Описание тега rstan

Описание тега Вопросы с тегом
RStan - это API на R для языка программирования STAN для байесовского статистического вывода.
1 ответ

Как предотвратить открытие /tmp файлов с помощью knitr, используя nvim-r и rstan

Я использую R в Neovim с Nvim-R, чтобы связать документы Rmd, используя \kh или же \kp команды. Проблема в том, что когда я вяжу Rmd, который соответствует модели Rstan, он печатает выходные данные Rstan sampling() Вызов, включая ход цепочек в отдел…
24 янв '19 в 23:10
2 ответа

Как использовать stan в rmarkdown

Я хотел бы получить оценочные коэффициенты модели, используя rstan в тетради У меня есть следующее stan кусок: ```{stan output.var="rats"} data { int<lower=0> N; int<lower=0> T; real x[T]; real y[N,T]; real xbar; } parameters { real alph…
03 фев '18 в 01:14
1 ответ

Как иметь переменную в блоке данных Stan быть массивом длины J >= 1?

Я использую следующую очень простую модель Стэна, сохраненную как model.stan, data { int<lower=1> J; real x[J]; } parameters { real mu[J]; real<lower=0> sigma[J]; } model { sigma ~ inv_gamma(1, 1); mu ~ normal(0, 10); x ~ normal(mu, sigm…
05 ноя '18 в 22:31
1 ответ

Байесовский анализ выживаемости

Я хочу построить стандартный (rstan) код для анализа выживания с использованием распределения Вейбулла. Но мой стандартный код всегда не может работать. Если кто-нибудь знает, как справиться с моей проблемой, пожалуйста, научите меня. Мои данные так…
15 сен '18 в 21:49
1 ответ

Как запустить оптимизацию максимального правдоподобия (BFGS) в STAN?

Согласно домашней странице STAN, STAN способна оптимизировать наказание по максимальному правдоподобию (BFGS). Я использую пакет R rstan но я не нашел способа использовать этот метод. Я пытался посмотреть на ?stan помощь для stan() функции, но единс…
28 ноя '14 в 17:00
1 ответ

Код Stan работает в Windows, но не в Linux

У меня следующий код Stan прекрасно работает при использовании с Rstan на Windows. Однако при работе в кластере с Linux (CentOS 6) он выдает очень длинную ошибку, которая включает ~500 строк, я думаю, кода Rcpp, и последний фрагмент выглядит следующ…
13 июл '17 в 03:49
1 ответ

Установить приоры для нескольких предикторов в rstanarm?

Я немного запутался в том, как установить априоры для нескольких предикторов для следующей модели: require(rstanarm) wi_prior <- normal(0, sd(train$attendance)) SEED <- 101 fmla <- attendance ~ (1 + W + W1 + W2 + W3 + DivWin1 + DivWin2 + Di…
01 ноя '16 в 15:02
2 ответа

Добавление преобразованного параметра в объект stanfit

У меня есть stanfit объект называется fit вернулся rstan::stan(...) выводить параметр theta, Теперь я могу анализировать theta используя, например, rstan::summary(fit, pars="theta"), Позже я понял, что меня больше интересует вывод о квадрате theta, …
18 мар '16 в 11:04
1 ответ

Фитинг пуассоновский модель HMM JAGS с RSTAN

Вальтер Цуккини в своей книге " Скрытые марковские модели для временных рядов. Введение" Введение с помощью R в главе 8 на стр. 129 настраивает пуассоновский HMM с помощью R2OpenBUGS, затем я показываю код. Я заинтересован в настройке этой же модели…
14 янв '19 в 06:05
2 ответа

Построение эффектов взаимодействия в байесовских моделях (с использованием rstanarm)

Я пытаюсь показать, как влияние одной переменной изменяется со значениями другой переменной в байесовской линейной модели в rstanarm(). Я могу подобрать модель и взять результаты из апостериора, чтобы посмотреть на оценки для каждого параметра, но н…
04 ноя '17 в 17:18
1 ответ

Перекомпиляция во избежание сбоя R сессии

Как избежать перекомпиляции? мой stan() перекомпилируется, чтобы избежать сбоя сеанса R. Чтобы проверить мою модель, я хочу скопировать различные модели для многих данных из известных дистрибутивов. тем не мение rstan::stan() всегда перекомпилируйте…
15 янв '19 в 09:23
0 ответов

Ошибка каркаса пакета R для включения rstan

Что я должен сделать для создания скелета пакета, чтобы включить stan. Ошибка такая как '"sed"' not found также происходит, когда я пытаюсь создать руководство PDF для моего пакета. Я не уверен, но я думаю, что это относится к TeX. В консоли R возни…
12 фев '19 в 11:27
1 ответ

ZIP - скрытая марковская модель р Стэн

Я пытаюсь настроить модель Маркова с нулевым надувом и скрытым пуассоном с помощью Стэна. Для Пуассона-HMM на прошлом форуме этот параметр был показан. см ссылку Хотя для настройки ZIP с классической теорией хорошо документированы код и модель. ziph…
17 фев '19 в 23:26
0 ответов

Как обновить объект brmsfit с измененной моделью stan, сгенерированной brms, маргинализуя распределение весов

Я был бы признателен за любую помощь в обновлении моего объекта brmsfit с помощью измененной модели stan, сгенерированной brms, потому что я хочу передать различные столбцы весов вероятности способом, который brms пока не поддерживает, вероятно. Моя…
02 фев '19 в 08:47
0 ответов

Иерархическая линейная модель смеси

Я реализовал стандартную иерархическую модель с уровнем 1 в группах, чтобы быть линейной моделью и уровнем 2 в модели гауссовой смеси предметов. Это означает, что наклон, полученный из уровня 1, используется моделью уровня GMM для кластеризации. Ког…
29 янв '19 в 12:00
1 ответ

Извлеките и добавьте во фрейм данных значения сигмы из линейной модели распределения Стэн

Учитывая данные образца sampleDT и brms модели brm.fit а также brm.fit.distr ниже я бы хотел: оцените, извлеките и добавьте в кадр данных значения стандартных отклонений для каждого наблюдения из модели распределения brm.fit.distr, Я могу сделать эт…
10 фев '19 в 11:18
1 ответ

Разработка иерархической версии модели нелинейной кривой роста в Stan

Следующая модель является моделью 1 Preece and Baines (1978, Annals of Human Biology) и используется для описания роста человека. Мой код Stan для этой модели выглядит следующим образом: ```{stan output.var="test"} data { int<lower=1> n; order…
07 июн '18 в 20:06
2 ответа

Stan Ошибка приведения параметра к int

Я пытаюсь провести анализ точек переключения с помощью STAN. У меня есть вектор данных y который имеет две разные последовательности гауссовских случайных величин. Цель состоит в том, чтобы найти последующее распределение того, когда мог произойти с…
10 мар '16 в 22:01
1 ответ

prep_call_sampler не найден в программе Stan в Linux, использующей R

У меня есть простая программа.stan для многоуровневой модели, которая отлично работала в Windows. Но я получал эту странную ошибку в Linux, когда запускал ее. 'prep_call_sampler не найден'
22 мар '18 в 02:34
0 ответов

Целочисленная матрица в стане становится плоской

Я пытаюсь передать трехмерную структуру данных в Stan (в RStan), где записи должны быть целыми числами, потому что это требуется для функции в нисходящем направлении. Однако я испытываю затруднения, объявляя это. Я попробовал прямой подход: int x[n,…
19 ноя '17 в 07:55