Описание тега simpleitk

Вопросы с тегом
SimpleITK - это упрощенный интерфейс с открытым исходным кодом для инструментария Insight Segmentation and Registration Toolkit Национальной медицинской библиотеки США. Библиотека анализа изображений SimpleITK доступна на нескольких языках программирования, включая C++, Python, R, Java, C#, Lua, Ruby и Tcl.
1 ответ

DenoiseImage в инструменте ANTS, поднимая ошибку, связанную с ITKv5

Однажды я пытаюсь бежать DenoiseImage в инструменте ANTS, DenoiseImage -d 3 -i image-001.nii -o noise-image-001.nii --verbose 1 Я получаю следующую ошибку: Running for 3-dimensional images. Exception caught: itk::ExceptionObject (0x192cd00) Location…
20 июн '18 в 10:37
0 ответов

Как сделать обратное B-сплайн преобразование в SimpleITK с Python

Я хочу обратить следующее преобразование. Ниже приведено мое преобразование B-Spline с библиотекой SITK в Python: def get_random_bspline_2d(physical,m=4): dimension = 2 spline_order = 3 bspline = sitk.BSplineTransform(dimension, spline_order) bsplin…
28 ноя '18 в 19:20
1 ответ

Используя Simple ITK, чтобы найти ограничивающую рамку

Как я могу захватить ограничивающую рамку из 3D-маски, используя Simple ITK в python? ITK имеет функцию ограничивающего прямоугольника, но я не смог найти аналогичную функцию в SITK.
15 авг '17 в 15:47
1 ответ

Ловите предупреждения при регистрации с помощью simpleITK (python)

Я выполняю регистрацию изображений с помощью simpleITK (python), используя ImageRegistrationMethod.Execute() подход. Цель состоит в том, чтобы собрать некоторую статистику процесса регистрации изображений (например, выяснить, когда это удается, а ко…
11 дек '17 в 12:08
2 ответа

simpleITK с анакондой питон

Я пытаюсь установить simpleITK на моем MacBook, на котором работают индивидуалисты. Я установил Anaconda Python. Когда я пытаюсь импортировать SimpleITK как ситк, я получаю следующую ошибку import SimpleITK as sitk Трассировка (последний вызов был п…
12 сен '14 в 20:27
0 ответов

Ошибка неверный синтаксис. опция по умолчанию не допускается более 2 раз - sitk.Show()

Я использую следующий код Python (версия 3.6) в IDE PyCharm: import SimpleITK as sitk import os datadir = "C:\\Users\\tommaso\\Desktop\\Images\\2D\\MI\\4_45240000" imageName = os.path.join(datadir, 'image.nrrd') image = sitk.ReadImage(imageName) sit…
02 мар '19 в 09:16
1 ответ

simpleITK N4BiasFieldCorrection работает странно с точки зрения скорости работы и результатов

Я делаю проект о сегментации опухоли головного мозга. И когда я применил N4BiasCorrection к своему файлу (.mha), я использовал методы Slicer и simpleITK. Slicer работает хорошо, но требует много времени, потому что я не знаю, как использовать код дл…
25 мар '17 в 11:11
1 ответ

Почему класс ConnectedThresholdImageFilter не маркирует пиксели в пределах порога?

Я пытаюсь использовать класс ConnectedThresholdImageFilter для сегментирования "C", выглядящего белой областью двоичного изображения ("slice87.jpg"). Идея состояла в том, чтобы выбрать начальное значение, которое находится в пределах области, и доба…
28 авг '17 в 15:59
1 ответ

Метод Getbuffer в библиотеках SimpleITK для чтения изображения и вывода другого

Здесь, В настоящее время я работаю над проектом C#, и мне нужно создать фрагмент, используя SimpleITK библиотеки, в которых моя матрица изображений ArrayIn будет сравниваться с числом DoubleVar, Тогда, если для каждого элемента значение ArrayIn боль…
20 янв '14 в 00:07
1 ответ

Как получить метаданные изображения Dicom в SimpleITK, используя Python

Недавно я начал использовать SimpleITK для изменения некоторых изображений Dicom. Однако я не могу изменить метаданные. На самом деле я даже не могу получить к нему доступ. Я знаю благодаря скрипту, который я нашел здесь: https://github.com/SimpleIT…
27 окт '17 в 22:26
2 ответа

Ошибка чтения MHD-файлов с помощью SimpleITK в Python

Я снова здесь с другим вопросом относительно SimpleITK в Python. Я хочу построить изображение.mhd, но я не знаю как. Я пытаюсь описанную здесь функцию чтения *.mhd/*. Raw формат в Python: load_itk('/home/bianca/Documents/PythonProcessing/result-Edep…
24 июл '17 в 20:04
1 ответ

Преобразование VTK UnstructuredGrid в StructuredGrid

Причиной моей проблемы является то, что у меня есть 3D-структура, сохраненная в файле.vtk, которой мне нужно манипулировать (расширять, разрушать и т. Д.). Следующие фрагменты кода предназначены для последовательного запуска, т. Е. Если вы запускает…
26 июл '18 в 20:41
1 ответ

Может ли python sitk.ReadImage прочитать список / серию изображений?

Я не понимаю, если sitk.ReadImage может прочитать список изображений или нет? Мне не удалось найти пример, показывающий, как список изображений должен быть введен в функцию. Но в документации по функциям сказано: ReadImage(**VectorString fileNames**…
14 июл '17 в 07:11
0 ответов

Как SimpleITK может различать другой цвет при регистрации изображения?

Я работаю над простым методом регистрации изображений с использованием метода регулярного градиентного спуска. Мне было интересно узнать, как simpleITK способен выделить различия между фиксированным изображением и движущимся изображением. Например, …
22 фев '18 в 06:21
1 ответ

Как установить SimpleITK в macOS для Anaconda Python 3.6?

import setuptools easy_install SimpleITK-0.8.0.post48-py2.7-macosx-10.5-x86_64.egg Я скачал файл.egg и попытался использовать easy_install, но он не работает. Это ошибка, которую я получаю. easy_install SimpleITK-0.8.0.post48-py2.7-macosx-10.5-x86_6…
02 июн '17 в 15:17
1 ответ

SimpleITK, читать метаданные без загрузки массива изображений

Я использую SimpleITK для чтения данных MetaImage. Иногда мне нужно получить доступ только к метаданным (которые хранятся в файле ключ = значение.mhd), но единственный способ, который я нашел, это вызвать ReadImage что довольно медленно, так как заг…
17 дек '17 в 09:30
1 ответ

Ошибка: не удалось преобразовать строку в число с плавающей точкой (CordZ)

Я пытаюсь извлечь фрагменты клубеньков из изображений CT, основываясь на координатах, указанных в файле CSV. я продолжаю получать это сообщение об ошибке в строке worldcoord: не удалось преобразовать строку в число с плавающей точкой (CordZ). Я не с…
08 авг '17 в 06:50
0 ответов

Проблема установки SimpleITK python 2.7.12

Итак... Я пытаюсь установить SimpleITK на Python 2.7.12, и я пробовал несколько способов, но ни один из них не дает мне удовлетворительного результата. 1) просто используя pip install SimpleITK Я получаю "Не найдено подходящего дистрибутива для Simp…
18 июл '17 в 19:41
1 ответ

Как использовать функцию SimpleITK.WarpImageFilter в Python

Я не могу найти документацию по Python для этой функции. Я попробовал следующий код, но вывод абсолютно неверный. warp = sitk.WarpImageFilter() warp.SetInterpolator(sitk.sitkLinear) out = warp.Execute(reference_img, transform_img) это дает мне именн…
18 ноя '17 в 18:38
2 ответа

Чем отличаются расстояние между размерами и толщиной z (0018, 0050) в серии dicom?

Я изучал некоторые серии dicom и обнаружил, что атрибут толщина и значение itkimage.GetSpacing()[2] не всегда согласованы. Например, значение толщины (0018, 0050), закодированное в файле dcm, составляет 1,5 мм, но соответствующий интервал, указанный…
08 фев '18 в 13:07