Возвращение f-статистики из функции ancom

Я использую scikit-bio для запуска ANCOM на некоторых таблицах OTU, и я хотел бы иметь возможность создавать графики вулканов, чтобы помочь мне интерпретировать мои результаты, как обсуждалось здесь, но в возвращаемой таблице есть только статистика W, а не f- статистики. Можно ли сделать это?

Код, который я запускаю:

ancom_df, percentile_df = ancom(df, grouping, alpha = 0.05, multiple_comparisons_correction = 'holm-bonferroni', significance_test='scipy.stats.f_oneway')

Если это невозможно, лучше ли использовать вместо этого плагин QIIME2?

0 ответов

Другие вопросы по тегам