Ищете специальную модель для Anova типа 2 (модель со смешанными эффектами)

Question

У меня вопрос, как мне запустить post hoc на Anova типа 2 (модель со смешанными эффектами)? Пока я использую glmer() из пакета "lme4", Anova() из пакета "автомобиль", и пытается выполнить тест HSD из пакета "Agricolae".

После поиска в течение некоторого времени это лучшее, что я смог найти, однако при этом я получаю сообщение об ошибке. Кто-нибудь знает, как обойти это или что я делаю не так? Или другой способ сделать это?

library(lme4)
totaldiversity.model <- glmer(totaldiversity ~ focalspecies + (1|site), family = "poisson", data = data, na.action=na.fail)
library(car)
totaldiv.anova = Anova(totaldiversity.model, type = "II")
library(agricolae)
totaldiv.tukey = HSD.test(totaldiv.anova, "focalspecies", group=TRUE, console=TRUE)

Сообщение об ошибке, которое появляется: Error in HSD.test(totaldiv.anova, "focalspecies", group = TRUE, console = TRUE, : argument "MSerror" is missing, with no default

Заранее спасибо!

Answer 1

Я перешел по ссылке, размещенной Беном Болкером ( Post-hoc test for glmer), которая привела меня к использованию glht() функция в пакете multcomp. Вот как выглядело решение для анализа множественных сравнений (Tukey) на glmer() модель смешанных эффектов, с типом 2 Anova. Нужны пакеты "multcomp", "lme4" и "car".

totaldiversity.model <- glmer(totaldiversity ~ focalspecies + (1|site), family = "poisson", data = data, na.action=na.fail)
summary(totaldiversity.model)
Anova(totaldiversity.model, type = "II")
summary(glht(totaldiversity.model, mcp(focalspecies="Tukey")))

Спасибо всем!

Answer 2

Из документации для HSD.test, y это "модель (aov или lm) или ответ экспериментальной единицы". По всей вероятности, это означает, что вы должны отправить его totaldiversity.model:

HSD.test(totaldiversity.model, "focalspecies", group=TRUE, console=TRUE)