Ошибка при запуске skbio.stats.ordination.CA: 'LinAlgErr: SVD не сходится'
Я хотел бы использовать Emperor для создания интерактивного сюжета PCoA вне контекста QIIME. Для этого мне нужно сгенерировать файл ординации из моей матрицы данных, например, результаты, предоставленные skbio.stats.ordination.CA.
Мои данные представляют собой панды DataFrame бактериальных штаммов (ряды) и COGs, обнаруженные в их геноме (столбцы). Каждый столбец представляет собой отдельный COG, и каждый штамм содержит от 0 до 4 копий каждого COG. В матрице много нулей, но нет строк или столбцов, которые полностью заполнены нулями.
Когда я пытаюсь бежать stats.ordination.CA следующее:
res_ord = stats.ordination.CA(matrix_dm, row_ids=matrix_dm.index, column_ids=cogs)
где cogs Серия панд, состоящая из matrix_dm заголовки столбцов.
Я получаю очень длинную ошибку, заканчивающуюся: 'LinAlgError: SVD не сходится'
Я убедился, что моя матрица не содержит ни NaN, ни Infs. Согласно нескольким другим темам, это может быть ошибкой в scikit-bio. Есть еще мысли о том, что может происходить?