidinri в R. Что касается m2.est, я вижу, что создатель утверждает, что это: "Вектор с 3 элементами. 1-й элемент - это точечная оценка непрерывного NRI. 2-й элемент - это доля пациентов, у которых оценки риска по но…
05 дек '17 в 20:32
2 ответа

Как подобрать модель выживания для каждого квартиля переменной?

Я попытался подобрать модель выживания для каждого квартиля одной переменной в наборе данных. Принимая набор данных рака легкого, доступных в survival пакет в качестве примера library(survival) datalung <- lung attach(datalung) fit<- survfit(S…
30 сен '16 в 22:28
1 ответ

Создайте объект выживания с помощью наблюдений как правой, так и левой усеченной + правой.

У меня проблема с созданием моих объектов выживания в R. Я хочу смоделировать выживание от клиентов по подписке (ежемесячные данные), но для создания объектов выживания мне нужно включить оба типа цензуры: классическая правая цензура: некоторые клие…
19 апр '18 в 15:24
1 ответ

R: Длинные данные: как удалить все следующие объекты в одном и том же идентификаторе, если условие выполнено?

У меня есть длинные данные, например, такие: ID time condition 1 1 0 1 2 0 1 3 0 1 4 1 2 1 0 2 2 1 2 3 1 2 4 0 3 1 1 3 2 1 3 3 0 3 4 0 4 1 0 4 2 1 4 3 NA 4 4 NA Я хочу сохранить эти строки только до того, как условие будет выполнено один раз, поэтом…
18 янв '19 в 19:28
0 ответов

Как рассчитать CI для NRI и IDI (события / не события) - пакет SurvidINRI

Я могу рассчитать непрерывный NRI и IDI по Survidinri. Расчеты NRI и IDI, данные pbc Мой вопрос заключается в том, как рассчитать доверительный интервал, например, для IDI (не события / события)? #calculate IDI / NRI use pbc data & survIDINRI li…
10 ноя '17 в 13:16
1 ответ

Рабочий процесс для создания изменяющихся во времени ковариат в r

У меня есть огромный файл данных в длинном формате, его части представлены ниже. Каждый идентификатор может иметь несколько строк, где статус - это окончательный статус. Однако мне нужно провести анализ с изменяющимися во времени ковариатами и, след…
30 дек '12 в 20:51
1 ответ

График скорректированного риска

Со следующим фреймом данных: death <- c(1,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,1,1,0,1,0,0,1,0,1,1,1,1,0,1,1,1,0,0,1) age<-c (70,50,60,60,55,46,50,60,59,61,62,55,66,60,59,58,61,59,58,60,60,58,60,60,61,61,59,60,61,64) survival_time <- c(4,29,24,29,29,29,29,1…
13 янв '19 в 13:38
1 ответ

Как создать бинарный предитор из многомерной модели glmnet (coxnet)?

Давайте использовать следующий пример: генерировать данные о выживании (1000 образцов с 30 переменными) library(glmnet) library(survival) set.seed(10101) N=1000;p=30 nzc=p/3 x=matrix(rnorm(N*p),N,p) beta=rnorm(nzc) fx=x[,seq(nzc)]%*%beta/3 hx=exp(fx…
14 мар '17 в 14:32
0 ответов

Значение невероятной переменной для выживания GBM: постоянная разница в важности

У меня есть вопрос об анализе выживания GBM. Я пытаюсь количественно оценить значение переменных для моих переменных (n=453) в наборе данных из 3614 человек. Результирующий график с переменными значениями выглядит подозрительно упорядоченным. Я рань…
02 фев '19 в 17:00