Описание тега rjags
1
ответ
Обратный гамма-приор в модели RJAGS
Как указать обратное значение гаммы до (0,5, 0,5) в rjags? Я старался prec ~ dgamma(1.0/2.0, 1.0/2.0) tau <- sqrt(1/prec) Не уверен, что это правильный способ указать.
07 янв '18 в 08:48
1
ответ
Прогнозирование с помощью моделей zoib (MCMC / RJags)
Я использую пакет zoib в R для построения моделей с нулевой инфляцией бета-регрессии. Я ищу простой способ использования моделей, которые производит zoib, для расчета прогнозируемого отклика для нового набора данных. Под "новым набором данных" я под…
01 фев '18 в 22:53
1
ответ
Фитинг пуассоновский модель HMM JAGS с RSTAN
Вальтер Цуккини в своей книге " Скрытые марковские модели для временных рядов. Введение" Введение с помощью R в главе 8 на стр. 129 настраивает пуассоновский HMM с помощью R2OpenBUGS, затем я показываю код. Я заинтересован в настройке этой же модели…
14 янв '19 в 06:05
1
ответ
Смесь до не работает в JAGS, только если включен термин вероятности
Код внизу будет повторять проблему, просто скопируйте и вставьте ее в R. Я хочу, чтобы среднее значение и точность составляли (-100, 100) в 30% случаев и (200, 1000) в 70% случаев. Думайте об этом как о выстроенных в a, b и p. Таким образом, "выбор"…
01 мар '19 в 22:43
0
ответов
Цензура в rjags - недопустимые родительские значения
У меня проблемы с переопределением модели от winbugs на rjags. Я получаю Invalid parent values ошибка, которая возникает при неправильной настройке цензуры, но я не вижу свою ошибку. Это оригинальная модель на WinBugs: model { for(i in 1 : N) { time…
12 ноя '18 в 21:29
0
ответов
Ошибка "Недопустимое родительское значение" для неслучайной переменной в JAGS
Я использую иерархическую байесовскую модель с данными моделирования, чтобы посмотреть, сможет ли байесовская модель получить значения параметров, которые я установил для генерации данных моделирования. И когда я запускал байесовскую модель в JAGS (…
18 окт '17 в 20:46
0
ответов
RJAGS установлен на Windows, но не может быть загружен
Я пытаюсь использовать rjags (версия 4.6) на R (версия 5.1.2) с JAGS (версия 4.2.0, установленная с JAGS-4.2.0-Rtools33.exe). У меня Windows 10 Entreprise 2016 LTSB. JAGS и RJAGS были установлены без каких-либо сообщений об ошибках. install.packages…
23 сен '18 в 15:52
1
ответ
Трехуровневая модель вложенных смешанных эффектов
Я пытаюсь смоделировать трехуровневую модель вложенных линейных смешанных эффектов в rjags (по трем уровням: несколько наблюдений за несколькими людьми в нескольких группах). В группах есть уникальные группы людей. Эквивалентная модель в lme4 было б…
22 май '18 в 15:29
1
ответ
Генерация прогнозов с помощью JAGS
У меня есть параметризованная линейная гауссовская байесовская сеть, и я пытаюсь делать прогнозы по модели, используя rjags, Я могу сделать это для одного наблюдения, но не знаю, как пройти несколько наблюдений. Вот пример library(rjags) library(cod…
30 апр '17 в 18:57
0
ответов
R JAGS: недопустимое родительское значение в узле (объединение dcat и dnorm)
Я новичок, когда дело доходит до использования Jags и Rjags. modelString = " model { for (i in 1:N){ y[i] ~ dt(mu,tau,nu) } tau <- nuless2/(sig^2) nuless2 <- nu / nuless nuless <- (nu-2) sig ~ dnorm(0.02045457,10000000) mu ~ dnorm(0.0013942…
28 июл '17 в 19:19
0
ответов
R Jags Multinomial error "несоответствие длины в узле:setValue"
Я пытаюсь запустить многочленовую модель в RJAGS, и я получаю эту ошибку Error in jags.model(model.file, data = data, inits = init.values, n.chains = n.chains, : Error in node dmulti(b,639) Length mismatch in Node::setValue Вот код, который создает …
07 фев '18 в 23:31
1
ответ
JAGS: распространение априора внутри дистрибутива
Это наша первая модель: # Data: x1 = as.factor(c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1)) x2 = as.factor(c(0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1)) x3 = as.factor(c(0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1)) x4 = as.factor(c(0,…
26 май '17 в 17:10
0
ответов
Оценка псевдо-R2 для модели бета-регрессии Зоиба
У меня есть данные и код ниже, и буду признателен за любой вклад в pseudo-Rsquared или Bayesian version of R-squared можно оценить для модели бета-регрессии с zoib, library(zoib) data("GasolineYield", package = "zoib") re.md <- zoib(yield ~ temp …
13 апр '18 в 15:15
1
ответ
Обрезка mcmc.list в зазубринах / рягах / бегах
У меня есть выход runjags модель в R как mcmc.list, Ниже приведен код для генерации 3 цепочек из 1000 образцов. Я хотел бы урезать все 12 цепей до последних 400 образцов. Я могу разделить цепочки и сохранить матрицы вывода цепочек в списке, но это б…
25 апр '18 в 14:28
1
ответ
Восстановление переменных из объектов mcmc
Я использую rjags в качестве сэмплера. В модели определены 3 матрицы. coda.samples Функция возвращает список образцов. Если я возьму первый пример списка, имена столбцов будут выглядеть примерно так: > colnames(output[[1]]) "A[1,1]" "A[2,1]" "A[1…
11 апр '17 в 15:54
1
ответ
Как сравнить два гиперпараметра в иерархической модели?
В одной иерархической модели у нас есть два параметра: dnorm (A_mu, 0,25^-2) и днорм (B_mu0,25^-2). В этом случае 0,25 является SD, я использую фиксированное число. A_mu а также B_mu представляют среднее на уровне группы. После подгонки данных rjags…
18 дек '18 в 16:30
0
ответов
Модель иногда компилируется, иногда нет, хотя ничего не меняется
Итак, у меня есть модель RJAGS, приведенная ниже. Моя проблема в том, что когда я хочу бежать jags.model()иногда компилируется, иногда нет. Так что я мог буквально запустить jags.model() функция и не возникает ошибка, когда я сразу же перезапустить …
23 фев '19 в 15:45
1
ответ
Прогнозирование результатов с использованием JAGS от R
[Код обновлен и больше не соответствует сообщениям об ошибках] Я пытаюсь понять, как JAGS предсказывает значения результатов (для смешанной марковской модели). Я обучил модель на наборе данных, который включает в себя результат m и ковариаты x1, x2 …
20 фев '18 в 13:29
0
ответов
Полиномиальная модель Дирихле в ЯГС с категориальным X
Может ли кто-нибудь помочь с кодом JAGS для байесовской полиномиальной логистической модели с одной категориальной переменной X (ранее Дирихле)? Моим типичным примером является матрица "z" в приведенном ниже коде, которая представляет 3 результата, …
13 сен '18 в 04:04
1
ответ
Умножение вектора параметров на матрицу независимых переменных в JAGS
Я подгоняю многомерную модель в JAGS, используя распределение dirlichet. У меня есть матрица y из 3 видов пропорциональных численности. #generate 3 columns of species proprotional abundance data y <- matrix(ncol = 3, nrow = 100) y[,] <- abs(rn…
24 апр '18 в 19:01