Описание тега skbio

Описание тега Вопросы с тегом
NoneScikit-bio is a general-purpose python 3 bioinformatics library.
1 ответ

Вывести позиции генов из файла GenBank

Можно ли вывести местоположение гена для функции CDS или мне нужно самому проанализировать поле "местоположение" или "дополнение"? Например, seq = Sequence.read(genbank_fp, format='genbank') for feature in seq.metadata['FEATURES']: if feature['type_…
23 сен '15 в 15:34
1 ответ

Чтение из сжатого файла FASTA bz2 с использованием skbio

Можно ли читать из сжатого файла (например, FASTA bz2)? Я обычно использую skbio.sequence.Sequence.read, но не вижу там этого параметра. Спасибо!
23 июн '16 в 15:40
2 ответа

Невозможно запустить pyLDAvis. Получение ошибки: ImportError: невозможно импортировать имя PCoA

Я создал модель LDA, используя Gensim. Теперь я хотел визуализировать это, используя библиотеку pyLDAvis, но получая: ImportError: cannot import name PCoA Может ли кто-нибудь помочь мне с этим или предложить несколько альтернатив. Заранее спасибо.
16 дек '15 в 10:23
1 ответ

Как получить результаты `skbio` PCoA (Анализ основных координат)?

Я смотрю на attributes из skbio's PCoA метод (указан ниже). Я новичок в этом API и я хочу быть в состоянии получить eigenvectors и исходные точки проецируются на новую ось, аналогичную .fit_transform в sklearn.decomposition.PCA так что я могу создат…
14 июл '16 в 21:10
1 ответ

Иерархия scipy. расстояния между Брейем и Кертисом не соответствуют

Я работаю с набором видов (подсчетов) с нескольких разных станций отбора проб (станций). Я вычислил сходство Брея-Кертиса между каждой возможной парой станций выборки, используя функцию pw_distance из scikit-bio. Это дает матрицу расстояний со значе…
05 фев '18 в 20:39
1 ответ

scikit-био экстракт геномных особенностей из файла gff3

Возможно ли в scikit-bio извлечь геномные элементы, хранящиеся в файле в формате gff3, из файла генома fasta? Пример: genome.fasta >sequence1 ATGGAGAGAGAGAGAGAGAGGGGGCAGCATACGCATCGACATACGACATACATCAGATACGACATACTACTACTATGA annotation.gff3 #gff-vers…
11 июл '16 в 07:59
0 ответов

Ошибка при использовании smith-waterman из skbio 0.5.4

Я использую упакованную версию smith-waterman из skbio (0.5.4), но у меня есть неожиданная ошибка: _, оценка, _ = local_pairwise_align_ssw(белок-список [idx1], белок-список [idx2], substitution_matrix = blosum62) Файл "/anaconda3/lib/python3.6/site-…
26 фев '19 в 22:38
1 ответ

Открытие файловых дескрипторов для использования с TabularMSA в skbio

Привет, команда Skbio. Так что мне нужно разрешить или MSA ДНК или РНК. Когда я делаю следующее, если я пропускаю alignment_fh.close(), skbio читает строку 'non header' в блоке exc, заставляя меня думать, что мне нужно сначала закрыть файл, чтобы он…
01 сен '17 в 16:55
1 ответ

Пишите несколько записей в фасте, используя scikit-bio write

Я пытаюсь прочитать записи файла FASTA, используя scikit-bio, а затем записать определенные записи обратно в другой файл, если он удовлетворяет некоторым требованиям. Проблема, с которой я сталкиваюсь, заключается в том, что .write методы, кажется, …
13 янв '16 в 22:36
0 ответов

Как найти матрицу различий (растительные сообщества) в питоне?

У меня есть матрица сообщества растений в виде массива, где строки - это виды, а столбцы - это сообщества. species 1,2,3 [[ 0 13 2 0 11 0 12 5 0 0] species 4,5,6 [ 0 97 1 5 117 0 64 24 58 3] species 7,8,9 [ 0 0 0 0 0 0 11 3 5 0] species 10,11,12 [ 0…
24 ноя '15 в 04:58
1 ответ

Реализация Needleman-Wunsch дает разные выравнивания в cogent и в skbio

Реализация в skbio дает странный результат по сравнению с результатом, который вы получите от реализации в pycogent. from cogent.align.algorithm import nw_align as nw_align_cogent from skbio.alignment import global_pairwise_align_nucleotide as nw_al…
15 авг '14 в 19:21
0 ответов

Как я могу сделать триплет cca, используя scikit-bio (python)?

Как я могу сделать триплот для CCA, используя scikit-bio (python)? Я пытаюсь сделать триплет из анализа канонической корреспонденции; например: Это должно иметь точки как для образцов, так и для видов, а также иметь векторы для переменных среды. Виз…
24 мар '16 в 19:42
0 ответов

Возвращение f-статистики из функции ancom

Я использую scikit-bio для запуска ANCOM на некоторых таблицах OTU, и я хотел бы иметь возможность создавать графики вулканов, чтобы помочь мне интерпретировать мои результаты, как обсуждалось здесь, но в возвращаемой таблице есть только статистика …
29 ноя '18 в 03:10
1 ответ

future.utils.six не найден при попытке импортировать модули skbio

Я только что установил numpy и scikit-bio, используя pip3. Если я импортирую DNASequence в интерактивном сеансе, я получаю сообщение об ошибке: >>> from skbio.sequence import DNASequence Traceback (most recent call last): File "<stdin&gt…
08 окт '14 в 00:31
0 ответов

scikit-bio v0.5.2 не работает с python 3.5 в миниконде

Я пытаюсь выполнить дискретную коррекцию частоты ложных открытий для моих данных следующего поколения. В соответствии с кодом владельца, мне нужно настроить следующую среду: conda create -n dsfdr2 python=3.5. Numpy scipy jupyter scikit-learn scikit-…
09 май '18 в 18:12
0 ответов

Ошибка при запуске skbio.stats.ordination.CA: 'LinAlgErr: SVD не сходится'

Я хотел бы использовать Emperor для создания интерактивного сюжета PCoA вне контекста QIIME. Для этого мне нужно сгенерировать файл ординации из моей матрицы данных, например, результаты, предоставленные skbio.stats.ordination.CA. Мои данные предста…
04 дек '15 в 22:36
1 ответ

Не могу установить scikit-bio в моем окне 7 с помощью anaconda 3.x (64-разрядная версия)

Я использовал следующий код для установки scikit-bio из Spyder 3, но он показал ошибку. Поэтому, может кто-нибудь помочь? большое спасибо Код: import pip pip.main (['install', 'scikit-bio']) Ошибка: команда "C:\Users\vanna\AppData\Local\Continuum\an…
13 мар '18 в 04:24
1 ответ

# Ошибка "Набор инструкций SSE2 не включен" при установке scikit-bio через pip

Я хочу установить библиотеку Python scikit-bio через pip с помощью следующей команды: sudo pip install scikit-bio в моей системе: uname -a Linux grassgis 3.2.0-69-generic-pae #103-Ubuntu SMP Tue Sep 2 05:15:53 UTC 2014 i686 i686 i386 GNU/Linux Однак…
06 окт '14 в 07:42
2 ответа

Самый быстрый способ прочитать fastq с scikit-био

Я пытаюсь прочитать отформатированный текст fastq с помощью http://scikit-bio.org/. Учитывая, что это довольно большой файл, выполнение операций выполняется довольно медленно. В конечном итоге я пытаюсь удалить файл fastq в словарь: f = 'Undetermine…
25 авг '16 в 17:02
1 ответ

Замена TabularMSA для Alignment (scikit-bio 0.4.1.dev0)

Я хотел бы прочитать выравнивание PHYLIP (формат FASTA), обновить метки последовательности и записать результаты обратно в файл. Как я могу отредактировать следующие строки, чтобы использовать TabularMSA в scikit-bio 0.4.1.dev0 (вместо выравнивания,…
12 янв '16 в 22:16