future.utils.six не найден при попытке импортировать модули skbio

Question

Я только что установил numpy и scikit-bio, используя pip3. Если я импортирую DNASequence в интерактивном сеансе, я получаю сообщение об ошибке:

>>> from skbio.sequence import DNASequence
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/local/lib/python3.4/site-packages/skbio/__init__.py", line 64, in <module>
    from skbio.stats.distance import DistanceMatrix
  File "/usr/local/lib/python3.4/site-packages/skbio/stats/distance/__init__.py", line 293, in <module>
    from ._base import (DissimilarityMatrixError, DistanceMatrixError,
  File "/usr/local/lib/python3.4/site-packages/skbio/stats/distance/_base.py", line 11, in <module>
    from future.utils.six import StringIO, string_types
ImportError: No module named 'future.utils.six'

Запуск "pip3 list" показывает мне, что шесть 1.8.0 установлены. Еще более странно, если я повторяю оператор импорта, DNASequence загружается правильно. Есть идеи, что вызывает такое поведение?

Я использую Mac OS X 10.9.5 (Mavericks), Python 3.4.1 (устанавливается с помощью homebrew).

Answer 1

Это была проблема с изменением future пакет в версии 0.14.0 (удаление future.utils.six, как отмечено здесь).

Мы исправили это в разрабатываемой версии scikit-bio, но тем временем вы можете снова начать работать с релизными версиями следующим образом:

pip uninstall future pip install future==0.13.1

Смотрите здесь для дальнейшего обсуждения вопроса, если вы заинтересованы.