# Ошибка "Набор инструкций SSE2 не включен" при установке scikit-bio через pip

Question

Я хочу установить библиотеку Python scikit-bio через pip с помощью следующей команды:

sudo pip install scikit-bio

в моей системе:

uname -a
Linux grassgis 3.2.0-69-generic-pae #103-Ubuntu SMP Tue Sep 2 05:15:53 UTC 2014 i686 i686 i386 GNU/Linux

Однако это вызывает ошибку:

gcc -pthread -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -I/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/include -I/usr/include/python2.7 -c skbio/alignment/_ssw/_ssw_wrapper.c -o build/temp.linux-i686-2.7/skbio/alignment/_ssw/_ssw_wrapper.o
    In file included from skbio/alignment/_ssw/ssw.h:17:0,
                     from skbio/alignment/_ssw/_ssw_wrapper.c:355:
    /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.6/include/emmintrin.h:32:3: error: #error "SSE2 instruction set not enabled"
    /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/include/numpy/__multiarray_api.h:1532:1: warning: ‘_import_array’ defined but not used [-Wunused-function]
    /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/include/numpy/__ufunc_api.h:226:1: warning: ‘_import_umath’ defined but not used [-Wunused-function]
    error: command 'gcc' failed with exit status 1

Я уже побежал sudo apt-get update а также sudo apt-get upgrade чтобы получить самые последние версии установленного программного обеспечения.

Моя версия GCC:

gcc --version
gcc (Ubuntu/Linaro 4.6.3-1ubuntu5) 4.6.3

Как я могу успешно установить пакеты scikit-bio для python?

Answer 1

Об этой проблеме ранее сообщал пользователь с машиной i686 в системе отслеживания проблем scikit-bio. Ошибка возникает при компиляции SSW, внешней программы на C, которая поставляется вместе с scikit-bio. Автор SSW рекомендовал пройти -msse2 компилятору, чтобы исправить проблему.

В ветку разработки scikit-bio было добавлено исправление, включающее этот флаг для машин i686.

Если вы устанавливаете релизную версию scikit-bio, вы можете указать этот флаг через CFLAGS в командной строке:

CFLAGS=-msse2 pip install scikit-bio

или же:

sudo CFLAGS=-msse2 pip install scikit-bio

Кроме того, Scikit-био setup.py файл может быть изменен, чтобы включить '-msse2' в SSW extra_compile_args,