Описание тега niftynet

Описание тега Вопросы с тегом
NiftyNet - это платформа сверточных нейронных сетей (CNN) на основе TensorFlow с открытым исходным кодом для исследований в области анализа медицинских изображений и терапии с использованием изображений.
2 ответа

ZeroDivisionError: деление с плавающей точкой на ноль во время агрегации патчей вывода net_segment

Я запустил (в Ubuntu 16.04 в экземпляре виртуальной машины Google Cloud): net_segment inference -c <path-to-config> для проблемы двоичной сегментации с использованием unet_2d с softmax и (96,96,1) пространственным окном. Это было после того, к…
09 авг '18 в 15:14
2 ответа

Niftynet: ошибка: аргумент --axcodes: список ожидаемых строк

Я только начал изучать NiftyNet, который, я думаю, поможет мне в моем проекте. Я пытаюсь обучить сеть для сегментации, используя segmentation_application. Однако я создал свой собственный файл config.ini и при запуске net_run.py я получаю сообщение …
06 фев '18 в 11:36
1 ответ

NiftyNet объемная выборка

Я использую NiftyNet для проблемы сегментации. Для получения образцов из объемов, есть эта опция Sample_per_volume, Наблюдение: Когда я следил за местоположением образца при установке его на "1", я заметил, что вместо одного образца получается тольк…
02 апр '18 в 23:32
1 ответ

NiftyNet net_segment не имеет атрибута _logger

Когда я пытаюсь выполнить инструкции по быстрому старту для NiftyNet, установленного из PyPI, я получаю следующую ошибку при запуске net_segment: net_segment inference -c ~/niftynet/extensions/dense_vnet_abdominal_ct/config.ini WARNING:tensorflow:Si…
14 май '18 в 18:15
0 ответов

Как конвертировать модели Niftynet в формат.pb

Я хотел бы использовать модели в зоопарке Niftynet в tenorflowjs. Когда я загружаю модели из зоопарка Niftynet, они отображаются в формате контрольных точек (ckpt). Однако tenorflowjs ожидает, что модели будут в формате pb. Кроме того, формат контро…
14 янв '19 в 14:43
0 ответов

Ошибка импорта: невозможно импортировать имя '_get_logger' Niftynet

Я пытаюсь запустить Niftynet на моем компьютере. но это продолжает показывать эту ошибку. У меня была версия процессора для tenorflow, и она работала. После этого я установил tenorflow-GPU и теперь он перестал работать. Обратите внимание, что import…
19 янв '19 в 22:32
1 ответ

КАК точно настроить предварительно обученную модель для пользовательских данных

Я хочу использовать предварительно подготовленную модель сегментации niftynet для сегментации пользовательских данных. Я скачал предварительно обученные веса и изменил путь model_dir к загруженному. Однако когда я бегу python3 net_segment.py train -…
13 фев '19 в 07:17
1 ответ

Ошибка при попытке запустить команду быстрого запуска NiftyNet

Я пробовал NiftyNet и застрял на первом этапе. Попытка запустить команду быстрого запуска python net_download.py density_vnet_abdominal_ct_model_zoo python net_segment.py вывод -c ~/niftynet/extensions/dens_vnet_abdominal_ct/config.ini дает мне KeyE…
27 янв '18 в 22:44
0 ответов

Пояснение по времени вывода

Может кто-нибудь объяснить мне, почему первое окно в выводе занимает значительно больше времени по сравнению со следующими окнами, когда входные данные больше, чем размер окна? Вот пример времени выполнения моего приложения: введите описание изображ…
23 май '18 в 20:38
1 ответ

Не знаю, как создать места отбора проб:

Как генерируются размеры в едином сэмплере? Я попытался отладить размер изображения, кажется, он работает для некоторых итераций, но не для других. Любая идея, как это исправить. Моя конфигурация приведена ниже: [ИНДИВИДУАЛЬНЫЙ] num_classes: 14 outp…
25 июл '18 в 17:32
1 ответ

Где по умолчанию инициализатор в коде?

Я пытался найти инициализатор по умолчанию в коде, но структура сложна, поэтому я решил прямо спросить здесь. Где я могу найти инициализатор по умолчанию? Есть ли настраиваемый параметр в файле 'ini'?
01 авг '18 в 05:27
2 ответа

Реализовать трансферное обучение по niftynet

Я хочу реализовать трансферное обучение с использованием архитектуры Dense V-Net. Когда я искал, как это сделать, я обнаружил, что эта функция в настоящее время работает ( Как я могу реализовать трансферное обучение в NiftyNet?). Хотя из этого ответ…
29 окт '18 в 17:36
1 ответ

NiftyNet: индексы за пределами допустимой ошибки

Я только начинаю использовать NiftyNet для сегментации медицинских изображений. Чтобы начать работу с программным обеспечением, я пытался запустить демонстрацию, которая сегментирует изображения из набора данных Brats Challenge ( http://www.braintum…
19 окт '17 в 13:33
0 ответов

Как я могу написать файл config.ini для Unet с входным измерением 2.5?

Я хотел бы обучить модель сегментации (скажем, Unet) с входным измерением 2.5D, то есть входом являются многоканальные 2D-изображения. Я не нашел пример файла config.ini для такого случая. Более подробная настройка для вашей информации: Образ: Тип ф…
08 сен '18 в 21:27
1 ответ

Как изменить формат вывода для Niftynet?

Можно ли установить выходной формат в файле конфигурации для Niftynet? например, я хотел бы, чтобы мой вывод png, Мой вывод в настоящее время в .nii.gz формат. Спасибо.
23 авг '18 в 08:14
1 ответ

Я изо всех сил пытаюсь реализовать многоканальные изображения

Я пытаюсь обучить архитектуру vnet на наборе 3D томов МРТ, и я хотел бы попробовать добавить канал с разным временем эхо-сигнала к каждому изображению, эффективно делая его 4D. Я видел, что niftynet позволяет вводить изображения 4D, но я получил соо…
26 апр '18 в 11:04
0 ответов

Нифтынет не удалось скачать модель зоопарка

Я использую демоверсию niftynet "net_download highres3dnet_brain_parcellation_model_zoo". Но я получаю сообщение об ошибке: используйте модуль повтора или аналогичные варианты. Доступ: https://cmiclab.cs.ucl.ac.uk/CMIC/NiftyNetExampleServer Загрузка…
08 июн '18 в 03:39
1 ответ

Как Niftynet справляется с обучением с использованием нескольких графических процессоров?

Я использую Niftynet для обучения CNN с использованием 2 графических процессоров. Как я понимаю, каждый GPU обучается независимо, так как я получаю два значения потерь за итерацию. Объединяются ли результаты обоих графических процессоров во время вы…
18 дек '18 в 10:38
1 ответ

python niftynet недопустимое ядро ​​инструкции сброшено

Я пытаюсь команды быстрого запуска на веб-сайте niftynet. Когда я запускаю net_download density_vnet_abdominal_ct_model_zoo, я получаю незаконную инструкцию (ядро сброшено). У кого-нибудь есть решение? Благодарю.
19 авг '18 в 02:05
1 ответ

NiftyNet: Как загрузить собственные данные?

Я провожу некоторое время, читая документацию, но все еще не понимаю: 1. как загрузить мои собственные данные 2. как отображается метка изображения 3. существует ли стандартный формат данных
15 фев '18 в 08:10