Резюме runjags в Linux
Я поставил summarise = TRUE в функции run.jags, затем сохранил объект вывода как save(out, file="out.RData"),
Когда я позже загружу этот объект, я смогу получить резюме, графики и т. Д.
Однако когда я использую точно такой же код и запускаю модель, а также сохраняю вывод в кластере Linux, а затем загружаю объект в Windows для работы с ним, сводные данные и графики недоступны. Когда я печатаю summary(out), print(out), plot(out), или же add.summaries(out)Я получаю следующее сообщение об ошибке:
Ошибка: предоставлен неверный runjags.object; должен быть предоставлен вывод функции runjags (с классом runjags)
Это даже если class(out) возвращается "runjags",
По факту, names(out) показывает, что резюме (и многие другие вещи) не включены в вывод. В файле справки указано, что сводки / графики и т. Д. Включены по умолчанию.
Есть ли что-то в работе модели в Linux, которая 1) предотвращает создание сводок или 2) портит класс выходного объекта?
Я могу, конечно, использовать пакет Coda и сделать out2 <- as.mcmc.list(out)Затем я могу использовать функцию Coda для работы с выводом.
1 ответ
Проблема была не в Linux (см. Комментарий Мэтта Денвуда), а в старой версии runjags, Я обновил runjags на машине с Linux (ну, у меня был системный администратор), и это решило проблему.