Как найти матрицу различий (растительные сообщества) в питоне?

Question

У меня есть матрица сообщества растений в виде массива, где строки - это виды, а столбцы - это сообщества.

species 1,2,3   [[  0  13   2   0  11   0  12   5   0   0]    
   species 4,5,6    [  0  97   1   5 117   0  64  24  58   3]
   species 7,8,9    [  0   0   0   0   0   0  11   3   5   0]
   species 10,11,12 [  0  13   6   0   0   0  11   8   0   1]]

Я хочу вычислить матрицу различий. Я попытался установить пакет Python Scikit-Bio, но я получаю ошибку

error: command 'D:\\Program Files (x86)\\Microsoft Visual Studio 10.0\\VC\\B
IN\\cl.exe' failed with exit status 2 

Я установил модуль ecopy. Когда я импортирую ecopy, я получаю сообщение об ошибке "неверный синтаксис -ecopy.regression"

from .nls import nls
from .isoregress import isotonic

Как исправить вышеуказанные проблемы? Или есть другой модуль в Python, который я могу использовать?