Попарное сравнение с NLME
Я использую модель смешанного эффекта с пакетом nlme в R. Мои данные включают 82 животных (с повторением), эти 82 животных сгруппированы по 3 породам (определены как категориальные переменные), моя непрерывная переменная - квадрат времени и отклик - МОЙ, Форма смешанной модели:
model<-lme(MY~time + breed*time + time-squared,random=1|Animal, data=mydata)
Результаты получены следующим образом:
Linear mixed-effects model fit by REML
Data: na.omit(centred_phuong)
AIC BIC logLik
93698.27 93769.46 -46840.13
Random effects:
Formula: ~1 | Cow_code
(Intercept) Residual
StdDev: 1.283306 2.453689
Fixed effects: MY ~ time + time * Breed + time_squared
Value Std.Error DF t-value p-value
(Intercept) 1.3398578 0.2495665 20048 5.36874 0.0000
DFC 0.0523516 0.0003675 20048 142.43468 0.0000
Breed2 0.4998856 0.3521235 78 1.41963 0.1597
Breed3 -0.3683371 0.3520760 78 -1.04619 0.2987
Time_squared 0.0001213 0.0000025 20048 48.14845 0.0000
Time:Breed2 0.0084160 0.0005011 20048 16.79463 0.0000
Time:Breed3 -0.0086297 0.0005028 20048 -17.16272 0.0000
Как я понял из этих результатов, модель сравнивает перехваты и наклоны породы 2 и 3 с таковой породы 1. И нет сравнения между породой 2 и породой 2? Есть ли вообще возможность указать это?
Я надеюсь получить ваши советы! Спасибо